Au sujet de Folding@home
LE GROUPE PANDE, DÉPARTMENT DE CHIMIE, UNIVERSITÉ DE STANFORD
Le groupe Pande conduit une recherche théorique mais aussi via des simulations sur la façon dont se plient les protéines, l’ARN et les polymères synthétiques à nano-échelles. Nous avons élaboré une méthode de dynamiques d’ensemble et des applications pour simuler le repliement des protéines et avons développé le logiciel client et le serveur du projet Folding@home.
FINANCEMENT ET SOUTIEN
Nous voulons également remercier les entreprises et agences suivantes pour leur soutien à Folding@Home. Le travail de résolution implicite (Tinker) est financé par une subvention des Instituts Nationaux de Santé (R01GM62868-01). L’opération Gromacs (c-à-d la recherche sur le rôle de l’eau dans le repliement des protéines) a reçu récemment le soutien financier de la Fondation Nationale de la Science (National Science Fondation). Notre travail de comparaison entre les champs de force a été soutenu par l’ACS PRF (36028-AC4). Les pages Education ont été financées grâce au soutien des organismes suivants : NSF MRSEC CPIMA (DMR-9808677), qui ont rémunéré le professeur de Tug Sezen afin qu’il passe un été dans notre laboratoire à élaborer une histoire du projet Folding@Home et à aider à la création des pages internet.
Nous avons reçu récemment l’aide généreuse de Dell sous forme de rabais sur le matériel informatique, ce qui nous a permis de réinstaller notre serveur pour Folding@Home. Nous voulons aussi remercier Google pour leur soutien à travers le Google Compute program. Nous souhaitons aussi dire merci à Intel pour leur aide dans le passé via le Intel Philanthropic Peer-to-peer Program. Nous remercions aussi Apple pour leur soutien sans relâche, notamment pour le développement de notre logiciel client OS X et celui de Gromacs OS X. Enfin, nous voulons remercier l’ université de Stanford pour son soutien à Folding@Home par l’octroi de subventions via le programme Internet 2, l’Office of Technological Licensing, et l’attribution au Professeur V.Pande du Terman Fellowship .
Cosm
Le projet Cosm a contribué de manière significative à Folding@home en développant la bibliothèque par réseau (Mithral CS-SDK) qui a servi à développer le serveur client le codage du serveur. Adam Beberg joue un rôle majeur dans le projet Cosm, plusieurs autres personnes sont également engagées dans son développement.
TINKER
Le codage de la partie correspondant à la dynamique des protéines dans Folding@home est une version modifiée de TINKER, un programme puissant sur la dynamique des molécules écrit par les membres du laboratoire de Jay Ponder (dans le Dept. Biochemistry & Molecular Biophysics situé à la Washington University School of Medicine à St. Louis, Missouri.). La progression continuelle de leur codage, y compris l’amélioration significative de la vitesse dans la version à venir, se traduira par une plus grande avancée pour Folding@home. N’hésitez pas à visiter leur site pour plus de détails. Si vous souhaitez bricoler ou "tinker" (en anglais) avec leur source, lisez et signez leur licence.
Gromacs
Nous avons récemment intégré et lourdement modifié l’ensemble de simulation moléculaire Gromacs dans le projet Folding@Home. Nous continuons à travailler avec les développeurs de Gromacs pour l’améliorer encore. Pour plus de détails, visitez notre page Gromacs.
Emplois at Folding@home: postes de niveau post–doctoral ouverts
Intéressé dans la théorie et la simulation en biologie moléculaire ? Avez-vous une thèse en physique, chimie, biologie structurale, ou dans un domaine en relation ? Connaissez-vous le langage C, FORTAN, Perl, HTML, et Linux ? Si c’est le cas, nous recherchons des bons post-docs pour intégrer le groupe Pande (à l’université de Stanford) pour Folding@home et les projets associés. Envoyez un courriel contenant un état succinct de votre profil ou un CV au Professeur Pande .
A propos du logo
Notre logo est une représentation abstraite de notre but : partir de la séquence de la protéine inscrite dans le génome pour atteindre la structure de la protéine elle même. La double hélice à gauche dans le logo symbolise le génome (L’ADN est une molécule bi-hélicoïdale) et les flèches à droite représentent la structure de la protéine (la struture bêta sheet est souvent dessinée comme un ruban avec des flèches).
Nous avons récemment actualisé le look :
Merci à Mark Lowe pour son aide pour le re-design du logo et du site.
Au sujet de l’économiseur d’écran
Notre économiseur d’écran permet de voir la simulation telle qu’elle est en train de se produire. La molécule représentée est une configuration atomique courante ("fold") de la protéine en simulation sur votre ordinateur. La barre de progression sur la gauche montre la progression en cours de l’unité de travail.
Il y a actuellement quatre modes de visualisation : dans l’espace (space-filling), boules et bâton (ball-and-stick), schéma des liaisons (wireframe), et l’alpha-trace. Dans la visualisation dite ball-and-stick, chaque petite boule représente un atome tandis que chaque bâton représente une liaison entre atomes. Dans le modèle appelé space-filling, chaque sphère pleine représente le volume approximatif que les électrons occupent autour de chaque atome. En mode wireframe, seules les liaisons sont dessinées, mais les couleurs permettent d’identifier la nature des atomes. Dans tous les modes excepté l’alpha-trace, les atomes de carbone sont en gris foncé, les atomes d’hydrogène sont en gris clair (à part certains atomes d’hydrogène qui ne sont pas représentés), les atomes d’oxygène sont en rouge, ceux de nitrogène en bleu, enfin, les atomes de sulfure .amd sont en jaune. Dans le modèle alpha-trace, un atome seulement (le carbone alpha) est représenté par résidu d’acide aminé, cela en vue de mettre en avant l’assemblage d’ensemble du peptide ou de la protéine.