Frequently Asked Questions (FAQ)

(dernière mise à jour June 17, 2004 )

Sujets :

Détails du projet, vue d’ensemble :

Qu’est ce que le repliement des protéines ?

Visitez la section contexte scientifique pour plus de détails.

A qui appartiennent les résultats ? Que va t’on en faire ?

Contrairement aux autres projets de calculs distribués, Folding@home est géré par un établissement académique (notamment le Groupe Pande, du département de Chimie de l’ Université de Stanford), qui est une institution sans but lucratif dédiée à la recherche scientifique et à l’éducation. Nous ne vendrons pas les données ni ne ferons de profit dessus.

En outre, nous rendrons les données accessibles à qui veut les utiliser. En particulier les résultats de Folding@home seront accessibles à divers niveaux. Et ce qui est très important c’est que l’analyse des simulations sera transmise aux journaux scientifiques pour publication, et ces articles de presse seront mis en ligne après publication. Juste après la publication de ces articles scientifiques, l’analyse des données et les données brutes sur les repliements seront disponibles pour quiconque, y compris d’autres chercheurs, ici sur ce site internet.

Comment puis-je voir combien d’autres personnes participent ? Qu’est ce qui a été "plié" jusqu’à présent ? Et combien en ai-je plié jusqu’à présent ?

Nous conservons beaucoup de statistiques de toutes sortes sur les utilisateurs et le travail réalisé sur nos pages web. Vous pouvez regarder vos statistiques individuelles, les statistiques de votre équipe, et les statistiques du projet dans son ensemble. Allez voir les Résultats, la section Presse, et les publications.

Pourquoi n’envoyez vous pas le code source ?

Les parties les plus critiques de FAH sont rendues publiques. Les codes sources de Tinker et Gromacs peuvent être téléchargés et on peut les faire tourner. Contrairement à beaucoup d’autres projets informatiques, la préoccupation qui domine n’est pas la fonctionnalité mais l’intégrité scientifique, et transmettre le code source, en un sens, autoriserait les gens à renverser la motrice du code et à générer des résultats scientifiques faux, ce qui viderait de son sens le projet dans son ensemble.

Qu’est ce que le projet a mis à jour jusqu’à présent ?

Nous avons pu plier plusieurs protéines dans la gamme de durée de 5-10 microsecondes avec une validation expérimentale des cinématiques de repliement. C’est une avancée fondamentale sur un travail précieux. Les publications scientifiques qui relatent en détails nos résultats sont disponibles à papers.html. Nous travaillons maintenant sur d’autres protéines importantes utilisées dans l’étude biologique des structures du repliement ainsi que sur des protéines impliquées dans les maladies. Il y a de nombreux comptes rendus et de publications dans les plus grands journaux (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, etc) qui ont pris leurs sources dans FAH. Bien plus que tous les autres projets de calculs distribués rassemblés !

Pourquoi ne pas tourner sur un super ordinateur seulement ?

Les super ordinateurs modernes sont essentiellement des groupes (clusters) qui rassemblent des centaines de processeurs liés entre eux par un réseau rapide. La vitesse de ces processeurs est comparable à celle de ceux qu’on trouve dans les PC ! (et souvent plus lente encore). Ainsi, si un algorithme (comme les nôtres) n’a pas besoin de la mise en réseau rapide, il va tourner aussi rapidement sur un super cluster que sur un super ordinateur. Cependant notre application nécessite non pas les centaines de processeurs qu’on trouve dans un super ordinateur mais des centaines de milliers de processeurs. C’est pourquoi les calculs réalisés pour Folding@Home seraient impossibles par d’autres moyens que celui là ! De plus, même si nous avions accès à tous les super ordinateurs de la terre, nous aurions toujours moins de cycles que ceux que nous avons avec le cluster Folding@Home! Cela est rendu possible depuis que les processeurs d’ordinateurs personnels sont très rapides et qu’il y a des millions d’ordinateurs personnels qui restent sous utilisés dans le monde.

Puis-je faire tourner Folding@Home sur une machine qui ne m’appartient pas ?

S’il vous plait, ne faites tourner Folding@Home que sur des machines soit qui vous appartiennent soit sur lesquelles vous avez l’autorisation du possesseur pour faire tourner le logiciel. Tout autre utilisation de Folding@Home serait contraire à notre licence d’agrément (et ne serait tout simplement pas une bonne idée en général).

Problèmes de travail en réseau :

J’ai un modem, puis-je utiliser Folding@home ?

Oui. Il peut être configuré pour se connecter automatiquement, ou pour attendre jusqu’à la prochaine connection. Il peut y avoir des problèmes avec les modems et la version économiseur d’écran. Si vous en rencontrez, utilisez la version console de Fording@home s’il vous plait.

J’ai un firewall, puis-je utiliser Folding@home ?

Oui. Configurez votre firewall ou serveur Proxy dans le panneau de configuration par un clique-droit sur l’affichage graphique ou par un clique simple sur l’icône de la barre des tâches.

Erreurs

L’installateur de Folding@home pour Windows ne fait rien.

Si vous essayez d’installer le client graphique Windows ou l’économiseur d’écran, et que vous pouvez lire dans une fenêtre pop up : "Setup is starting...", mais qu’ensuite plus rien ne se passe (même pas un message d’erreur), le problème est certainement dû à la présence de fichiers appélés "setup.exe" dans un répertoire présent dans votre parcours (les répertoires dans lesquels se trouve l’installateur de F@h, sont surement responsables ainsi que votre bureau et votre répertoire temporaire). Rappelez vous qu’il est possible que vous ayez plusieurs répertoires, cela dépend de votre système d’exploitation. Supprimez ou déplacez les fichiers setup.exe et tout devrait revenir dans l’ordre.

Folding@home a l’air bizarre (windows) ou segfault (Linux)

Folding@home requière au moins 32 MB de RAM. Des choses bizarres peuvent se passer sous windows avec moins de mémoire et sous Linux, la console client segfault simplement dans des conditions de mémoire réduite.

Mon économiseur d’écran est juste un écran noir avec des points qui flottent dessus. Qu’est-ce qui fait ça ?

Nous pensons avoir diagnostiqué le problème. Il semble qu’il soit causé par un écran ou une carte graphique qui ne supporte pas la couleur réglée sur 8-bit. Nous avons aussi découvert des problèmes avec les vieux drivers graphiques. Si vous rencontrez des problèmes, assurez vous s’il vous plait que vous avez des drivers graphiques et OpenGL récents.

Windows demande plus de DLL. Où puis-je en trouver ?

Microsoft a ces DLL sur ses propres sites. Vous avez besoin notamment de DLLs pour winsock2 et OpenGL. Ces DLL sont dans la plupart des copies de windows NT, 98, et 2000. Cependant beaucoup de copies de windows 95 ne les ont pas.

La mise à jour Windows socket 2 pour Microsoft Windows 95 résoud un certain nombre des problèmes liés à Winsock2. Cette mise à jour résoud aussi un certain nombre de questions liées aux embouteillages et autres blocages TCP/IP.

OpenGL 1.1 pour Windows 95 est inclus dans la version révisée de Windows 95 OSR 2. Les bibliothèques sont aussi disponibles sous forme de fichiers d’archive self-extracting sur le site de Microsoft ftp à ftp://ftp.microsoft.com/softlib/mslfiles/opengl95.exe. Il contient opengl32.dll nécessaire pour faire tourner les programmes d’OpenGL sous Win95.

J’ai l’erreur : "Format:MyForm not found" quand j’essaie de télécharger.

C’est une erreur qui semble liée au serveur de Stanford, pas sur nos ordinateurs, mais nous sommes en train d’essayer d’identifier l’origine exacte du problème. L’erreur est plutôt rare cependant, et pour l’instant, nous suggérons de réessayer de télécharger plus tard à un autre moment.

J’ai l’erreur : "Network Recv Timeout" dans la version console (ou dans le fichier scrlog.txt).

Si vous avez :

Deleting files IP = 171.64.122.81

Network Recv Timeout

GetWork Failed

alors ne vous inquiètez pas. Ce sont des problèmes de connection avec le serveur, il suffit d’essayer à nouveau. Nous avons quelques problèmes en ce moment, et beaucoup d’utilisateurs rencontrent ce problème en particulier. Si la connection échouait un jour, le mieux serait de recommencer et de réinstaller. Pour la version console, enfoncez les touches Ctrl-C pour sortir sans problème (notez que cette option a été ajoutée récemment alors il se peut qu’elle ne marche pas sur votre version et vous pouvez avoir à éteindre brusquement dans ce cas), et démarrez à nouveau.

J’ai l’erreur :"Running self tests.......test failed, error -1" dans la version console (ou dans le fichier scrlog.txt), mais après ça a l’air de tourner normalement.

Ne vous inquiètez pas, si ça paraît bien fonctionner c’est que c’est le cas. Ce message d’erreur fait partie de la bibliothèque de calculs distribués sur laquelle Folding@home est basée, et autant que nous sachions, il n’affecte pas le fonctionnement normal des programmes Folding@home.

J’ai l’erreur : "Running self tests.......test failed, error -1" dans la version console (ou dans le fichier scrlog.txt), et après ça s’arrête.

Désinstallez, assurez vous que le dossier foldingathome dans le dossier "Program Files" a été effacé et réinstallé. La plupart du temps, ça devrait marcher.

Quand je fais tourner l’économiseur d’écran, ça plante et dit quelque chose sur une "page fault".

Si vous avez :

The error message reads FOLDINGATHOME caused an invalid page fault in module FOLDINGATHOME.SCR at 015f:00420494.

suivi d’une d’une boite de dialogue bazillion, vous devez cliquer en dehors, il n’y a pas assez de mémoire pour que l’économiseur d’écran démarre. Pour résoudre le problème, nous suggérons de fermer les autres applications quand l’économiseur d’écran tourne et de régler le délai de lancement sur un temps plus long (5 à 10 minutes par exemple), de cette façon, l’économiseur d’écran ne se lancera pas alors que vous êtes en train de travailler.

Folding@Home et Genome@Home

J’ai entendu dire que Genome@home est désormais dans Folding@Home, comment ça marche ?

Genome@Home était un autre projet de calculs distribués aussi géré par le laboratoire Pande. Le 15 avril 2004, le projet a été terminé. Vous pouvez trouver plus de détails à http://genomeathome.stanford.edu

Le sujet de Genome@Home est la conception des protéines et ses applications. Une de nos applications centrales pour la conception des protéines est la création de grosses bibliothèques de séquences de conception de protéines, en un sens la "re-conception" ou "reconception à l’envers" d’un génôme existant (d’où le nom de "Genome@Home"). Une autre application dans la conception de protéines est de comprendre pourquoi les protéines se plient et pourquoi elles peuvent se plier anormalement et s’aggrèger. C’est une question centrale pour Folding@Home et qui a directement rapport avec l’ étude du repliement des protéines et de leur repliement anormal notamment quand il est lié au déclenchement des maladies comme celle d’Alzheimer, de l’ALS, etc.

Comment la sélection GAH dans le client fonctionne t’elle maintenant ?

Nous avons développé certaines unités de travail (WU) qui ne mènent pas à des nouvelles et par conséquent ne nécessitent pas de dates limites. Ces unités aussi appelées unités de travail "timeless" sont sur un serveur et vous pouvez en demandez une avec la sélection GAH dans le client. Ces unités sont plus adaptées aux machines plus lentes ou aux machines qui ne peuvent pas se connecter sur internet en permanence. Le client va aussi conserver ces unités dans le cache.

Faire tourner Folding@home

Je viens de terminer une unité de travail et j’en ai une autre pour la même protéine. Y a t’il quelque chose qui ne va pas ?

Non, tout va bien. Nous étudions les dynamiques de quelques protéines seulement, vous pouvez donc avoir la même protéine à étudier plusieurs fois. Chaque unité de travail nous donne une information supplémentaire sur les dynamiques de cette protéine, c’est important pour nous. En effet, si on faisait une unité de travail par protéine, on aurait beaucoup à étudier d’un coup.

Est-ce que Folding@home marche sur les machines biprocesseurs ?

Oui, c’est possible. Les processeurs supplémentaires doivent tourner sur la version console (avec l’option de ligne de commande "-local" si vous êtes sur Windows). Faites d’abord des répertoires supplémentaires pour chaque processeur et copiez le fichier exécutable FAH3Console dans chacun d’entre eux. Configurez les ensuite avec l’option -config, en remplissant les règlages pour chacun. Il est très important de s’assurer que sous l’option "Advanced Settings" (règlages avancés), chaque copie corresponde à une seule ID machine (de 1 à 4). La première copie sera par défaut allouée à l’ID machine 1, et les suivantes seront allouées aux ID 2, 3, et 4. Chacune peut alors tourner en dehors de son répertoire d’installation en utilisant l’option -local sur windows. Les occurrences doivent être associées aux differents processeurs, en utilisant le mécanisme que propose votre système d’exploitation à cet effet (Task Manager sur Windows par exemple).

Y a t’il quelque chose de spécial à faire pour faire tourner le logiciel sur un cluster ?

Le principal est de s’assurer que la ID CPU est unique pour chaque machine. Pour aider à lutter contre les ID dupliquées, les versions de windows (v. 3 et postérieures) conservent les ID dans le registre et la version Linux (v. 3.11 et postérieures) les conserve dans un fichier spécial MachineDependent.dat.

Pour éviter la duplication d’ID :

1) Si vous installez chaque client individuellement, il sera alors impossible de rencontrer un problème de duplication d’ID.

2) Si vous utilisez une version récente de Windows, et que vous avez des machines monoprocesseur, tout devrait bien se passer également (pour les biprocesseurs, voir ci-dessus).

3) Pour un cluster Linux, assurez vous que vous copiez le répertoire et PAS le fichier MachineDependent.dat. Ce fichier sera autogénéré par le client pour donner une nouvelle ID.

Pourquoi devrais-je mettre à jour mon logiciel Folding@home dans la version actuelle ?

Nous améliorons rapidemment et en permanence le logiciel Folding@home. Nous révisons les nouvelles versions pour éliminer les bugs que nous signalent les utilisateurs afin d’aider le projet à tourner avec le moins de heurts possible.

Comment faire tourner l’économiseur d’écran quand personne n’est connecté ?

Nous encourageons l’utilisation de l’économiseur d’écran quand personne n’est connecté pour profiter du moment le plus productif. Pour cela, vous devez modifier le registre de Windows. Vous pouvez faire cela en utilisant le programme regedit (ou encore regedt32 dans Windows 2000), généralement situé dans le dossier C:\WINDOWS. S’il n’y est pas, vous pouvez le trouver en utilisant l’utilitaire de recherche "rechercher" dans le menu Démarrer. Il se peut que vous deviez avoir les droits de l’administrateur pour le faire. Si vous ne les avez pas, essayez de convaincre celui qui les a de le faire :)

Dès que vous démarrez regedit, ouvrez le dossier HKEY_USERS en appuyant sur le signe plus à côté. Ouvrez ensuite le dossier DEFAULT, puis le dossier Control Panel, puis le dossier Desktop. Selectionnez le dossier Desktop, et vous devriez voir la liste des noms et données dans une fenêtre à droite. Selectionnez le nom ScreenSaveActive, faites un clique-droit et sélectionnez modifier. La valeur devrait être sur 1. Cela garantit que l’économiseur d’écran se met en marche quand personne n’est connecté. Puis sélectionnez SCRNSAVE.EXE, et changez le en winfah.scr. (cela peut s’avérer nécessaire pour l’installer dans une localisation absolue, quelque chose comme C:\windows\winfah.scr - quelque soit sa localisation). Cela sélectionne l’économiseur d’écran Folding@home comme économiseur d’écran par défaut quand personne n’est connecté. Enfin, sélectionnez ScreenSaveTimeOut et règlez le sur 60. Cela assurera le lancement rapide (60 secondes, plus précisement) après que quelqu’un se soit déconnecté.

Donc, en résumé, pour faire tourner l’économiseur d’écran quand personne n’est connecté, mettez à jour les règlages (keys) du registre : key

value HKEY_USERS\.DEFAULT\ControlPanel\Desktop\ ScreenSaveActive 1 HKEY_USERS\.DEFAULT\ControlPanel\Desktop\ SCRNSAVE.EXE winfah.scr HKEY_USERS\.DEFAULT\ControlPanel\Desktop\ ScreenSaveTimeOut 60

Comment les résultats reviennent-ils vers vous ?

Votre ordinateur va envoyer automatiquement les résultats vers notre serveur à chaque fois qu’une unité de travail sera terminée et télécharger une nouvelle unité ensuite. A ce stade, il peut y avoir des problèmes si votre ordinateur est connecté à internet de façon sporadique. Nous sommes en train de travailler sur un meilleur support pour ce cas en particulier. Seule la version console marche actuellement via la connection par modem et il peut encore y avoir quelques bugs occasionellement.

Puis-je télécharger plus d’une unité à la fois ?

L’algorithme que nous utilisons travaille mieux si tout le monde télécharge une unité à la fois, et il fait des vérifications au retour de chaque unité terminée, c’est pourquoi il n’y a pas de possibilités pour télécharger plus d’une unité à la fois. Si vous avez plusieurs processeurs sur votre ordinateur, il est possible de faire travailler chaque processeur sur une unité différente. Lisez comment faire ici. N’essayez pas de faire tourner deux copies sur des machines différentes qui utilisent le même répertoire sur le même filesystem non plus-- Il FAUT qu’elles tournent sur des répertoires différents.

Le projet The Genome@Home supporte désormais le caching des unités de travail et l’exploitation de FAH. Si vous voulez conservez des unités de travail dans le cache, choisissez les règlages de GAH dans le client s’il vous plait.

Combien de temps cela prend t’il pour terminer une unité de travail ? Comment mesurez vous les unités de travail ?

Cela varie évidemment de la vitesse de votre ordinateur et de la taille de la protéine à l’étude. En fonction de la protéine et de la propriété étudiée, il peut y avoir différentes tailles d’unités de travail. La page descriptif du projet donne des informations sur des tailles de protéines particulières et sur les dates limites allouées pour terminer l’étude de chacune.

Puis-je faire tourner en même temps l’économiseur d’écran et la version console ? Que se passe t’il si je fais tourner deux versions console en même temps ?

SEULEMENT et seulement si vous les installez dans des répertoires distincts. De plus, NE COPIEZ PAS seulement les fichiers d’un répertoire à un autre. Cela va créer la confusion chez notre serveur. 1) vous n’aurez aucun crédit pour le travail réalisé et 2) ce ne sera d’aucune utilité pour la science. Au lieu de cela, lancez le programme d’installation deux fois dans chaque répertoire. Si vous avez déjà copié le programme dans différents répertoires et que vous essayez de les lancer, trouvez le fichier client.cfg et supprimez la ligne "userid=xxxxxxxx". A la prochaine connection à F@H, cela devrait restaurer le fichier client.cfg, et tout devrait rentrer dans l’ordre.

Comment être sûr que mes résultats vont être renvoyés et utilisés ? Comment savoir quelle quantité de calculs j’ai traitée ?

Pour savoir quelles données ont été renvoyées, vous pouvez aller voir les statistiques individuelles, les statistiques des équipes, et les statistiques du projet dans son ensemble. Si votre ordinateur renvoie des données, vous devriez y retrouver votre nom d’utilisateur avec le nombre d’unités de travail traitées. Si votre nom n’apparaît pas, et que votre économiseur d’écran ou votre version console semble fonctionner normalement, alors soit aucune unité n’a encore été terminée (cela peut prendre quelques jours voire plus avec un vieil ordinateur), soit la liste n’a pas encore été actualisée. Retournez voir dans un jour ou deux et il devrait être là, aussi longtemps que vous vous rappelez exactement comment s’écrit votre nom d’utilisateur :)

Pourquoi ajuster la priorité du traitement par le core via la gestion des tâches n’affecte t’il pas sa performance ? Comment puis-je ajuster manuellement la priorié du core de Folding@home ?

De façon générale, quand les utilisateurs tentent de changer la priorité du core via le gestionnaire des tâches de Windows NT/2000/XP, cela n’affecte pas le nombre de CPU que le core traite. On peut expliquer cela par le fait que le travail est réalisé par le thread du core, qui est réglé pour tourner avec la priorité sur veille, et n’est pas affecté par la priorité du gestionnaire de tâches dans le traitement (ce qui affiche ’normal’ par défaut). Pour modifier la priorité manuellement, les utilisateurs doivent utiliser un programme qui permet les règlages de priorité au niveau thread-level.

Puis-je faire tourner Folding@home quand SETI@home tourne aussi ?

Oui, Seti@Home et les autres applications de calculs distribués peuvent tourner à côté de Folding@Home, à condition que vous ayez assez de mémoire système. Certains programmes, dont Seti@Home tournent en ayant la priorité sur Folding@Home, ce qui empêche Folding@Home de progresser s’il tourne en même temps. Si vous remarquez que Folding@Home ne progresse pas, vous pouvez régler le problème en activant l’option "Slightly Higher Priority" dans Folding@Home. C’est possible dans la page des options avancées pour le client Windows, ou en lançant "FAH2Console -config" pour la version console.

Y a t’il des dates limites pour le traitement de l’unité de travail sur mon ordinateur ?

Oui. En fonction des unités de travail, les unités de travail inachevées "expirent" dans la plupart des projets et sont réassignées à des nouvelles machines. Depuis que des unités de travail sont générées pour terminer les anciennes, nous devons constament faire bouger les choses en faisant des unités avec une date d’expiration. Comme nous allons opter pour des unités de travail plus longues, nous étendrons ces durées autant que nécessaire. Par exemple, nous utilisons en ce moment un délai d’expiration de 3 jours pour la molécule de Villin. Certains délais d’expiration sont plus courts. Vous aurez les crédits dans les statistiques pour toutes les unités que vous terminerez même si elles ont dépassé leur date d’expiration mais ce ne sera pas vraiment utile d’un point de vue scientifique.

Puis-je faire tourner la version Linux sur FreeBSD ?

Oui. Suivez les instructions suivantes s’il vous plait :

Installez emulators/Linux_base à partir de FreeBSD CD.

Modifiez /compat/Linux/etc/yp.conf et indiquez-y le bon serveur.

Téléchargez la console de repliement Linux et cd dans le répertoire.

% brandelf -t Linux FAH3Console

Comme dans la Version 3.24, tout ce que vous avez à faire est de préciser l’option "-freeBSD" quand vous lancez le client,

% ./FAH3Console -freeBSD et le core scientifique qui est téléchargé sera nommé automatiquement. Pour les clients antérieurs à 3.24, l’option -freeBSD n’est pas supportée et vous devez suivre les instructions qui suivent :

après avoir démarré le client, attendez jusqu’à ce qu’il télécharge le core

% brandelf -t Linux FahCore_65.exe

% ./FAH3Console

et voilà c’est fait ! (Merci à "gotti" pour la suggestion).

Qu’est-ce que OpenBSD ?

Il fonctionne presque aussi bien que FreeBSD. Suivez juste les étapes suivantes :

1. Installez /usr/ports/emulators/redhat/base à partir des ports sur 3.4 ou versions plus récentes. Si vous avez une version plus ancienne, ou si vous préférez les paquets, installez redhat_base-8.0p2. 2. Faites un script qui redirige le brandelf call vers elf2olf, ainsi les core binaries peuvent être marquées correctement. Ce script peut être téléchargé à partir de http://www.schnarff.com/brandelf, ou simplement mis en place par vos soins :

1. !/bin/sh

elf2olf -v -o linux $3

Dans tous les cas, assurez vous que le script brandelf est exécutable et dans le path du FAH lancé par l’utilisateur. 3. Vérifiez que vous utilisez la version Console version B de Linux, vu que la version A va rejetter le core. 4. Quand le client tourne, utilisez l’option -freeBSD, ça marquera automatiquement les core binaries correctement.

Merci à Alex Kirk pour les infos sur OpenBSD.

Qu’est-ce que l’instabilité de la simulation ?

La simulation du mouvement des molécules suppose un gros effort de calculs par computation. Chaque calcul se décompose en un certain nombre d’étapes dans le temps (chacune très petite). A chaque étape, la position des differents atomes est calculée et actualisée sur la base d’un certain nombre de facteurs. Parfois, la simulation entre dans un état contraire aux lois (c’est-à-dire que les atomes sont trop près, les angles des liaisons sont impossibles, etc.). Dans ces moments-là, le Core s’arrête et les informations sont renvoyées au serveur. Le client va alors recevoir une nouvelle tâche. Si votre ordinateur est stable, alors rien n’est anormal. Sur des ordinateurs instables, il est possible que l’instabilité de la simulation aboutisse à une erreur système plutôt qu’à une erreur à l’intérieur de l’unité de travail. Pour cette raison, une unité de travail peut être envoyée encore une fois à un autre moment si elle est renvoyée après avoir rencontré un état d’instabilité. Cependant, dans un projet donné, le pourcentage d’unités suceptibles de rencontrer un état d’instabilité légitime est faible.

Qu’est-ce qui se passe si j’éteins mon ordinateur ou si j’arrête le client ? Est-ce que le client sauvegarde son travail périodiquement (y a t’il des checkpoints ?) ?

Périodiquement, le core consigne les données sur votre disque dur, ainsi si vous arrêtez le client, il peut reprendre le traitement de l’unité de travail à un point plus avancé que celui du début du calcul. Avec Tinker, la sauvegarde se fait à la fin de chaque frame. Avec GAH, la sauvegarde se fait à la fin de chaque séquence.

Comme les protéines deviennent plus complexes, et que le calcul est plus long, il vaut mieux avoir plus de frames dans une unité de travail. De cette manière, vous ne perdez pas beaucoup de calculs si vous devez redémarrer - - d’où le fait que les unités de travail en ont maintenant 400 au lieu de 100 seulement. La vitesse de la machine n’est toujours pas prise en compte. Une machine rapide termine une frame en quelques minutes alors qu’une machine plus lente peut prendre des heures. Celui qui a une machine lente n’a pas envie de perdre 99% de ces "heures" alors que celui qui a une machine rapide ne veut pas qu’il y ait des sauvegardes toutes les "minutes" - - et aucun des deux ne veut d’une durée trop longue de renvoi quand les résultats comprennent beaucoup de frames.

Avec Gromacs, ces sauvegardes régulières peuvent avoir lieu à presque n’importe quel moment et elles ne sont pas liées à l’enregistrement des données dans les résultats. Initiallement, c’était réglé pour une sauvegarde à chaque pourcentage (1%) d’unité de travail (comme les 100 frames dans Tinker) et on a ensuite programmé une sauvegarde régulière toutes les 15 minutes. Du coup, sur une machine lente vous ne perdez jamais plus que 15 minutes de calculs.

Dans la version 4.x du client, vous pouvez régler sur 15 minutes par défaut ou sur une autre valeur.

Merci à Bruce Borden pour la rédaction de cette FAQ.

Statistiques, équipes, noms d’utilisateur

Comment changer mon nom d’utilisateur ?

Le plus simple, c’est d’aller dans le paneau de configuration (clique droit dans l’affichage graphique ou clique sur l’icône de sys tray). Vous pouvez changer votre nom d’utilisateur à n’importe quel moment. Cependant, les anciennes unités de travail resteront créditées sur l’ancien nom.

Comment rejoindre/monter une équipe ?

Pour monter une équipe, remplissez ce formulaire s’il vous plait. Pour rejoindre une équipe, indiquez juste le numéro de l’équipe dans le panneau de configuration (sur le client graphique) ou entrez le numéro de l’équipe la première fois que vous faites tourner le client (pour la version console texte).

Je fais tourner plusieurs machines derrière un firewall. Peuvent-elles toutes avoir le même nom ?

Oui. Elles peuvent toutes avoir le même nom.

Notez qu’avant, il fallait apposer des numéros #1, #2, etc aux noms d’utilisateurs. CE N’EST PLUS LA PEINE MAINTENANT ! Merci.

Y a t’il des caractères que je ne peux pas utiliser dans mon nom d’utilisateur ?

Nous conseillons fortement d’en rester aux lettres, nombres et souligné. Pour l’instant, nous réservons les caractères : # ^ ~ |. # pour differentier les firewalls (voir plus haut). Nous voulons aussi garder ^ | et ~ pour d’autres problèmes qui pourraient survenir. N’utilisez pas non plus d’espaces dans votre nom d’utilisateur, préférez par exemple : "_" à la place s’il vous plait.

Enfin notez que le choix des noms d’utilisateurs est très sensible, ainsi "Dave", "dave" et "dAVE" sont tous des noms d’utilisateurs differents.

Comment décidez vous combien de crédits vaut une unité de travail ?

Comment déterminez vous combien de points vaut une unité de travail ? Avant de sortir toute unité de travail, nous les évaluons sur un ordinateur Pentium 4 2.8GHz avec SSE2 (notamment comme l’a reporté /proc/cpuinfo sur linux : vendor_id : GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB). Cette machine tourne sur Linux, ainsi toutes les unités de travail sont évaluées avec le core Linux.

Nous faisons le calcul par la formule suivante :

points = 110 * (daysPerWU)

Où daysPerWU est le nombre de jours nécessaires pour terminer une unité de travail (WU). Cette équation a été choisie pour faire correspondre le système aux points des précédentes unités de travail de Gromacs. Le résultat, c’est que les unités de Tinker vaudront plus que quand le nouveau système de points ne soit mis en place (c’est-à-dire avant avril 2004).

Notez que le vrai concept de référence machine signifiera que l’évaluation des unités de travail variera en fonction de la performance de votre machine. Même entre P4, on observe des différences significatives en fonction des architectures au cours des années. De plus, des différences entre unités de travail Folding@Home peuvent aussi conduire à des différences dans l’évaluation du nombre de points.

Notre objectif est de privilégier la cohérence dans la définition du concept de référence machine (décrit plus haut), mais au-delà de cela, la difference naturelle d’une machine à une autre, et d’une unité de travail à une autre, ne permettra jamais d’atteindre un système de points qui reflèterait parfaitement ce que vous obtenez sur votre propre ordinateur.

Comment établissez vous les dates limites des unités de travail ?

Chaque unité de travail est évaluée avec SSE2 sur un ordinateur Pentium 4 2.8 GHz dédié à cette tâche. Ensuite, nous appliquons l’équation :

timeout = 20 * (daysPerWU) + 2 deadline = max(30* (daysPerWU) + 2,10)

où daysPerWU est le nombre de jours nécessaires au traitement complet de l’unité de travail. Le "+2" jours sert à donner un tampon supplémentaire pour les unités de travail rapides (pour permettre au serveur de charger, etc). Si 30*daysPerWU est en dessous de 10 jours, nous règlons la durée limite à 10 jours, durée minimale pour tous les projets. Le timeout correspond à la durée au bout de laquelle l’unité de travail sera renvoyée à un autre client et la deadline correspond à la date limite après laquelle nous n’allouerons plus des crédits statistiques pour l’unité de travail.

Occasionellement, les dates limites peuvent être fixées selon des durées plus courtes ou plus longues qu’avec le calcul ci-dessus. Cependant, les dates limites se justifient finalement par le fait que plus tôt nous recevons les unités de travail traitées, plus rapidemment nous pourrons faire bon usage des résultats. Le serveur qui distribue les unités prend la performance de la machine en compte, ce faisant, il permet aux machines plus lentes de recevoir des unités de travail plus adaptées à leurs capacités.

A propos de l’économiseur d’écran :

Qu’est-ce qui est le mieux pour moi : l’économiseur d’écran ou la version console ?

La version console graphique affiche les mêmes informations que la version économiseur d’écran, mais juste dans une fenêtre. Elle est plus adaptée pour vous si vous

    * voulez faire tourner Folding@home tout le temps ;
    * ne voulez pas d’un économiseur d’écran ;
    * aimez voir ce qui se passe vraiment à l’envers du décor.

Vous préfèrerez faire tourner la version économiseur d’écran : "screen saver only" si vous

    * ne voulez pas faire tourner Folding@home en permanence mais uniquement quand vous n’utilisez pas votre ordinateur

Si vous n’arrivez pas à vous décider, faites un essai des deux !

Qu’est-ce que montre l’économiseur d’écran ?

Notre économiseur d’écran montre en temps réel les visualisations des simulations en train d’être traitées. La molécule représentée est une configuration atomique courante ("fold") de la protéine simulée sur votre ordinateur et le graphisme en haut montre l’énergie potentielle en incréments en femtosecondes. Nous affichons la protéine selon divers styles de visualisations et selon des orientations variées pour permettre de mieux voir le repliement de la protéine avec une esthétique simple. Le fait que la visualisation de la protéine "scrolls" (qu’on puisse la faire pivoter en tournant) n’a aucun sens en biologie, c’est juste un moyen visuellement attrayant et un peu poussé de montrer la protéine.

Il y a deux modes de visualisation courants : Space-filling et ball-and-stick. Dans le mode ball-and-stick (boules et bâtons), chaque petite boule représente un atome, et les bâtons représentent les liaisons entre atomes. Dans le mode space-filling, chaque sphère pleine représente le volume approximatif qu’occupent les électrons autour de chaque atome. Dans les deux modes, les atomes de carbone sont en gris foncé, ceux d’hydrogène en gris clair (certains atomes d’hydrogène ne sont pas du tout dessinés), ceux d’oxygène sont en rouge, ceux de nitrogène sont en bleu, et ceux de sulfure sont en jaune.

Le camenbert indique la fraction du travail terminé pour l’unité en cours de traitement.

Mon écran est réglé pour s’éteindre après un certain temps. Puis-je quand même faire tourner l’économiseur d’écran ?

Les règlages d’économie d’énergie qui éteignent l’écran après une période donnée n’affectent pas l’économiseur d’écran. Aussi longtemps que l’ordinateur est en marche, l’économiseur d’écran continuera à fonctionner et à accumuler des données utiles même si l’écran est éteint.

L’économiseur d’écran utilise t’il beaucoup de temps de CPU ?

L’économiseur d’écran est conçu pour utiliser très peu de temps CPU. Même sans aucun équipement hardware OpenGL, il utilise seulement 5% du temps CPU pour les graphiques. Si vous avez un support de type OpenGL sur votre carte graphique, le temps CPU devient virtuellement nul. Depuis le spacefilling ("orb"), le dessin des atomes peut être visualisé, ça peut avoir l’air de demander beaucoup au processeur mais un timer gère le processus et peut le bloquer si le dessin prend beaucoup de temps.

Un hardware en plus pour la 3D aidera t’il l’économiseur d’écran à être plus rapide ?

Les cartes d’accélération 3D feront une différence pour les protéines complexes.

Comment arrêter l’économiseur d’écran ?

L’économiseur d’écran est conçu pour s’éteindre par un clique de souris ou en appuyant sur une touche. Il NE s’arrêtera PAS en faisant simplement bouger la souris ; cela afin d’éviter aux utilisateurs de fermer Folding@home par inadvertance vu qu’il a besoin d’un certain temps pour commencer à traiter les données à chaque fois qu’il redémarre.

Divers :

D’où vient le logo ?

Notre logo est une représentation abstraite de notre objectif : partir de la séquence de la protéine encodée dans le génôme pour atteindre la structure de la protéine. La double hélice sur la gauche représente le génôme (l’ADN est une molécule bihélicoïdale) et les flèches sur la droite symbolisent la structure des protéines (la structure feuillet bêta est souvent représentée par des rubans avec des flèches).

Quelle puissance et combien ça coûte de faire tourner F@H 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7 sur un ordinateur ?

Grossièrement, une CPU utilise environ autant de puissance qu’une ampoule 60 watts. Voici un rapport sur la gestion de la puissance informatique écrit par le laboratoire gouvernemental de Lawrence Berkeley. Vous pouvez aussi trouver d’autres références sur le web. Cependant, la puissance nécessaire pour la plupart des ordinateurs est évaluée à 250 watts, l’usage moyen est largement en dessous. En moyenne, un ordinateur de type Pentium utilise entre 45 et 70 watts quand il est allumé (j’ai lu des choses diverses et variées à ce sujet). Si l’ordinateur n’a pas de mode veille, il utilisera la même quantité d’énergie qu’il fasse tourner un programme ou pas. S’il est en mode veille, il consommera autour de 25 watts. La différence quotidienne entre un ordinateur éteint et un qui fait tourner F@H est d’environ 24x(45 à 70) = 1.1 à 1.7 kWh. Pour un coût de 0.14$ par kWh ( référence prise chez la compagnie PG&E ici en Californie), cela nous mène à une dépense de l’ordre de 0.15$ à 0.24$ par jour, ou 6$ par mois. La différence entre un ordinateur en veille et un qui fait tourner F@H serait proche de 4$ par mois - et si l’ordinateur servait déjà 8 heures par jour, le coût serait plus proche de 3$ par mois.

En général, l’éclairage et le contrôle de la température utilise beaucoup plus d’énergie que les ordinateurs dans les foyers. Alors, la meilleure solution pour réduire les coûts et économiser l’énergie, c’est d’éteindre les lumières, d’éteindre vos écrans d’ordinateurs (qui utilisent plus d’énergie qu’une CPU), et de réduire le chauffage. Et de continuer à plier et déplier :)

Avez vous des boutons web que je pourrais télécharger pour les utiliser pour faire des liens à votre site ?

Que pensez vous de celui là ? (merci à RPH IV)

Qu’en est-il de la sécurité ?

Nous avons travaillé très dur pour maintenir le meilleur niveau de sécurité possible grâce à la méthodogie scientifique appliquée aux ordinateurs modernes. Notre logiciel va envoyer et recevoir les données en passant seulement par notre serveur de données ici à Stanford. Les Cores sont aussi digitalement identifiés (voir ci-dessous) pour s’assurer que vous obteniez un authentique core de Stanford et rien d’autre.

Comment est-ce possible ? Nous prenons des mesures de sécurité importantes pour vérifier toutes les données qui entrent dans votre ordinateur et les résultats renvoyés à Stanford avec des signatures digitales de 2048 bits. Si les signatures ne correspondent pas (autant sur les entrèes que sur les sorties), le client rejettera les données et redémarrera. Cela permet, en utilisant les meilleures mesures de sécurité pour logiciel développées à ce jour (signatures digitales et PKI dans la version 3.0), d’assurer une sécurité constante et des plus stricte.

Pour finir, on peut télécharger le client/l’économiseur d’écran seulement à partir de ce site web, ainsi nous pouvons garantir l’intégrité du logiciel. Nous ne prenons pas la responsabilité d’un logiciel Folding@home obtenu ailleurs et interdisons à d’autres de le distribuer.

Pourquoi pas la version IRIX/Solaris/etc ?

Nous avons croulés sous les demandes pour d’autres versions. En raison de nos ressources limitées, nous pouvons uniquement supporter quelques versions du client. Avec l’aide des donations, nous essayons de privilégier des systèmes d’exploitation qui semblent être les plus répandus, et financièrement, il nous est difficile de faire plus.

Qu’allez vous ajouter dans les prochaines versions du logiciel ?

Un bon moyen d’entendre parler des nouvelles versions et des versions bêta etc. c’est d’aller sur les support center newsgroups, ou à http://forum.folding-community.org.

Kindly translated to French by Sandrine Cortet ( scortet at optonline dot net )

(c) 2000-2003 Vijay Pande and Stanford University