Über Folding@home

PANDE GRUPPE, CHEMIE-ABTEILUNG, STANFORD UNIVERSITÄT

Die Pande Gruppe arbeitet auf Theorie und Simulationen von, wie Proteine, RNS und nanoscale synthetische Polymer-Plastiken sich falten. Wir haben die Ensembledynamikmethode und seine Anwendung zur Proteinfalte entwickelt und den Klient und Bedienercode für das Folding@home Projekt schrieben. Die Mitglieder der Gruppe, die in Folding@Home mit einbezogen wird, werden hier verzeichnet.

Current Group Members

Prof. Vijay S. Pande	Director of Folding@Home	Associate Professor of Chemistry and of Structural Biology
Adam Beberg	Distributed computing	Graduate student, Computer Science, 2005-. Folding@home 1999-.
Greg Bowman	RNA folding & protein folding	graduate student, Biophysics program 2006-
Relly Brandman	drug design	Graduate student, BioX Fellow, Molecular Pharmacology, 2002-
Dr. Kim Branson	Drug design	Postdoctoral Fellow, 2006-
Dr. John Chodera	Protein folding, free energy calculation	Postdoctoral fellow, Chemistry Dept, 2006-
Jeremy England	protein folding	Graduate student, physics, Hertz Foundation Fellow 2006-
Dan Ensign	Protein folding	SGF Fellow 2005-
Mark Friedrichs	GPU coding, AMOEBA	Staff, 2006-
Imran Haque	Small molecule design	Graduate student, Computer Science, 2007-
Guha Jayachandran	protein folding, ligand binding	Graduate student, CS Dept, NDSEG Fellow; 2002-
Rajdas Jayakumar	Alzheimer�s Disease	Staff, 2006-
Dr. Peter Kasson	Lipid vesicle fusion	Postdoctoral Fellow 2006-
Nick Kelley	lipid membrane simulation	Graduate student, Biophysics Program, 2001-
Del Lucent	Protein folding	Graduate student, Biophysics Program, 2005-
Dr. Edgar Luttmann	Protein aggregation	Postdoctoral Fellow, Chemistry Dept, 2005-
Paul Novick	Drug design	Research assistant, 2007-
Paula Petrone	Ribosome	Graduate student, Biophysics Dept, 2004-
Alex Robertson	Protein folding	Undergraduate student, Chemistry Dept, 2005-
Dr. Vincent Voelz	Protein folding	Postdoctoral fellow , Chemistry Dept, 2007-
Jason Wagoner	Water models, free energy calculation	Graduate student, Chemistry, 2006-

Former group members

Ian Baker	alanine folding	undergradute, Chemistry Dept, 2000-2002. Graduated from Stanford, BA Chemistry
Dr. Jim Cladwell	RNA folding, polarizable ff	Staff Scientist, Chemistry Dept, 2003-2005
Dr. Lillian Chong	protein folding	Postdoc, Chemistry Dept, 2002-2006. Presently a Prof. at University of Pittsburgh
Dr. Sidney Elmer	non biological polymers	Graduate student, Chemistry Dept, 1999-2005
Dr. Mark Engelhardt	RNA folding	Graduate student, Biochemistry Dept, 2003-2006. Currently a postdoc at U. Toronto
Siraj Khaliq	Folding@Home 1.x development; 2.x architecture, development	Master student, 2000-2002. Presently at Google.
Dr. Stefan Larson	protein design, Genome@Home	Graduate student, Biophysics Program, James Clark Fellow, 2000-2004. Presently a consultant at McKinsey.
Dr. Sung-Joo Lee	Coarse grained models for RNA	Postdoctoral Fellow, Chemistry Department, 2003-2005. Presently a group leader at LG Pharmaceuticals.
Brad Nakatani	RNA folding	Masters student, Chemistry Dept, 1999-2003
Dr. Sanghyun Park	Free energy methods, collagen folding	Postdoc, Chemistry Dept, 2004- 2007. Presently a fellow at Argonne National Lab/U. Chicago.
Dr. Young Min Rhee	thermodyanmics simulation methodology, Folding@Home	Graduate student, Chemistry Dept, Stanford Graduate Fellow, 2001-2005 . Currently a postdoc at UC Berkeley in Martin Head-Gordon's group.
Tug Sezen	Education pages	Visiting teacher, summer 2002. Presently teaching at Freedom High School.
Dr. Michael Shirts	thermodyanmics simulation methodology, Folding@Home	Graduate student, Chemistry Dept, Stanford Graduate Fellow, Hertz Fellow, 2000-2005. Currently a postdoc at Columbia in Rich Freisner's group.
Nina Singhal	Markov State Models	Graduate student, Computer Science Dept, Stanford Graduate Fellow, 2001-2007. Currently a professor at the University of Chicago in the Departments of Computer Science and of Statistics.
Eric Sorin	RNA folding, protein folding, Folding@Home	Graduate student, Chemistry Dept, DOE CGSF Fellow, 2000-2007. Currently a professor of Chemistry at California State University Long Beach.
Chris Snow	protein folding kinetics, Folding@Home	Graduate student, Biophysics Program, HHMI Fellow,2001-2006. Currently a postdoc at Frances Arnold's group at Caltech.
Vishal Vaidyanathan	Protein folding	Graduate student, Chemistry Dept, 2001-2007. Currently working at Goldman-Sachs.
Dr. Bojan Zagrovic	protein folding, mean structure hypothesis	Graduate student, Biophysics Program, HHMI Fellow, 2000-2004. Presently a Professor/Institute Director in Croatia.

(Last modified March 14, 2008, at 01:38 PM)

FINANZIERUNG UND UNTERSTÜTZUNG

Wir möchten auch den folgenden Firmen und den Agenturen für ihre Unterstützung von Folding@Home danken. Die implizite Solvatisierungarbeit (basteln), wird durch eine Bewilligung von den nationalen Instituten der Gesundheit (R01GM62868-01) gestützt. Unsere Gromacs Arbeit (d.h. unsere Forschung auf der Rolle des Wassers in der Proteinfalte) wurde vor kurzem durch eine Bewilligung vom National Science Foundation (NSF) gestützt. Unsere Arbeit über den Vergleich zwischen Kraft fängt wurde gestützt durch den ACS PRF auf (36028-AC4). Die Ausbildung Seiten wurden durch das NSF MRSEC CPIMA (DMR-9808677) gestützt, das für Freiheit High School Lehrer Schlepper Sezen zahlte, einen Sommer in unserem Labor zu verbringen, das einen Folding@Home-based Lehrplan entwickelt und Webseiten stützt.

Wir haben vor kurzem eine großzügige Bewilligung in den Kleinteildiskonten von Dell erhalten, die uns erlaubt, unseren Hinter Folding@Home Bediener zu erneuern. Wir möchten auch Google für ihre Unterstützung durch das Google rechnenprogramm danken. Wir danken auch Intel für ihre Hilfe in der Vergangenheit durch das Intel menschenfreundliche Gleich-zu-Gleicher Programm. Wir möchten Apple für ihre anhaltende Unterstützung, besonders mit der Entwicklung unseres OS X Klienten und Entwicklung von Gromacs für OS X. danken. Schließlich möchten wir Stanford Universität für ihre Unterstützung von Folding@Home durch Bewilligungen vom Programm des Internets 2, das Büro des technologischen Genehmigens und einen Preis eines Terman Stipendiums zum Prof Pande danken.

Cosm

Das Cosm Projekt hat bedeutende Beiträge zu Folding@home gebildet, indem es die Netzbibliothek (Mithral CS-SDK) benutzt, um den Klient und Bedienercode zu errichten entwickelte. Adam Beberg ist die Hauptkraft hinter Cosm, obgleich es einige Leute gibt, die mit seiner Entwicklung beschäftigt gewesen werden.

BASTELN

Das Proteindynamikteil des Folding@home Codes ist eine geänderte Version von BASTELN, ein leistungsfähiges molekulares Dynamikprogramm, das durch Jay Ponders Labor geschrieben wird (in der Abt. der Biochemie u. der molekularen Biophysik gelegen an der Washington Universitätsschule von Medizin in St. Louis, in Missouri.). Ihre kontinuierliche Zuführung ihres Codes, einschließlich bedeutende Geschwindigkeit Verbesserung in der upcoming Version, übersetzt in weitere Zuführungen in Folding@home. Seinen Aufstellungsort für mehr Details bitte sehen. Wenn du mit möchtest seiner Quelle „, basteln“, bitte seine Lizenzvereinbarung lesen und unterzeichnen.

Gromacs

Wir haben schwer das Gromacs molekulare Simulation Paket für Folding@Home enthalten vor kurzem und geändert. Wir fahren fort, mit den Gromacs Entwicklern zu arbeiten, um Gromacs weiter zu verbessern. Für mehr Details unsere Gromacs Seite sehen.

Jobs bei Folding@home: Habilitationsmitpositionen öffnen sich

Interessiert für Simulation und Theorie der biologischen Moleküle? Hast du ein PhD in der Physik, Chemie, strukturelle Biologie, oder ein in Verbindung stehendes fangen auf? Sind du mit C vertraut, Fortran, Perl, HTML und Linux? Wenn so, suchen wir nach einigen guten postdocs, um in der Pande Gruppe (an der Stanford Universität) auf Folding@home und in Verbindung stehenden Projekten zu arbeiten. Bitte email eine kurze Aussage oder ein Lebenslauf zum Prof Pande.

Über das Firmenzeichen

Unser Firmenzeichen ist eine abstrakte Darstellung unseres Ziels: von der Proteinreihenfolge gehen kodiert im Genom zur Struktur des Proteins. Die doppelte Schnecke auf dem links des Firmenzeichens bezeichnet das Genom (DNA ist ein doppeltes schraubenartiges Molekül) und die Pfeile auf dem Recht sind Darstellungen der Proteinstruktur (Betablattstruktur wird häufig als Bänder mit Pfeilen gezeichnet).

Wir haben vor kurzem diesen Blick aktualisiert:

Dank Markierung Lowe für seine ganze Hilfe bei der Firmenzeichen- und Netzneukonstruktion.

Über den Schirmretter

Unser Schirmretter zeigt Realzeitsichtbarmachungen der Simulationen, die durchgeführt werden. Das gezeichnete Molekül ist die gegenwärtige Atomkonfiguration („Falte“) des Proteins, das auf deinem Computer simuliert wird und das Kreisdiagramm das links zeigt den gegenwärtigen Fortschritt auf der Arbeit Maßeinheit.

Es gibt z.Z. vier Sichtbarmachungmodi: das Raum-Füllen, der Kugel-undstock, wireframe und Alpha-verfolgen. Im Kugel-undstock stellt jede kleine Kugel ein Atom dar, und die Stöcke stellen Bindungen zwischen Atomen dar. Im Raum-füllenden Modell stellt jeder gefüllte Bereich das ungefähre Volumen dar, das die Elektronen um jedes Atom besetzen. Im wireframe Modus nur die Bindungen werden gezeichnet, aber mit den Gipfeln gefärbt, um Atomidentität anzuzeigen. In allen als Modus Alpha-verfolgen, werden Kohlenstoffatome in dunkelgraues gezeichnet, werden Wasserstoffatome in hellgraues (obgleich einige Wasserstoffatome nicht an allen gezeichnet werden), Sauerstoffatome werden gezeichnet in Rot gezeichnet, werden Stickstoffatome in Blau gezeichnet, und Schwefelatome werden in Gelb gezeichnet. In Modell Alpha-verfolgen, nur ein Atom (der Alphacarbon) pro Aminosäureüberrest gezeigt wird, um die gesamte Anordnung für das Peptid oder das protei hervorzuheben n.