حول Folding@home

مختبر Pande بجامعة ستانفورد

مختبر باندي هو تأسيس مجموعة علمية من Folding@home المختبر هو جزء من أقسام الكيمياء وعلم الأحياء الإنشائية، بجامعة ستانفورد والمركز الطبي في جامعة ستانفورد، ويعمل على نظرية ومحاكاة طي البروتينات، الحمض النّوويّ الرّيبيّ وأضعاف البنى التركيبية للبوليمرات. ولقد تأسس هذا المشروع بتطوير طرق لاستخدام الحوسبة الموزعة لدراسة ديناميات الجدول الزمني ودفع تطبيقه على طي البروتين وكتب العميل والخادم رمز Folding@home لهذا المشروع. أعضاء المجموعة المشاركة في Folding@home مدرجة على صفحة ويب.

المختبرات التابعه: Folding@home كونسورتيوم FHC

تشغيل ومواصلة تعزيز FAH يحتاج الى مشاركات كبيرة هذه الايام. فمنذ فترة لم نمتلك سوى 2-3 شركاء رئيسيين لدعم هذا المشروع, حالياً لدينا مايقارب العشرون مشارك في مختبرات Pande الذين قاموا بدورهم في دفع عجلة تحسين FAH بالطرق التي تتناسب معهم. ومع ان ذلك لم يكن كافي حقيقة لإحراز نقاط تقدم محورية قمنا بالتعاون مع مختبرات اخرى قادرة على تشكيل الكونسورتيوم, تشاركنا التشغيل والتحسين وتقوم بتطبيق أدوارها كFolding@home للقيام بأكثر مما قمنا في مجال البحث.

مختبر ارنولد، معهد كاليفورنيا للتكنولوجيا

واحد من فرق الباحثين بمعهد كاليفورنيا للتكنولوجيا والذين قاموا بتطوير نواة علمية جديدة لشحذ عملية تشغيل Folding@Home. ستكون المشاريع القادمة بمثابة اختبار لأداء خوارزميات جديدة لنسبة عالية من البروتين وأيضا لتصميم مكتبات من الانزيمات والتنبؤ بالقرارات.

مختبر تشونغ، جامعة بيتسبرغ

مجموعة تشونغ تستخدم هي ايضاً نظام المحاكاة لدراسة البروتينات من جوانب اخرى تحديداً تلك البروتينات غير منتظمة التركيب إضافة إلى سلوك المورثات الكابتة للأورام P53 والتي قد تتطور الخلية حين تضررها إلى أورام سرطانية "Suppressor" والحقيقة أن مايقارب النصف من الحالات المرضية بالسرطان تضمنت طفرات مرضية بP53. تساعد مجموعة شونغ بتنمية أبحاثها مع Folding@Home.

مختبر ديل ،UCSF

لقد كان مختبر ديل رائدا في دراسة طي البروتين وغيرها من مسائل الجزئيات الحيوية. ونحن نتعاون مع أعضاء مختبره على حسابات الطاقة الحرة والتبنؤ بالبنية البروتينية.

مختبر ايزاغوري، نوتردام

مختبر ايزاغوري يهتم بالمشاكل المتعلقة بمجال التفاعل بين علم الأحياء وعلم الحاسوب والرياضيات التطبيقية. وقد طورّت مختبراتهم حزمة Protomol MD التطبيقية, ونحن نعمل معا لدمج تلك الحزمة إلى Folding@home. الحزمة التطبيقية تعتبر صفقة كبيرة لاختبار وتطوير خوارزميات جديدة ومن المرجح بأن تكون مفيدة لـ FAH في المستقبل.

مختبر تشيرتس في جامعة فرجينيا

مجموعة مايكل تشيرتس في جامعة فرجينيا قاموا بتطور منهجية جديدة لنظام المحاكاة تستخدم للتنبؤ بالخصائص الحرارية للجزيئات الصغيرة. حالياً فهم يتعاونون معنا في تطوير إصدارات جديدة من أنوية Gromacs و Gromacs المطوّرة.

مختبر سورين ،CSULB

مجموعة إريك سورين CSULB تستخدم نظام المحاكاة لدراسة طي البروتين وغيرها من المجالات ذات الصلة. حالياً فهم يتعاونون معنا لتطوير مجال قوى جديد لGromacs.

مختبر زاجروفيتش، معهد البحر الأبيض المتوسط لعلوم الحياة

مختبر بويان زاجروفيتش في معهد البحر الأبيض المتوسط لعلوم الحياة في كرواتيا يهتم بالعديد من المجالات ذات الصلة، بما في ذلك صقل البروتينات غير منتظمة والتجريبية. مجموعته تساعد Folding@home في تطوير عميل جديد.

الجماعة المتطوعة

نعرف حقيقة بأن الحجم الأكبر من الدعم لبرمجيات FOlding@Home أتى من متطوعين في مجتمع FAH. تمت بها مساعدة الناس بطرق عديدة فضلاً عن حجم الاجابات التي تمت مساعدة المستخدمين بها ونشرها فيما بينهم في المنتدى الخاص بالمشروع ويشكل يصعب احصاءه وذكرهم هنا مع تقديرنا الكامل لهم, مع ذلك لدينا قائمة خاصة من القلائل الذين قدموا مساهمات كبيرة لهذه المشروع:

المشرفون

We are grateful for all the work the Folding Community Forum (FCF) moderators have done to keep the FCF running smoothly and to directly help donors run Folding@home -- we are grateful to them all. Moreover, the are several moderators at the forum who also have helped us beyond the forum, including beta testing and even help with these web pages. Of particular note are Bruce Borden's (Bruce) contributions in general, Wiebo Westerhoff's (WW) hosting of the forum, and Tim Braun's (7im) great efforts to improve the FAH web pages.

المترجمون

We must also thank the numerous translators who have worked on translating the Folding@home web pages into many other languages.

الاستفسارات وأدلة الفرق

We're indebted to the team of volunteers who help us keep to date FAQ and documentations. This includes Stephane Renaud (Xilikon) for his help with and creation of the Guides and 7im's and Ivoshiee's help with the FAQ.

المطورون

We are also working with community software developers. These developers have been working to help us improve our software as well as to make better interfaces for 3rd party utilities. We would like to especially thank Andrew "Uncle Fungus" Schofield for his contributions to the project.

الشركاء التجاريين

We work closely with companies in many of our projects. In particular, we have collaborated with commercial partners in the development of our client, core, and backend server software.

إنتل (2001-2002)

One of our earliest partners was Intel, who helped fund part of Folding@home through it's Philanthropic Peer-to-peer Program.

قوقل (2001-2003)

Google participated in Folding@home via it's Google Compute client for FAH. Google compute was built into the Google toolbar, thus making it very easy for people to run Folding@home -- no installation, just say "yes" when asked.

سوني (2005-حالياً)

We have been collaborating with Sony on the Folding@home software for the PS3. This included all the components largely fron scratch, especially optimizing the scientific code to run efficiently on a PS3. The result was a really beautiful client with great performance.

إي تي آي (2005-حالياً)

We've been working with ATI for quite a while on our GPU core. This started with GPU1 and has carried over to GPU2.

نفيديا (2007-حالياً)

We've been working with NVIDIA on the GPU2 port for NVIDIA hardware. In a collaboration between NVIDIA personnel (Scott LeGrand) the Folding@home team, we have ported and optimized our code to CUDA.

كولدرون للتطوير (2007-حالياً)

We have been working with Cauldron Development (http://www.cauldrondevelopment.com/) to rewrite the FAH server code from scratch. This should make our code much more reliable and easier to extend. This is the software foundation for the next 10 years of the Folding@home project.

التمويل والدعم

There are several organizations which fund our work:

Most notably, a large bulk of our funding comes from the United States' National Institutes of Health (NIH) and National Science Foundation (NSF). We also thank (in alphabetical order) Apple, ATI, Dell, Google, Intel, and Sony for their support over the years. Finally, we have been supported by NIH Roadmap centers Simbios and the Protein Folding Nanomedicine Center.

More specifically, the implicit solvation work (Tinker) is supported by a grant from the National Institutes of Health (R01GM62868-01). Our Gromacs work (i.e. our research on the role of water in protein folding) was recently supported by a grant from the National Science Foundation (NSF). Our work on the comparison between force fields was supported by the ACS PRF (36028-AC4). The education pages were supported by the NSF MRSEC CPIMA (DMR-9808677), which paid for Freedom High School teacher Tug Sezen to spend a summer in our lab developing a Folding@home-based curriculum and supporting web pages. The GPU and PS3 work has been in part supported by Simbios (supported by the National Institutes of Health through the NIH Roadmap for Medical Research Grant U54 GM072970).

We have recently gotten a generous grant in hardware discounts from Dell, which will allow us to revamp our Folding@home server backend. We would also like to thank Google for their support through the Google Compute program. We also thank Intel for their help in the past through the Intel Philanthropic Peer-to-peer Program. We'd like to thank Apple for their continued support, especially with the development of our OS X client and development of Gromacs for OS X. Finally, we'd like to thank Stanford University for their support of Folding@home through grants from the Internet 2 program, the Office of Technological Licensing, and an award of a Terman Fellowship to Prof. Pande.

متفرقات

Cosm

The Cosm project has made significant contributions to Folding@home by developing the network library (Mithral CS-SDK) used to build the client and server code. Adam Beberg is the main force behind Cosm, although there are several people involved in its development.

TINKER

The protein dynamics part of the Folding@home code is a modified version of TINKER, a powerful molecular dynamics program written by Jay Ponder's lab (in the Dept. of Biochemistry & Molecular Biophysics located at the Washington University School of Medicine in St. Louis, Missouri.). Their continual advancement of their code, including significant speed improvement in the upcoming version, will translate into further advancements in Folding@home. Please see his site for more details. If you would like to "tinker" with his source, please read and sign his license agreement.

Gromacs

We have recently incorporated and heavily modified the Gromacs molecular simulation package for Folding@home. We are continuing to work with the Gromacs developers to further improve Gromacs. For more details, see our Gromacs page.

About the Logo

Our logo is an abstract representation of our goal: to go from the protein sequence encoded in the genome to the protein's structure. The double helix on the left of the logo denotes the genome (DNA is a double helical molecule) and the arrows on the right are representations of protein structure (beta sheet structure is often drawn as ribbons with arrows).

We've recently updated this look:

We would like to thank Mark Lowe and Rob Goodlatte for all their help with the logo and web redesign. We would also like to thank Po' Smedley for his icon design.

About the screen saver

Our screen saver shows real time visualizations of the simulations being performed. The molecule drawn is the current atomic configuration ("fold") of the protein being simulated on your computer and the pie chart the left shows the current progress on the work unit.

There are currently four visualization modes: Space-filling, ball-and-stick, wireframe, and alpha-trace. In ball-and-stick, each small ball represents an atom, and the sticks represent bonds between atoms. In the space-filling model, each filled sphere represents the approximate volume that the electrons occupy around each atom. In wireframe mode, only the bonds are drawn, but with the vertices colored to indicate atom identity. In all but alpha-trace mode, carbon atoms are drawn in dark gray, hydrogen atoms are drawn in light gray (although some hydrogen atoms are not drawn at all), oxygen atoms are drawn in red, nitrogen atoms are drawn in blue, and sulfur atoms are drawn in yellow. In the alpha-trace model, only one atom (the alpha-carbon) is shown per amino acid residue, in order to emphasize the overall arrangement of the peptide or protein.

Last Updated on June 19, 2010, at 06:49 AM