Folding@Home: Häufig gestellte Fragen (FAQ)

Diverse FAQ

• Konfiguration FAQ
• Punkte FAQ
• Krankheiten studierten FAQ
• FAQ kompiliert auf Fahrenheit Wiki
• Uninstall FAQ

FAQ zu neuer Hardware

• Folding@Home Petaflop Initiative FAQ
• hohe Leistung Klient FAQ
• FAQ PS3
• ATI FAQ (Kern 10)
• SMP FAQ (Kern A1)

FAQ zu Folding@Home-Berechnungen (Cores)

• Gromacs FAQ (Core 78, 79, 7A, A0)
• AMBER FAQ (Core 82)
• QMD FAQ (Core 96)

Inhaltsverzeichnis

Projektdetails, Überblick

Was ist Folding@Home? Was ist Proteinfaltung?

Folding@Home ist ein Projekt für verteiltes Rechnen. Stark vereinfacht ausgedrückt, wird dadurch die Faltung von Proteinen erforscht. Für mehr Informationen zur Proteinfaltung besuchen Sie bitte unsere Seite „Wissenschaft“.

Was ist verteiltes Rechnen?

Verteiltes Rechnen bezeichnet eine Methode, bei der ein Programm gleichzeitig zwei oder mehr Computer für seine Berechnungen nutzt. Dazu werden einzelne Prozesse über ein Netzwerk oder über das Internet auf die Rechner verteilt.

Wer „besitzt“ die Resultate? Was geschieht mit ihnen?

Anders als andere Projekte für verteiltes Rechnen wird Folding@Home von einer akademischen Einrichtung (der Pande-Gruppe, an der Chemie-Abteilung der Stanford Universität) unterhalten, einer gemeinnützigen Organisation, die sich der wissenschaftlichen Forschung und Ausbildung widmet. Wir werden die Daten nicht verkaufen oder in irgendeiner Weise Geld damit verdienen.

Des weiteren werden wir die Daten für andere zur Verfügung stellen. Insbesondere werden die Resultate von Folding@home in mehreren Stufen veröffentlicht. Hauptsächlich werden Analysen der Simulationen bei den wissenschaftlichen Journalen zur Publikation eingereicht, und diese Artikel werden auf der Webseite nach der Publikation bekanntgegeben. Dann werden die Rohdaten der Faltdurchläufe für jeden, einschließlich anderer Forscher, hier auf dieser Website einsehbar.

Wie kann ich sehen, wieviele die Leute teilnehmen? Was ist bis jetzt „gefaltet“ worden? Und wieviel habe ich bis jetzt gefaltet?

Wir speichern verschiedene Statistiken über die Benutzer und die bereits fertiggestellten Arbeitseinheiten. Unter „Statistik“ können Sie Ihre persönliche Statistik, die Team-Statisik und die Statistik des gesamten Projekts einsehen. Bitte schauen Sie sich dazu auch die Artikel und Auszeichnungen einmal an.

Warum veröffentlicht ihr nicht den Quellcode?

Die meisten kritischen Teile von Folding@Home sind öffentlich. Die Quellcodes der Tinker- und Gromacs-Cores können heruntergeladen und verwendet werden. Anders als bei vielen anderen Computerprojekten ist unsere größte Sorge nicht die Funktionalität, sondern die wissenschaftliche Integrität. Die Veröffentlichung des Quellcodes, die ermöglichen würde, gefälschte wissenschaftliche Resultate zu produzieren, würde das vollständige Projekt sinnlos machen.

Was hat das Projekt bis jetzt vollbracht?

Wir sind in der Lage gewesen, einige Proteine im Zeitbereich von 5-10 Mikrosekunden, mit experimenteller Validierung unserer Faltungskinetik, zu falten. Dies ist ein großer Fortschritt im Vergleich zu bisheriger Arbeit. Die wissenschaftlichen Artikel, die unsere Resultate detailliert beschreiben, können unter Artikel eingesehen werden. Wir richten unsere Aufmerksamkeit jetzt auf andere wichtige Proteine, für strukturelle biologische Studien des Faltens sowie die Proteine, die für Krankheiten verantwortlich sind. Es gibt viele Studien, welche aus Folding@Home resultierten und in den renommierten Magazinen überprüft und veröffentlicht wurden (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, usw.). Zur Zeit hat Folding@Home mehr Artikel publiziert als alle anderen wichtigen verteiltes-Rechnen-Projekte zusammen!

Warum nicht einfach einen Supercomputer benutzen?

Moderne Supercomputer sind im Wesentlichen Cluster von hunderten Prozessoren, verbunden durch ein schnelles Netzwerk. Die Geschwindigkeit dieser Prozessoren ist vergleichbar mit (und häufig langsamer als) die eines PC-Prozessors! Wenn nun ein Algorithmus wie unserer nicht den schnellen Netzwerkanschluß benötigt, läuft er auf einem Supercluster genau so schnell wie auf einem Supercomputer. Jedoch benötigt unsere Anwendung nicht hunderte von Prozessoren, wie in den modernen Supercomputern, sondern hunderttausende Prozessoren. Folglich sind die Berechnungen, die durch Folding@Home durchgeführt werden, gar nicht anders möglich! Außerdem: Selbst wenn wir exklusiven Zugang zu allen Supercomputern der Welt hätten, würden wir weniger Zyklen berechnen können, als mit dem Folding@Home-Supercluster! Dies wird möglich durch moderne, schnelle PC-Prozessoren, die in hundert Millionen PCs im Leerlauf auf der Welt existieren.

Kann ich Folding@Home auf fremden Geräten laufen lassen?

Bitte führen Sie Folding@Home nur auf Geräten aus, die Ihnen gehören oder auf welchen Sie die Erlaubnis des Inhabers haben, unsere Software laufen zu lassen. Jeder mögliche andere Gebrauch von Folding@Home verletzt unsere Lizenzvereinbarung (und ist ohnehin nicht gerade eine gute Idee).

Was sind die minimalen Systemanforderungen?

Alle Computer können zu Folding@Home beitragen. Wenn der Computer jedoch zu langsam ist (z.B. wurde er nicht in den letzten 3-4 Jahren oder so gekauft), könnte er die Stichtage („deadlines“) der normalen Arbeitseinheiten nicht schaffen. In diesem Fall sollten Sie Arbeitseinheiten ohne Deadline berechnen.

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Netzwerkanschlußprobleme

Meinem Client wurde die IP-Addresse 0.0.0.0 zugewiesen. Was ist da los?

Gelegentlich könnten wir keine Arbeit haben, die zu den Anforderungen jeder Plattform passt. Wenn dies eintrifft, liefern wir keine bereits durchlaufenen Arbeitseinheiten, die nicht wirklich erforderlich wären. Wir würden eher einige Clients im Leerlauf regelmäßig nach neuen Arbeitseinheiten suchen lassen, statt sie mit unnötiger Arbeit auszulasten. Obwohl Ihr Computer gelegentlich „arbeitslos“ sein kann, bewerten wir weiter die Abgaben. Sollte dies über einen längeren Zeitraum der Fall sein, fragen Sie im Forum nach Hilfe, denn das wäre nicht normal.

Ich habe ein Modem. Kann ich Folding@Home nutzen?

Ja. Sie können die Software so konfigurieren, dass sie sich automatisch einwählt, oder bis zur nächsten Verbindung wartet. Möglicherweise kann es zu Problemen mit Modems und der Verwendung unserer Bildschirmschoner kommen. In diesem Fall benutzen Sie bitte den Konsolen-Client von Folding@Home.

Kann ich Folding@Home trotz Firewall benutzen?

Ja. Sie können eine Firewall oder einen Proxyserver im Konfigurationsmenü einrichten. Sie erreichen dieses Menü mit einem Rechtsklick auf die grafische Oberfläche oder das Symbol in der Taskleiste.

Fehler

Das Folding@Home Windows-Installationsprogramm funktioniert nicht.

Sie versuchen, den grafischen Windows-Client oder den Bildschirmschoner zu installieren, und es erscheint nur die Meldung „Setup is starting...“ und nichts weiter passiert (auch keine Fehlermeldung)? Möglicherweise befindet sich eine Datei namens „setup.exe“ in einem Verzeichnis des Pfades, von dem aus sie die Installation starten möchten (oft das Verzeichnis, in dem sich der F@H.Installer befindet, der Desktop oder ein temporäres Verzeichnis). Je nach verwendetem Betriebssystem kann es mehrere temporäre Verzeichnisse geben. Löschen oder verschieben Sie die „setup.exe“ und das Problem dürfte beseitigt sein.

Folding@Home sieht seltsam aus (Windows) oder verursacht eine Schutzverletzung (Linux).

Folding@Home benötigt mindestens 32 MB RAM. Verrückte Sachen passieren unter Windows mit weniger Arbeitsspeicher und der Konsolen-Client verursacht Schutzverletzungen unter Linux.

Mein Bildschirmschoner sieht aus wie eine schwarze Fläche mit umlaufenden kleinen Punkten.

Wir denken, dass wir dieses Problem durchschaut haben. Es scheint von Bildschirmen oder Grafikkarten ohne 8-bit-Farbunterstützung verursacht zu werden. Außerdem haben wir Probleme mit älteren Grafiktreibern festgestellt. Wenn Sie Probleme haben, stellen Sie sicher, dass die neuesten Grafik- und OpenGL-Treiber installiert sind.

Windows fragt nach einer DLL. Wo kann ich sie finden?

Microsoft hat diese DLLs auf der Website. Insbesondere werden diese DLLs für Winsock2 und OpenGL benötigt. Sie sind in den meisten Kopien von Windows NT, 98, und 2000 bereits enthalten, allerdings selten in Windows 95.

• Das Windows socket 2-Update für Microsoft Windows 95 beseitigt einige Probleme mit Winsock2 und dem TCP/IP-Protokollstapel.
• OpenGL 1.1 für Windows 95 ist in Windows 95 OSR 2 enthalten. Die Bibliotheken sind ebenfalls auf der Microsoft ftp-Site unter ftp://ftp.microsoft.com/softlib/mslfiles/opengl95.exe als selbst entpackendes Archiv verfügbar. Darin enthalten ist die opengl32.dll, die zum Ausführen von OpenGL-Programmen unter Windows 95 benötigt wird.

Ich bekomme eine Fehlermeldung, etwas wie „Format:MyForm not found“, wenn ich versuche, das Programm herunterzuladen.

Dies scheint ein Fehler der Server von Stanford zu sein, nicht unserer Computer, und wir versuchen, die genaue Ursache des Problems zu finden. Es passiert aber selten, und zu Zeit empfehlen wir, es später noch einmal mit dem Download zu versuchen.

Ich bekomme eine Fehlermeldung, etwas wie „Network Recv Timeout“ in der Konsole (oder in der Datei scrlog.txt).

Wenn Sie eine Meldung wie diese lesen:

Deleting files IP = 171.64.122.81 Network Recv Timeout GetWork Failed

dann machen Sie sich keine Sorgen. Das Programm hatte Probleme mit der Verbindung zum Server und wartet bis zum nächsten Versuch. Im Moment haben wir ein paar Probleme mit unserern Servern, und vielen Benutzern geht es ähnlich wie Ihnen. Gedulden Sie sich ein wenig, und die Verbindung wird aufgebaut. Sollte nach etwa einem Tag keine Veränderung eintreten, starten Sie den Client neu oder installieren Sie ihn neu. Sollten Sie den Konsolen-Client nutzen, beenden Sie ihn ordnungsgemäß durch die Tastenkombination Strg-C (bitte beachten: Diese Funktion ist nur in neueren Versionen enthalten. Ältere Versionen beenden Sie dann wie gewohnt), und starten ihn neu.

Ich bekomme eine Fehlermeldung, etwas wie „Running self tests.......test failed, error -1“ in der Konsole (oder in der Datei scrlog.txt), aber das Programm scheint zu funktionieren.

Keine Sorge, wenn es einwandfrei zu funktionieren scheint, dann tut es das auch. Diese Fehlermeldung gehört zur Cosm-Programmbibliothek für verteiltes Rechnen, auf der Folding@Home basiert. So weit wir das sagen können, hat dies keinerlei Auswirkung auf die Funktionalität der Folding@Home-Programme.

Ich bekomme eine Fehlermeldung, etwas wie „Running self tests.......test failed, error -1“ in der Konsole (oder in der Datei scrlog.txt), und das Programm hängt sich auf.

Deinstallieren Sie das Programm, stellen sie sicher, dass der Programmordner entfernt wurde, und installieren Sie neu. In den meisten Fällen sollte es nun laufen.

Wenn ich den Bildschirmschoner starte, hängt er sich auf und meldet einen „page fault“.

Wenn Sie eine solche Meldung bekommen:

The error message reads FOLDINGATHOME caused an invalid page fault in module FOLDINGATHOME.SCR at 015f:00420494.

gefolgt von einer Bazillion Dialogfeldern, die Sie wegklicken müssen, dann fehlt freier Arbeitsspeicher zum Start des Bildschirmschoners. Lösungsmöglichkeiten wären etwa das Schließen von anderen Programmen oder eine Erhöhung der Wartezeit (etwa 5-10 Minuten), damit der Bildschirmschoner nicht startet, während Sie arbeiten.

OpenGL-Spiele gehen nicht oder werden minimiert, wenn der grafische Client läuft.

Dies ist ein bekanntes Problem, das auftreten kann, wenn Folding@Home und eine andere OpenGL-Anwendung (meist Spiele) zusammen betrieben werden. Verursacht wird dies durch OpenGL, welches vom grafischen Client benutzt wird und nicht erlaubt, von zwei Programmen gleichzeitig benutzt zu werden. Sie können dieses Problem umgehen, indem Sie den grafischen Client deinstallieren und statt dessen den Konsolen-Client verwenden. Danke an [Spectre] und ellroy80 für diesen Beitrag.

Folding@Home und Genome@Home

Was ist das Genome@Home-Project und was hat es mit dem Folding@Home-Project zu tun?

Genome@Home war ein anderes Projekt für verteiltes Rechnen, ebenfalls vom Pande Lab. Es wurde am 15. April 2004 beendet. Mehr Informationen finden Sie unter http://genomeathome.stanford.edu

Das Ziel von Genome@Home ist die Gestaltung von Proteinen und deren Einsatzmöglichkeiten. Ein zentraler Schwerpunkt der Proteingestaltung ist die Schaffung umfangreicher Datenbanken von solchen Proteinketten, sozusagen die Neugestaltung oder das „reverse engineering“ eines existierenden Genoms (daher der Name „Genome@Home“). Eine andere Anwendung wäre, zu verstehen, warum Proteine sich falten, fehlerhaft falten und verketten. Dies ist ein Schwerpunkt von Folding@Home und hängt direkt mit unseren Studien der Proteinfaltung und -fehlfaltung zusammen, ebenso der Krankheiten, die mit der fehlerhaften Faltung in Zusammenhang gebracht werden, wie Alheimer, ALS, usw.

Was bewirkt die „gah“-Option denn nun?

Wir haben verschiedene Arbeitseinheiten entwickelt, die nicht in neue resultieren und daher keine Deadlines benötigen. Diese so genannten „zeitlosen“ Arbeitseinheiten sind verfügbar und Sie können sie abrufen, indem Sie die „gah“-Option im Client wählen. Sie sind am besten geeignet für langsame Rechner oder Computer ohne ständige Internetverbindung. Der Client wird diese Arbeitseinheiten zwischenspeichern. Für Clients der Version 5.00 oder neuer sind diese Arbeitseinheiten extra aufgelistet. Für ältere Clients wählen Sie die „gah“-Einstellung.

Betrieb der Software

Ich habe gerade eine Arbeitseinheit beendet und bekomme eine neue für das gleiche Protein. Stimmt da was nicht?

Nein, wahrscheinlich ist alles in Ordnung. Wir erforschen die Dynamik einiger Proteine, also könnten Sie mehrere Arbeitseinheiten für das gleiche Protein erhalten. Jede Arbeitseinheit bringt uns neue Erkenntnisse über die Dynamik dieses Proteins, daher ist dies wichtig für uns. Tatsächlich würden wir nicht viel lernen, wenn nur eine Arbeitseinheit für jedes Protein berechnet würde.

Läuft Folding@Home mit zwei Prozessoren/mit einem Mehrkernprozessor?

Ja, dafür gibt es zwei Möglichkeiten. Für Linux oder OSX/Intel gibt es den SMP-Client.

Auf anderen Plattformen muss für jeden zusätzlichen Prozessorkern ein Konsolen-Client betrieben werden (unter Windows mit dem Befehlszeilenparameter „-local“). Zuerst richten Sie für jeden Prozessorkern ein zusätzliches Verzeichnis ein und kopieren Sie in jedes die .exe-Datei des Konsolen-Clients. Führen Sie jeden Client mit dem Parameter „-config“ aus und nehmen Sie die Grundeinstellungen vor. Es ist wichtig, dass sie jeder Kopie des Clients unter „Advanced settings“ eine eigene ID (von 1 bis 8) zuweisen. Die erste Kopie wird die Standard-ID 1 haben, also sollten Sie den folgenden Kopien die 2, dann 3, 4 usw. geben. Nun kann jeder Client aus seinem eigenen Verzeichnis ausgeführt werden, unter Windows mit dem Parameter „-local“.

Gibt es etwas besonderes beim Betrieb in einem Cluster zu beachten?

Das wichtigste ist, dass jeder einzelne Rechner seine eigene CPUID hat. Um Ihnen im Kampf gegen doppelte IDs etwas entgegenzukommen, speichern die Windows-Clients ab Version 3 die ID in der Registry und die Linux-Clients ab Version 3.11 in einer speziellen Datei namens MachineDependent.dat.

Möglichkeiten zur Vermeidung doppelter IDs:

1. Wenn Sie jeden Client individuell installieren, ist es unmöglich, ein Problem mit doppelten IDs zu bekommen.
2. Wenn Sie die neueste Version des Windows-Clients auf einem Rechner mit einem einzelnen Prozessorkern ausführen, sollte ebenfalls alles bestens funktionieren (für mehrere Prozessorkerne bitte obige Lösung beachten).
3. Bei einem Linux-Cluster stellen Sie sicher, dass Sie NICHT die Datei MachineDependent.dat mitkopieren, wenn Sie die Verzeichnisse auf andere Rechner übertragen. Die Datei wird von jedem Client automatisch neu erzeugt, um die ID zu erhalten.

Warum sollte ich die Folding@Home-Software zur neusten Version updaten?

Wir verbessern die Software andauernd und schnell. Um von Benutzern gemeldete Fehler zu beheben, veröffentlichen wir neue Versionen, damit das Projekt möglichst reibungslos vorankommt.

Wie benutze ich den Bildschirmschoner, wenn niemand angemeldet ist (nur für den Bildschirmschoner-Client in Version 4 oder älter)?

Wir unterstützen es, den Bildschirmschoner zu betreiben, wenn kein Benutzer angemeldet ist, da wir so die effektivste Programmlaufzeit erreichen. Wenn Sie dies tun möchten, müssen Einträge der Registry geändert werden. Dies kann mit Hilfe des Programms regedit erfolgen (bzw. regedt32 unter Windows 2000), welches gewöhnlich im Verzeichnis C:\WINDOWS zu finden ist. Ist es nicht dort, benutzen Sie die Funktion „Suchen“ im Startmenü. Möglicherweise benötigen Sie dazu Administratorrechte. Haben Sie keine, dann überzeugen Sie jemanden mit Administratorrechten, dies für Sie zu tun :)

Nach dem Start von regedit, erweitern Sie den Ordner „HKEY_USERS“, indem Sie das Pluszeichen anklicken. Dann erweitern Sie den Ordner „.DEFAULT“, dann den Ordner „Control Panel“, dann den Ordner „Desktop“. Wählen Sie den Ordner „Desktop“, und Sie sollten eine Liste mit Namen und Daten im rechten Fenster sehen. Wählen Sie den Eintrag ScreenSaveActive, klicken Sie ihn mit der rechten Maustaste an, und klicken Sie auf „Ändern“. Die Zahl sollte eine 1 sein. So wird sichergestellt, dass der Bildschirmschoner startet, wenn kein Benutzer angemeldet ist. Jetzt wählen Sie SCRNSAVE.EXE, und ändern dies in winfah.scr (Es ist vielleicht notwendig, einen absoluten Pfad anzugeben, z.B. C:\windows\winfah.scr - wo auch immer die Datei gespeichert sein sollte). Jetzt ist der Folding@Home-Bildschirmschoner der Standard-Bildschirmschoner, wenn niemand eingeloggt ist. Abschließend wählen Sie ScreenSaveTimeOut und ändern den Wert in 60. Dadurch wird der Bildschirmschoner schnell aktiviert (nach 60 Sekunden), nachdem ein Benutzer sich abgemeldet hat.

Zusammenfassung: Um den Bildschirmschoner-Client zu betreiben, wenn kein Benutzer angemeldet ist, ändern Sie folgende Schlüssel der Registry:

Schlüssel	Wert
HKEY_USERS\.DEFAULT\ControlPanel\Desktop\ ScreenSaveActive	1
HKEY_USERS\.DEFAULT\ControlPanel\Desktop\ SCRNSAVE.EXE	winfah.scr
HKEY_USERS\.DEFAULT\ControlPanel\Desktop\ ScreenSaveTimeOut	60

Wie kommen die Ergebnisse zurück zu euch?

Wenn eine Arbeitseinheit fertiggestellt wurde, wird Ihr Computer automatisch die Ergebnisse an unsere Server übertragen und eine neue Arbeitseinheit herunterladen. An dieser Stelle können Probleme auftauchen, wenn Ihr Computer nur sporadisch mit dem Internet verbunden ist. Wir arbeiten an einer verbesserten Unterstützung für solche Fälle. Derzeit funktioniert nur der Konsolen-Client mit einer Modemverbindung, und gelegentlich treten auch mit diesem noch ein paar Fehler auf. Clients ab Version 4 bieten eine verbesserte Konnektivität.

Kann ich mehr als eine Arbeitseinheit gleichzeitig herunterladen?

Der Algorithmus, den wir benutzen, funktioniert am besten, wenn jeder Benutzer eine Arbeitseinheit herunterlädt und erst nach Fertigstellung die nächste. Daher gibt es keine Option, mehr als eine Arbeitseinheit auf einmal herunterzuladen. Wenn Sie mehrere Prozessorkerne in Ihrem System haben, ist es möglich, jeden Kern an einer anderen Arbeitseinheit rechnen zu lassen; beachten Sie dazu bitte die Tipps weiter oben. Versuchen Sie nie, zwei Clients auf verschiedenen Kernen mit dem gleichen Verzeichnis auf dem gleichen Dateisystem zu betreiben - die Clients MÜSSEN in verschiedenen Verzeichnissen ausgeführt werden.

Wie lange dauert die Berechnung einer Arbeitseinheit?

Das kommt natürlich auf die Geschwindigkeit des Computers und die Größe des Proteins an. Abhängig vom Protein und der Eigenschaft, die berechnet wird, können Arbeitseinheiten verschiedener Größen verwendet werden. Hier finden Sie Informationen über die Größe einzelner Proteine und die dafür festgelegten Deadlines.

Kann ich den Bildschirmschoner und die Konsole gleichzeitig laufen lassen? Was passiert, wenn ich zwei Konsolen starte?

Ja, aber NUR, wenn die Clients in verschiedenen Verzeichnissen installiert wurden. Außerdem sollten sie niemals einfach die Dateien aus einem Verzeichnis in ein anderes kopieren. Das bringt unsere Server durcheinander und deswegen:

1. bekommen Sie keine Punkte für die Arbeitseinheiten
2. bringen uns die Arbeitseinheiten keine verwertbaren Ergebnisse.

Benutzen Sie statt dessen das Installationsprogramm für jedes Verzeichnis einzeln. Wenn Sie bereits die Dateien in ein anderes Verzeichnis kopiert haben, suchen Sie die Datei client.cfg und löschen Sie diese. Bei der nächsten Verbindung wird von der Software eine neue client.cfg erstellt und dann sollte alles wieder in Ordnung sein.

Wie kann ich sicherstellen, dass die Ergebnisse gesendet und verwertet werden? Wie kann ich herausfinden, wie viel Arbeit ich bereits getan habe?

Besuchen Sie unsere Statistik-Seite, um erfolgreich übertragene Arbeitseinheiten einzusehen. Sie können Ihre eigenen Ergebnisse überprüfen, die Ihres Teams oder die des ganzen Projekts. Wenn Ihr Computer Daten zurücksendet, sollten Sie dort Ihren Benutzernamen und die Anzahl der berechneten Arbeitseinheiten finden. Wenn Ihr Name nicht dort zu finden ist, und der Bildschirmschoner bzw. die Konsole einwandfrei zu funktionieren scheint, dann wurde entweder noch keine Arbeitseinheit fertig berechnet (die Berechnung einer Arbeitseinheit kann ein paar Tage dauern, mit einem älteren Computer auch länger) oder die Liste wurde noch nicht aktualisiert. Schauen Sie in ein, zwei Tagen noch einmal rein, und Ihr Name sollte dort stehen . . . solange Sie sich richtig daran erinnern, welchen Benutzernamen Sie gewählt haben :)

Why does adjusting the core process priority via the task manager not affect its performance?

How do I manually adjust the priority of the Folding@home core?

Currently when users try to change the priority of the core via the Windows NT/2000/XP task manager this does not affect how much CPU the core gets. The reason for this is that the work is done by the core thread, which is fixed to run at idle priority and is not affected by the task manager priority for the process (which displays as 'normal' by default). In order to change the priority manually users must use a program that allows thread-level priority adjustments.

Can I run Folding@home when SETI@home is running?

Yes, Seti@Home and other distributed applications can be run alongside Folding@Home, provided you have enough system memory. Some programs, including Seti@Home run at a higher priority than Folding@Home, which prevents Folding@Home from progressing if it is run at the same time. If you notice that Folding@Home is not progressing, you can fix this by enabling the "Slightly Higher Priority" Option in Folding@Home. This can be done through the advanced options page for the Windows client, or by running "FAH2Console -config" for the console versions.

Are there any limits to how long my machine can take to finish a work unit (WU)?

Yes. Depending on the work unit, unfinished work units for most projects "expire" and are reassigned to new machines. Since new WUs are generated by finishing old ones, we must keep things moving along by expiring units. As we move to longer WUs we will extend this time as needed. Expirations vary on the order of a week to a few weeks, depending on the nature of the WU. You will get stats credit for all units that you complete, even if they have expired, but they will not be as useful scientifically.

Can I run the Linux version on FreeBSD?

Yes. Please do the following:

Install emulators/Linux_base from FreeBSD CD.

Edit /compat/Linux/etc/yp.conf and put the correct server in there.

Download the Linux folding console (FAHxConsole, where x is the version number) and cd to the directory.

% brandelf -t Linux FAHxConsole

As of Version 3.24, all you have to do from here is specify the "-freeBSD" flag when you run the client,

% ./FAHxConsole -freeBSD and it will automatically brand the scientific cores it downloads. For clients prior 3.24, the -freeBSD flag is not supported and you have to do the following:

after starting the client, wait till it download the core than kill the fold job.

% brandelf -t Linux FahCore_65.exe

% ./FAHxConsole

and you're done! (Thanks to "gotti" for the suggestion).

What about OpenBSD?

It works almost as easily as FreeBSD (see the FAQ entry just above). Just follow these steps:

1. Install /usr/ports/emulators/redhat/base from ports on 3.4 or later. If you're on an earlier version, or just prefer packages, install redhat_base-8.0p2. 2. Set up a script that redirects the brandelf call to elf2olf, so that core binaries can be marked properly. This script can be downloaded from http://www.schnarff.com/brandelf, or simply set up on your own:

1. !/bin/sh

elf2olf -v -o linux $3

In either case, make sure the brandelf script is executable and in the path of the user running FAH. 3. Make sure to use the Linux Console version B, as version A will coredump. 4. When running the client, use the -freeBSD switch, so that it will automatically mark core binaries properly.

Thanks to Alex Kirk for the OpenBSD info.

What is simulation instability?

The simulation of molecular motion involves a great deal of computation. Each run consists of a number of time steps (each very small). At each time step, the position of the various atoms is calculated and updated, based on a number of factors. Sometimes, the simulation enters into a state that is not legal (i.e. atoms are too close, bonds are in impossible angles, etc.). At times like this, the Core exits, and information is uploaded to the server. The client will then get another assignment. If your computer is stable, then you haven't done anything wrong. On unstable computers, it is possible that the simulation instability was brought on by a fault of the system rather than something intrinsic to the work unit. Because of this, a work unit may be sent out again at some time if it is returned as having run into instability. In a given project, we expect a small percentage of units to encounter legitimate instability.

What if I turn off my computer? Does the client save its work (i.e. checkpoint)?

Periodically, the core writes data to your hard disk so that if you stop the client, it can resume processing that WU from some point other than the very beginning. With Tinker, that happens at the end of every frame. With GAH it happens at the end of each sequence.

As proteins become more complex and run longer, it is better to have more frames in a WU so that you don't loose so much progress if you have to restart - - hence WUs that have 400 frames instead of 100. That still doesn't take the speed of the machine into account. A fast machine completes a frame in a few minutes while a slow one may take hours, and the donor with the slow machine still doesn't want to lose 99% of those "hours" yet the fast machine doesn't really want the overhead of writing the checkpoints every "few minutes" - - and neither of them wants the upload time associated with results containing many frames.

With Gromacs, these checkpoints can happen almost anywhere and they are not tied to the data recorded in the results. Initially, this was set to every 1% of a WU (like 100 frames in Tinker) and then a timed checkpoint was added every 15 minutes, so that on a slow machine, you never loose more that 15 minutes work.

In the 4.x version of the client, you can set the 15 minute default to another value.

Thanks to Bruce Borden for this FAQ entry.

Statistics, teams, usernames

How can I change my username (donor name)?

The simplest way to change your username is go to the configuration panel (right click in the graphical display or click on the sys tray icon). You can change your username at any time. However, old work units will remain credited to the old username.

How can I join/create a team?

To create a team, please fill out this form. To join a team, just put the team's number in the configuration panel (on graphical clients) or enter the team number at the first time you run the client (for text console versions).

I'm running multiple machines behind a firewall. Can they all have the same username?

Yes. They can all have the same name. Note that in the past, one needed to append #1, #2, etc to the usernames. THIS IS NO LONGER NEEDED! Thanks.

Are there any characters I should avoid in a username?

We strongly recommend to stick to just letters, numbers and underscore. Right now, we reserve the characters # ^ ~ |. # is used for firewall differentiation (see above). We want to save ^ | and ~ for other problems which might come up. Also, don't put spaces in your username; please use some character like "_" instead. Finally, please note that usernames are case sensitive, so "Dave" and "dave" and "dAVE" are all different usernames.

How do you decide how much credit a work unit is worth? How do you determine how many points a work unit is worth?

Before putting out any new work unit, we benchmark it on a dedicated 2.8GHz Pentium 4 machine with SSE2 disabled (more specifically, as reported by /proc/cpuinfo on linux: vendor_id : GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB). This machine runs linux, so all WUs are benchmarked with the linux core.

We plug the results of this into the following formula:

points = 110 * (daysPerWU)

where daysPerWU is the number of days it took to complete the unit. This equation was chosen to match the points for previous Gromacs WUs to the previous point system. The upshot is that Tinker WUs will be worth more than before we set up the new points (i.e. before April 2004).

Please note that the very concept of a reference machine will mean that some WU benchmarking will vary from the performance on your machine. Even between P4s, there are significant differences in architectures over the years. Moreover, variations between FAH WUs can also lead to differences in benchmarking points.

Our goal is consistency within a given definition of a reference machine setup (described above), but beyond that the natural variation from machine to machine and WU to WU will never allow any point system to perfectly reflect what you get on your machine.

How do you set the deadlines for the work units?

Each work unit is benchmarked on a dedicated 2.8 GHz Pentium 4 machine with SSE2 disabled. For most work units (although there may be exceptions, described in the next paragraph), we apply this equation

timeout = 20 * (daysPerWU) + 2 deadline = max(30* (daysPerWU) + 2,10)

where daysPerWU is the number of days it took to complete the unit. The "+2" days is there to give an additional buffer for fast WUs (to allow for servers down, etc). If 30*daysPerWU is less than 10 days, we set the deadline to 10 days, as a minimum time for all projects. The timeout is the time at which the WU is resent to another client and the deadline is the last time which we will give stats credit for the WU.

Occasionally, deadlines may be set shorter or longer than the above calculation indicates, but the reason for having deadlines at all is that the sooner we get back work units, the sooner we can put the results to good use. Also, different projects have different requirements server-side and may require shorter or allow longer deadlines (eg "pfold" calculations can often be run without any deadlines, whereas MREMD calculations work best with very tight deadlines). The assignment server does take machine performance into account in making assignments, thereby allowing slower machines to receive more appropriate work units.

How can I get a copy of all of the current stats?

Please feel free to download http://fah-web.stanford.edu/daily_user_summary.txt or http://fah-web.stanford.edu/daily_team_summary.txt . These files are updated every 6 hours. Please DO NOT run a crawler on our cgi pages. Such actions will result in your IP being permanently banned.

Screen saver (Windows: version 4 and earlier; OSX: all versions)

Should I run the screen saver or console version?

The graphical console version shows the same info as the screen saver, just in a window. You should run it if you

• want to be running Folding@home all the time
• don't want a screen saver
• like to see the guts of what's happening

You should run the "screen saver only" version if you

• you don't want to run Folding@home all the time, just when you're not using the machine

If you're still not sure, try them both!

What's the screen saver showing?

Our graphical client shows real time visualizations of the simulations being performed. The molecule drawn is the current atomic configuration ("fold") of the protein being simulated on your computer and the graph on the bottom shows the potential energy in femtosecond increments. We display the protein in a variety of visualization styles and orientations both to get a better look at the protein fold as well as simple aesthetics. The fact that the protein visualization "scrolls" out does not have any biological meaning; it's just a non-CPU intensive and visually appealing way to show the protein.

There are currently two visualization modes: Space-filling and ball-and-stick. In ball-and-stick mode, each small ball represents an atom, and the sticks represent bonds between atoms. In the space-filling model, each filled sphere represents the approximate volume that the electrons occupy around each atom. In both modes, carbon atoms are drawn in dark gray, hydrogen atoms are drawn in light gray (although some hydrogen atoms are not drawn at all), oxygen atoms are drawn in red, nitrogen atoms are drawn in blue, and sulfur atoms are drawn in yellow.

The pie charts denotes the completed fraction of the current run and the fraction of the frame completed, respectively.

My monitor is set to turn off after a while.

Can I still run the screen saver? Energy saving features which turn the monitor off after a specified period of time do no affect the screen saver. As long as the computer is running, the screen saver will continue to run and accumulate useful data, even if the monitor is off.

Does the screen saver use a lot of CPU time?

The screen saver is designed to use very little CPU time. Even without any OpenGL hardware, the screen saver only uses about 5% of the CPU time for graphics. If you have some sort of OpenGL support on your graphics card, the CPU time becomes virtually zero. Since the spacefilling ("orb") drawing of the atoms can be seen in the process of drawing, it may look like it is taking a lot of processor space, but that delay is set by a timer, and does not occur because it takes a long time to draw.

Will extra 3D hardware help make the screen saver go faster?

3D acceleration cards will make some difference for complex proteins.

How do I shut down the screen saver?

The screen saver is designed so that it shuts down on mouse click or key press. It will NOT shut down by simply moving the mouse. This is to prevent users from inadvertently closing down Folding@home, since it takes a short while to start processing every time it starts up.

Misc

Where did the logo come from?

Our logo is an abstract representation of our goal: to go from the protein sequence encoded in the genome to the protein's structure. The double helix on the left of the logo denotes the genome (DNA is a double helical molecule) and the arrows on the right are representations of protein structure (beta sheet structure is often drawn as ribbons with arrows).

Do you have web buttons that I can download to use with links to your site?

How about this (thanks to RPH IV)

How much power/money is used by keeping a F@H running 24/7 on a computer?

Roughly, a CPU uses about as much power as a watt light bulb. Here's a report on computer power management from Lawrence Berkeley government labs, and there are other references on the web you can find. Although power supplies on most computers are rated at 400 watts, average usage is lower. On average, a Pentium-type computer uses about 100 watts (if the monitor is off). So, the daily difference between off and running F@H is about 24x100 = 2.4 kWh. At $0.15 per kWh ( from PG&E here in California), this works out to about $0.36 per day. In general, lighting and climate control use a much larger share of household power than computers do. So the best bet for cutting costs and conserving energy would be to turn off lights, turn off your computer monitors (which use more power than a CPU), and turn down the heat.

What about security issues?

We have worked very hard to maintain the best security possible with modern computer science methodology. Our software will upload and download data only from our data server here at Stanford. The Cores are also digitally signed (see below) to make sure that you're getting the true Stanford cores and nothing else.

How is this possible? We take extensive measures to check all of the data entering your computer and the results we send back to Stanford with 2048 bit digital signatures. If the signatures don't match (on either the input or the output) the client will throw away the data and start again. This ensures, using the best software security measures developed to date (digital signatures and PKI in version 3.0), that we are keeping the tightest possible security. Finally, the client/screen saver are available for download only from this web site, so that we can guarantee the integrity of the software. We do not support Folding@home software obtained elsewhere and prohibit others to distribute the software.

Why no IRIX, Solaris, OS-2, AMIGA, Macintosh OS9, etc version?

We've been deluged by requests for other versions. Due to limited resources, we can only support a few client versions. We try to pick operating systems which are likely to be popular with donators and that we can suitably support in house. We do support BSD via its linux emulation layer (see above).

What are you going to add in later versions of the software?

A good place to hear about new versions, beta versions, etc is the folding community forum ( http://forum.folding-community.org).

Last Updated on March 14, 2008, at 01:25 PM