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Folding@Home: Häufig gestellte Fragen (FAQ)

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FAQ zu Folding@Home-Berechnungen (Cores)

• Gromacs FAQ (Core 78, 79, 7A, A0)
• AMBER FAQ (Core 82)
• QMD FAQ (Core 96)

Inhaltsverzeichnis

Projektdetails, Überblick

Was ist Folding@Home? Was ist Proteinfaltung?

Folding@Home ist ein Projekt für verteiltes Rechnen. Stark vereinfacht ausgedrückt, wird dadurch die Faltung von Proteinen erforscht. Für mehr Informationen zur Proteinfaltung besuchen Sie bitte unsere Seite „Wissenschaft“.

Was ist verteiltes Rechnen?

Verteiltes Rechnen bezeichnet eine Methode, bei der ein Programm gleichzeitig zwei oder mehr Computer für seine Berechnungen nutzt. Dazu werden einzelne Prozesse über ein Netzwerk oder über das Internet auf die Rechner verteilt.

Wem „gehören“ die Resultate? Was geschieht mit ihnen?

Anders als andere Projekte für verteiltes Rechnen wird Folding@Home von einer akademischen Einrichtung (der Pande-Gruppe, an der Chemie-Abteilung der Stanford Universität) unterhalten, einer gemeinnützigen Organisation, die sich der wissenschaftlichen Forschung und Ausbildung widmet. Wir werden die Daten nicht verkaufen oder in irgendeiner Weise Geld damit verdienen.

Des weiteren werden wir die Daten für andere zur Verfügung stellen. Insbesondere werden die Resultate von Folding@home in mehreren Stufen veröffentlicht. Hauptsächlich werden Analysen der Simulationen bei den wissenschaftlichen Journalen zur Publikation eingereicht, und diese Artikel werden auf der Webseite nach der Publikation bekanntgegeben. Dann werden die Rohdaten der Faltdurchläufe für jeden, einschließlich anderer Forscher, hier auf dieser Website einsehbar.

Warum wir nicht den gesamten Quellcode veröffentlichen?

Die meisten kritischen Teile von Folding@Home sind öffentlich. Die Quellcodes der Tinker*- und Gromacs*-Cores können heruntergeladen und verwendet werden. Anders als bei vielen anderen Computerprojekten ist unsere größte Sorge nicht die Funktionalität, sondern die wissenschaftliche Integrität. Die Veröffentlichung des Quellcodes, die ermöglichen würde, gefälschte wissenschaftliche Resultate zu produzieren, würde das vollständige Projekt sinnlos machen.

*Tinker und Gromacs: Unterschiedliche Software zur Berechnung molekulardynamischer Bewegungen.

Was konnte durch Folding@Home bisher erreicht werden?

Wir sind in der Lage gewesen, einige Proteine im Zeitbereich von 5-10 Mikrosekunden, mit experimenteller Validierung unserer Faltungskinetik, zu falten. Dies ist ein großer Fortschritt im Vergleich zu bisheriger Arbeit. Die wissenschaftlichen Artikel, die unsere Resultate detailliert beschreiben, können unter Artikel eingesehen werden. Wir richten unsere Aufmerksamkeit jetzt auf andere wichtige Proteine, für strukturelle biologische Studien des Faltens sowie die Proteine, die für Krankheiten verantwortlich sind. Es gibt viele Studien, welche aus Folding@Home resultierten und in den renommierten Magazinen überprüft und veröffentlicht wurden (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, usw.). Zur Zeit hat Folding@Home mehr Artikel publiziert als alle anderen wichtigen verteiltes-Rechnen-Projekte zusammen!

Warum wir nicht einfach einen Supercomputer benutzen?

Moderne Supercomputer sind im Wesentlichen Cluster von hunderten Prozessoren, verbunden durch ein schnelles Netzwerk. Die Geschwindigkeit dieser Prozessoren ist vergleichbar mit (und häufig langsamer als) die eines PC-Prozessors! Wenn nun ein Algorithmus wie unserer nicht den schnellen Netzwerkanschluß benötigt, läuft er auf einem Supercluster genau so schnell wie auf einem Supercomputer. Jedoch benötigt unsere Anwendung nicht hunderte von Prozessoren, wie in den modernen Supercomputern, sondern hunderttausende Prozessoren. Folglich sind die Berechnungen, die durch Folding@Home durchgeführt werden, gar nicht anders möglich! Außerdem: Selbst wenn wir exklusiven Zugang zu allen Supercomputern der Welt hätten, würden wir weniger Zyklen berechnen können, als mit dem Folding@Home-Supercluster! Dies wird möglich durch moderne, schnelle PC-Prozessoren, die in hundert Millionen PCs im Leerlauf auf der Welt existieren.

Kann ich Folding@Home auf fremden Geräten laufen lassen?

Bitte führen Sie Folding@Home nur auf Geräten aus, die Ihnen gehören oder auf welchen Sie die Erlaubnis des Inhabers haben, unsere Software laufen zu lassen. Jeder mögliche andere Gebrauch von Folding@Home verletzt unsere Lizenzvereinbarung (und ist ohnehin nicht gerade eine gute Idee).

Was sind die minimalen Systemanforderungen?

Alle Computer können zu Folding@Home beitragen. Wenn der Computer jedoch zu langsam ist (z.B. wurde er nicht in den letzten 3-4 Jahren oder so gekauft), könnte er die Stichtage („deadlines“) der normalen Arbeitseinheiten nicht schaffen. In diesem Fall sollten Sie Arbeitseinheiten ohne Deadline berechnen.

Netzwerkanschlußprobleme

Meinem Client wurde die IP-Addresse 0.0.0.0 zugewiesen. Was ist da los?

Gelegentlich könnten wir keine Arbeit haben, die zu den Anforderungen jeder Plattform passt. Wenn dies eintrifft, liefern wir keine bereits durchlaufenen Arbeitseinheiten, die nicht wirklich erforderlich wären. Wir würden eher einige Clients im Leerlauf regelmäßig nach neuen Arbeitseinheiten suchen lassen, statt sie mit unnötiger Arbeit auszulasten. Obwohl Ihr Computer gelegentlich „arbeitslos“ sein kann, bewerten wir weiter die Abgaben. Sollte dies über einen längeren Zeitraum der Fall sein, fragen Sie im Forum nach Hilfe, denn das wäre nicht normal.

Ich habe ein Modem. Kann ich Folding@Home nutzen?

Ja. Sie können die Software so konfigurieren, dass sie sich automatisch einwählt, oder bis zur nächsten Verbindung wartet. Möglicherweise kann es zu Problemen mit Modems und der Verwendung unserer Bildschirmschoner kommen. In diesem Fall benutzen Sie bitte den Konsolen-Client von Folding@Home.

Kann ich Folding@Home trotz Firewall benutzen?

Ja. Sie können eine Firewall oder einen Proxyserver im Konfigurationsmenü einrichten. Sie erreichen dieses Menü mit einem Rechtsklick auf die grafische Oberfläche oder das Symbol in der Taskleiste.

Fehlermeldungen und Fehler

Das Folding@Home Windows-Installationsprogramm funktioniert nicht.

Sie versuchen, den grafischen Windows-Client oder den Bildschirmschoner zu installieren, und es erscheint nur die Meldung „Setup is starting...“ und nichts weiter passiert (auch keine Fehlermeldung)? Möglicherweise befindet sich eine Datei namens „setup.exe“ in einem Verzeichnis des Pfades, von dem aus sie die Installation starten möchten (oft das Verzeichnis, in dem sich der F@H.Installer befindet, der Desktop oder ein temporäres Verzeichnis). Je nach verwendetem Betriebssystem kann es mehrere temporäre Verzeichnisse geben. Löschen oder verschieben Sie die „setup.exe“ und das Problem dürfte beseitigt sein.

Folding@Home sieht seltsam aus (Windows) oder verursacht eine Schutzverletzung (Linux).

Folding@Home benötigt mindestens 32 MB RAM. Verrückte Sachen passieren unter Windows mit weniger Arbeitsspeicher und der Konsolen-Client verursacht Schutzverletzungen unter Linux.

Mein Bildschirmschoner sieht aus wie eine schwarze Fläche mit umlaufenden kleinen Punkten.

Wir denken, dass wir dieses Problem durchschaut haben. Es scheint von Bildschirmen oder Grafikkarten ohne 8-bit-Farbunterstützung verursacht zu werden. Außerdem haben wir Probleme mit älteren Grafiktreibern festgestellt. Wenn Sie Probleme haben, stellen Sie sicher, dass die neuesten Grafik- und OpenGL-Treiber installiert sind.

Windows fragt nach einer DLL. Wo kann ich sie finden?

Microsoft hat diese DLLs auf der Website. Insbesondere werden diese DLLs für Winsock2 und OpenGL benötigt. Sie sind in den meisten Kopien von Windows NT, 98, und 2000 bereits enthalten, allerdings selten in Windows 95.

• Das Windows socket 2-Update für Microsoft Windows 95 beseitigt einige Probleme mit Winsock2 und dem TCP/IP-Protokollstapel.
• OpenGL 1.1 für Windows 95 ist in Windows 95 OSR 2 enthalten. Die Bibliotheken sind ebenfalls auf der Microsoft ftp-Site unter ftp://ftp.microsoft.com/softlib/mslfiles/opengl95.exe als selbst entpackendes Archiv verfügbar. Darin enthalten ist die opengl32.dll, die zum Ausführen von OpenGL-Programmen unter Windows 95 benötigt wird.

Fehlermeldungen wie: „Format:MyForm not found“, beim Versuch das Programm herunterzuladen.

Dies scheint ein Fehler der Server von Stanford zu sein, nicht unserer Computer, und wir versuchen, die genaue Ursache des Problems zu finden. Es passiert aber selten, und zu Zeit empfehlen wir, es später noch einmal mit dem Download zu versuchen.

Fehlermeldungen wie: „Network Recv Timeout“ in der Konsole (oder in der Datei scrlog.txt).

Wenn Sie eine Meldung wie diese lesen:

Deleting files IP = 171.64.122.81 Network Recv Timeout GetWork Failed

dann machen Sie sich keine Sorgen. Das Programm hatte Probleme mit der Verbindung zum Server und wartet bis zum nächsten Versuch. Im Moment haben wir ein paar Probleme mit unserern Servern, und vielen Benutzern geht es ähnlich wie Ihnen. Gedulden Sie sich ein wenig, und die Verbindung wird aufgebaut. Sollte nach etwa einem Tag keine Veränderung eintreten, starten Sie den Client neu oder installieren Sie ihn neu. Sollten Sie den Konsolen-Client nutzen, beenden Sie ihn ordnungsgemäß durch die Tastenkombination Strg-C (bitte beachten: Diese Funktion ist nur in neueren Versionen enthalten. Ältere Versionen beenden Sie dann wie gewohnt), und starten ihn neu.

Fehlermeldungen wie: „Running self tests...test failed, error -1“ (in Konsole bzw. scrlog.txt) - Programm scheint zu funktionieren.

Keine Sorge, wenn es einwandfrei zu funktionieren scheint, dann tut es das auch. Diese Fehlermeldung gehört zur Cosm-Programmbibliothek für verteiltes Rechnen, auf der Folding@Home basiert. So weit wir das sagen können, hat dies keinerlei Auswirkung auf die Funktionalität der Folding@Home-Programme.

Fehlermeldungen wie: „Running self tests...test failed, error -1“ (in Konsole bzw. scrlog.txt) - Programm hängt sich auf.

Deinstallieren Sie das Programm, stellen sie sicher, dass der Programmordner entfernt wurde, und installieren Sie neu. In den meisten Fällen sollte es nun laufen.

Wenn ich den Bildschirmschoner starte, hängt er sich auf und meldet einen „page fault“.

Wenn Sie eine solche Meldung bekommen:

The error message reads FOLDINGATHOME caused an invalid page fault in module FOLDINGATHOME.SCR at 015f:00420494.

gefolgt von einer Bazillion Dialogfeldern, die Sie wegklicken müssen, dann fehlt freier Arbeitsspeicher zum Start des Bildschirmschoners. Lösungsmöglichkeiten wären etwa das Schließen von anderen Programmen oder eine Erhöhung der Wartezeit (etwa 5-10 Minuten), damit der Bildschirmschoner nicht startet, während Sie arbeiten.

OpenGL-Spiele gehen nicht oder werden minimiert, wenn der grafische Client läuft.

Dies ist ein bekanntes Problem, das auftreten kann, wenn Folding@Home und eine andere OpenGL-Anwendung (meist Spiele) zusammen betrieben werden. Verursacht wird dies durch OpenGL, welches vom grafischen Client benutzt wird und nicht erlaubt, von zwei Programmen gleichzeitig benutzt zu werden. Sie können dieses Problem umgehen, indem Sie den grafischen Client deinstallieren und statt dessen den Konsolen-Client verwenden. Danke an [Spectre] und ellroy80 für diesen Beitrag.

Folding@Home und Genome@Home

Was ist das Genome@Home-Project und was hat es mit dem Folding@Home-Project zu tun?

Genome@Home war ein anderes Projekt für verteiltes Rechnen, ebenfalls vom Pande Lab. Es wurde am 15. April 2004 beendet. Mehr Informationen finden Sie unter http://genomeathome.stanford.edu

Das Ziel von Genome@Home ist die Gestaltung von Proteinen und deren Einsatzmöglichkeiten. Ein zentraler Schwerpunkt der Proteingestaltung ist die Schaffung umfangreicher Datenbanken von solchen Proteinketten, sozusagen die Neugestaltung oder das „reverse engineering“ eines existierenden Genoms (daher der Name „Genome@Home“). Eine andere Anwendung wäre, zu verstehen, warum Proteine sich falten, fehlerhaft falten und verketten. Dies ist ein Schwerpunkt von Folding@Home und hängt direkt mit unseren Studien der Proteinfaltung und -fehlfaltung zusammen, ebenso der Krankheiten, die mit der fehlerhaften Faltung in Zusammenhang gebracht werden, wie Alheimer, ALS, usw.

Was bewirkt die „gah“-Option denn nun?

Wir haben verschiedene Arbeitseinheiten entwickelt, die nicht in neue resultieren und daher keine Deadlines benötigen. Diese so genannten „zeitlosen“ Arbeitseinheiten sind verfügbar und Sie können sie abrufen, indem Sie die „gah“-Option im Client wählen. Sie sind am besten geeignet für langsame Rechner oder Computer ohne ständige Internetverbindung. Der Client wird diese Arbeitseinheiten zwischenspeichern. Für Clients der Version 5.00 oder neuer sind diese Arbeitseinheiten extra aufgelistet. Für ältere Clients wählen Sie die „gah“-Einstellung.

Betrieb der Software

Ich habe gerade eine Arbeitseinheit beendet und bekomme eine neue für das gleiche Protein. Stimmt da was nicht?

Nein, wahrscheinlich ist alles in Ordnung. Wir erforschen die Dynamik einiger Proteine, also könnten Sie mehrere Arbeitseinheiten für das gleiche Protein erhalten. Jede Arbeitseinheit bringt uns neue Erkenntnisse über die Dynamik dieses Proteins, daher ist dies wichtig für uns. Tatsächlich würden wir nicht viel lernen, wenn nur eine Arbeitseinheit für jedes Protein berechnet würde.

Läuft Folding@Home mit zwei Prozessoren/mit einem Mehrkernprozessor?

Ja, dafür gibt es zwei Möglichkeiten. Für Linux oder OSX/Intel gibt es den SMP-Client.

Auf anderen Plattformen muss für jeden zusätzlichen Prozessorkern ein Konsolen-Client betrieben werden (unter Windows mit dem Befehlszeilenparameter „-local“). Zuerst richten Sie für jeden Prozessorkern ein zusätzliches Verzeichnis ein und kopieren Sie in jedes die .exe-Datei des Konsolen-Clients. Führen Sie jeden Client mit dem Parameter „-config“ aus und nehmen Sie die Grundeinstellungen vor. Es ist wichtig, dass sie jeder Kopie des Clients unter „Advanced settings“ eine eigene ID (von 1 bis 8) zuweisen. Die erste Kopie wird die Standard-ID 1 haben, also sollten Sie den folgenden Kopien die 2, dann 3, 4 usw. geben. Nun kann jeder Client aus seinem eigenen Verzeichnis ausgeführt werden, unter Windows mit dem Parameter „-local“.

Gibt es etwas besonderes beim Betrieb in einem Cluster zu beachten?

Das wichtigste ist, dass jeder einzelne Rechner seine eigene CPUID hat. Um Ihnen im Kampf gegen doppelte IDs etwas entgegenzukommen, speichern die Windows-Clients ab Version 3 die ID in der Registry und die Linux-Clients ab Version 3.11 in einer speziellen Datei namens MachineDependent.dat.

Möglichkeiten zur Vermeidung doppelter IDs:

1. Wenn Sie jeden Client individuell installieren, ist es unmöglich, ein Problem mit doppelten IDs zu bekommen.
2. Wenn Sie die neueste Version des Windows-Clients auf einem Rechner mit einem einzelnen Prozessorkern ausführen, sollte ebenfalls alles bestens funktionieren (für mehrere Prozessorkerne bitte obige Lösung beachten).
3. Bei einem Linux-Cluster stellen Sie sicher, dass Sie NICHT die Datei MachineDependent.dat mitkopieren, wenn Sie die Verzeichnisse auf andere Rechner übertragen. Die Datei wird von jedem Client automatisch neu erzeugt, um die ID zu erhalten.

Warum sollte ich die Folding@Home-Software zur neusten Version updaten?

Wir verbessern die Software andauernd und schnell. Um von Benutzern gemeldete Fehler zu beheben, veröffentlichen wir neue Versionen, damit das Projekt möglichst reibungslos vorankommt.

Wie benutze ich den Bildschirmschoner, wenn niemand angemeldet ist (nur für den Bildschirmschoner-Client in Version 4 oder älter)?

Wir unterstützen es, den Bildschirmschoner zu betreiben, wenn kein Benutzer angemeldet ist, da wir so die effektivste Programmlaufzeit erreichen. Wenn Sie dies tun möchten, müssen Einträge der Registry geändert werden. Dies kann mit Hilfe des Programms regedit erfolgen (bzw. regedt32 unter Windows 2000), welches gewöhnlich im Verzeichnis C:\WINDOWS zu finden ist. Ist es nicht dort, benutzen Sie die Funktion „Suchen“ im Startmenü. Möglicherweise benötigen Sie dazu Administratorrechte. Haben Sie keine, dann überzeugen Sie jemanden mit Administratorrechten, dies für Sie zu tun :)

Nach dem Start von regedit, erweitern Sie den Ordner „HKEY_USERS“, indem Sie das Pluszeichen anklicken. Dann erweitern Sie den Ordner „.DEFAULT“, dann den Ordner „Control Panel“, dann den Ordner „Desktop“. Wählen Sie den Ordner „Desktop“, und Sie sollten eine Liste mit Namen und Daten im rechten Fenster sehen. Wählen Sie den Eintrag ScreenSaveActive, klicken Sie ihn mit der rechten Maustaste an, und klicken Sie auf „Ändern“. Die Zahl sollte eine 1 sein. So wird sichergestellt, dass der Bildschirmschoner startet, wenn kein Benutzer angemeldet ist. Jetzt wählen Sie SCRNSAVE.EXE, und ändern dies in winfah.scr (Es ist vielleicht notwendig, einen absoluten Pfad anzugeben, z.B. C:\windows\winfah.scr - wo auch immer die Datei gespeichert sein sollte). Jetzt ist der Folding@Home-Bildschirmschoner der Standard-Bildschirmschoner, wenn niemand eingeloggt ist. Abschließend wählen Sie ScreenSaveTimeOut und ändern den Wert in 60. Dadurch wird der Bildschirmschoner schnell aktiviert (nach 60 Sekunden), nachdem ein Benutzer sich abgemeldet hat.

Zusammenfassung: Um den Bildschirmschoner-Client zu betreiben, wenn kein Benutzer angemeldet ist, ändern Sie folgende Schlüssel der Registry:

Wie kommen die Ergebnisse zurück zu euch?

Wenn eine Arbeitseinheit fertiggestellt wurde, wird Ihr Computer automatisch die Ergebnisse an unsere Server übertragen und eine neue Arbeitseinheit herunterladen. An dieser Stelle können Probleme auftauchen, wenn Ihr Computer nur sporadisch mit dem Internet verbunden ist. Wir arbeiten an einer verbesserten Unterstützung für solche Fälle. Derzeit funktioniert nur der Konsolen-Client mit einer Modemverbindung, und gelegentlich treten auch mit diesem noch ein paar Fehler auf. Clients ab Version 4 bieten eine verbesserte Konnektivität.

Kann ich mehr als eine Arbeitseinheit gleichzeitig herunterladen?

Der Algorithmus, den wir benutzen, funktioniert am besten, wenn jeder Benutzer eine Arbeitseinheit herunterlädt und erst nach Fertigstellung die nächste. Daher gibt es keine Option, mehr als eine Arbeitseinheit auf einmal herunterzuladen. Wenn Sie mehrere Prozessorkerne in Ihrem System haben, ist es möglich, jeden Kern an einer anderen Arbeitseinheit rechnen zu lassen; beachten Sie dazu bitte die Tipps weiter oben. Versuchen Sie nie, zwei Clients auf verschiedenen Kernen mit dem gleichen Verzeichnis auf dem gleichen Dateisystem zu betreiben - die Clients MÜSSEN in verschiedenen Verzeichnissen ausgeführt werden.

Wie lange dauert die Berechnung einer Arbeitseinheit?

Das kommt natürlich auf die Geschwindigkeit des Computers und die Größe des Proteins an. Abhängig vom Protein und der Eigenschaft, die berechnet wird, können Arbeitseinheiten verschiedener Größen verwendet werden. Hier finden Sie Informationen über die Größe einzelner Proteine und die dafür festgelegten Deadlines.

Kann ich den Bildschirmschoner und die Konsole gleichzeitig laufen lassen? Was passiert, wenn ich zwei Konsolen starte?

Ja, aber NUR, wenn die Clients in verschiedenen Verzeichnissen installiert wurden. Außerdem sollten sie niemals einfach die Dateien aus einem Verzeichnis in ein anderes kopieren. Das bringt unsere Server durcheinander und deswegen:

1. bekommen Sie keine Punkte für die Arbeitseinheiten
2. bringen uns die Arbeitseinheiten keine verwertbaren Ergebnisse.

Benutzen Sie statt dessen das Installationsprogramm für jedes Verzeichnis einzeln. Wenn Sie bereits die Dateien in ein anderes Verzeichnis kopiert haben, suchen Sie die Datei client.cfg und löschen Sie diese. Bei der nächsten Verbindung wird von der Software eine neue client.cfg erstellt und dann sollte alles wieder in Ordnung sein.

Wie kann ich sicherstellen, dass die Ergebnisse gesendet und verwertet werden?

Besuchen Sie unsere Statistik-Seite, um erfolgreich übertragene Arbeitseinheiten einzusehen. Sie können Ihre eigenen Ergebnisse überprüfen, die Ihres Teams oder die des ganzen Projekts. Wenn Ihr Computer Daten zurücksendet, sollten Sie dort Ihren Benutzernamen und die Anzahl der berechneten Arbeitseinheiten finden. Wenn Ihr Name nicht dort zu finden ist, und der Bildschirmschoner bzw. die Konsole einwandfrei zu funktionieren scheint, dann wurde entweder noch keine Arbeitseinheit fertig berechnet (die Berechnung einer Arbeitseinheit kann ein paar Tage dauern, mit einem älteren Computer auch länger) oder die Liste wurde noch nicht aktualisiert. Schauen Sie in ein, zwei Tagen noch einmal rein, und Ihr Name sollte dort stehen . . . solange Sie sich richtig daran erinnern, welchen Benutzernamen Sie gewählt haben :)

Wie kann ich die Priorität des Folding@home Cores ändern? Wieso hat die Priorität keinen Einfluss auf die Performance?

Wenn Sie derzeit unter Windows NT/2000/XP die Priorität des Cores im Taskmanager ändern, so hat dies keine Auswirkung auf die Auslastung der CPU. Das liegt daran, dass der Kern-Thread von haus aus auf niedrigste Priorität gestellt ist. Dies lässt sich nicht über den Taskmanager einstellen sondern nur über Programme die über „Third-Level“ Rechte verfügen.

Ist es möglich Folding@Home und SETI@home gleichzeitig auszuführen?

Ja, es ist möglich da Seti@home eine andere Programmart ist. Solange Ihr System über ausreichend RAM verfügt, sollten keine Probleme auftreten. Einige Programme, dazu gehört auch Seti@Home, werden mit einer höheren Priorität als Folding@Home ausgeführt. Falls sie feststellen sollten das Folding@Home nur sehr langsam arbeitet, können sie die Priorität des Client auf „Slightly Higher Priority“ umstellen. In der grafischen Version des Clients finden sie die Option „Slightly Higher Priority“ nach eine Rechtsklick auf das "Tray Icon" unter "Konfigurieren" und dort unter dem Reiter "Optionen". In der Konsolen Version des Clients müssen sie in Ihrer Clientverknüpfung das Parameter –config hinzufügen.

Gibt es irgendeine Zeitvorgabe in der mein PC die Work Unit(WU) Fertigstellen muss?

Ja. Je nach Projekt laufen unvollendete Work Units nach einer gewissen Zeit ab und werden an einen neuen Client vergeben. Da neue Work Units immer erst nach der Vollendung vorangegangener WUs herausgegeben werden können, müssen wir der Zeit bis zu ihrer Vollendung ein Limit setzen. Je nach WU beträgt die Zeit bis zum Ablauf eine oder auch mehrere Wochen. Wenn sie die Zeitvorgabe einmal nicht einhalten können bekommen sie zwar Punkte gutgeschrieben. In diesem Fall werden Ihnen aber nur die Basispunkte gutgeschrieben, die Bonuspunkte gehen verloren da die WU nach Ablauf der Frist keinen wissenschaftlichen Nutzen mehr hat.

Kann ich die Linux Version unter FreeBSD ausführen?

Ja. Bitte Führen Sie dazu folgendes Schritte aus: 1.) Installieren Sie das Softwarepaket emulators/Linux_base von den FreeBSD CD. 2.) Bearbeiten Sie die Datei /compat/Linux/etc/yp.conf. 3.) Tragen Sie den entsprechenden Server ein. 4.) Laden Sie die Linux Folding Console herunter (FAHxConsole, wobei x für die Versionsnummer steht) und wechseln Sie in das Verzeichnis: % brandelf -t Linux FAHxConsole. Seit Version 3.24 müssen sie nur die "-freeBSD" Option beim Starten des Client angeben: % ./FAHxConsole -freeBSD. So wird der Client die Cores die er herunterlädt automatisch zuweisen. Für Versionen die älter sind als 3.24 wird -freeBSD flag nicht unterstützt. In diesem Fall müssen Sie folgendes tun: Starten Sie den Client und warten sie bis der "core" heruntergeladen ist. Beenden die dann den Faltprozess: % brandelf -t Linux FahCore_65.exe% ./FAHxConsole. (Danke an "gotti" für diesen Hinweis sowie an *Rush*Skaarj für die Übersetzung dessleben).

Wie sieht es mit OpenBSD aus?

Hier gehen Sie ganz ähnlich vor wie bei FreeBSD (vergleichen Sie hierzu den oben stehenden Eintrag). Folgen Sie einfach diesen Schritten: 1.) Installieren Sie das Softwarepaket /usr/ports/emulators/redhat/base aus Ports 3.4 oder neuer. Wenn Sie eine ältere Version haben, oder Pakte bevorzugen installieren Sie das Softwarepaket redhat_base-8.0p2. 2.) Erstellen Sie ein Script mit dem Namen brandelf welches den Aufrauf an elf2olf weiter leitet. Dies dient zum Markieren der core binaries . Diese Script können sie auch unter http://www.schnarff.com/brandelf herunterladen. Alternativ könen Sie es wie folgt selbst einrichten:

 #!/bin/sh
 elf2olf -v -o linux $3

Bitte achten Sie in jedem Fall darauf, dass das brandelf script ausführbar ist und sich im Pfad für ausführbare Dateien des Benutzer befindet welcher FAH ausführt. 3.) Stellen Sie sicher, dass die die Linux Console Version B verwenden, da Version A zu einem Absturz führt. 4.) Wenn Sie den Client ausführen, dann benutzen sie die -freeDSB Option, damit, die core binaries automatisch richtig markiert werden. (Danke an Aley Kirk für die Information zu OpenBSD sowie an *Rush*Skaarj für die Übersetzung derselben).

Was ist simulierte Instabilität?

Die Simulation von Molekularbewegungen verschlingt eine Menge Rechenkraft. Jeder Durchlauf besteht aus einer Anzahl sehr kleiner Zeitintervalle. Pro Zeitschritt wird die Position der verschiedenen Atome berechnet und, basierend auf einigen Faktoren, upgedatet. Manchmal nimmt die Simulation einen unmöglichen Zustand an (wenn z.B. Atome zu nahe beieinander liegen, oder in absurden Winkel zueinander stehen). Wenn das der Fall ist, beendet der Client seine Berechnungen und übermittelt sein Ergebnis dem Server. Solange Ihr Computer an sich stabil läuft (ohne Abstürze etc.) brauchen Sie sich in einem solchen Fall keine Gedanken zu machen. Sobald der Client die fertige WU hochgeladen hat bekommt er von unseren Servern eine neue WU. Auf Systemen, die nicht stabil laufen, kann es freilich auch vorkommen, dass der Abbruch der Berechnung nicht im Versuch angelegt ist, sondern vom System herrührt. Um diese Fehlerquelle auszuschließen kann es vorkommen, dass ein und dieselbe WU erneut und ggf. an einen anderen Client verschickt wird, um zu sehen ob auch dort das gleiche Problem auftritt. Je nach Projekt rechnen wir mit einem bestimmten Prozentsatz an Work Units die eine solche Instabilität hervorrufen.

Was passiert wenn ich meinen Computer ausschalte? Speichert der Client den aktuellen Stand der WU?

Der Client speichert seine Ergebnisse in gewissen Abständen auf Ihre Festplatte. Bei Tinker*, am Ende jedes Frames, bei GAH** am Ende jeder Sequenz. Je länger die Proteine und damit auch die Dauer der Berechnungen werden, desto besser wichtiger ist es mehr Frames pro Work Unit zu haben, damit im Falle eines Neustarts nicht zu viele Informationen verloren gehen. So kommt es dazu, dass manche WUs 400 Frames besitzen, während andern nur 100 haben. Zudem ist wird hierbei die Berechungsgeschwindigkeit des jeweiligen Computers nicht berücksichtigt. Ein schneller Rechner kann ein Frame in wenigen Minuten abschließen, für das ein langsameres Gerät einige Stunden brauchen würde. Freilich will der Besitzer des langsameren Rechners im Falle eines Neustarts nicht bis zu 99% dieser "Stunden" verlieren. Der Besitzer des schnellen Rechners hingegen würde sicherlich gerne auf den "alle paar Minuten" nötigen den Mehraufwand für die Zwischenspeicherung der Ergebnisse verzichten. Und weder der eine noch der andere möchte eine, durch zahlreiche frames hervorgerufene, verlägerte Uploaddauer in Kauf nehmen. Mit Gromacs* können die Checkpoints beinahe überall (unabhängig von den ergebnisrelevanten Daten) gesetzt werden. Anfänglich folgte nach jedem Prozent einer WU ein Checkpoint. Mittlerweile wurden zeitgebundene Checkpoints eingefügt. Dies sorgt dafür, dass Sie - unabhängig von der Rechengeschwindigkeit ihres Systems - nie mehr als 15 Minuten verlieren. Ab Clientversion 4.x können Sie den 15 Minuten Defaultwert nach Ihrem Belieben verändern. Danke an Bruce Borden für diesen FAQ Eintrag.

*Tinker und Gromacs: Unterschiedliche Software zur Berechnung molekulardynamischer Bewegungen. **GAH: Genome@Home

Welche Flags und Switches gibt es?

Die Liste der verfügbaren Flags und Switches erhalten Sie wenn Sie den Client mit dem angehängten -help Befehl starten (in die Verknüpfung Ihres Client einsetzen). Eine genauere Erklärung der Begriffe finden Sie im FAH WIKI.

Statistiken, Teams, Benutzernamen

Wie kann ich meinen Benutzernamen ("donor name") ändern?

Die einfachst Möglichkeit den Benutzernamen zu ändern besteht im grafischen Client darin, einen Rechtsklick auf das "Tray Icon" auszuführen und den Punkt "Konfigurieren" wählen. Dann tragen Sie den gewünschten Benutzernamen in das Feld hinter „user name“. Sie können den Benutzernamen jederzeit ändern. Bitte beachten Sie, dass bereits berechnete WUs nicht auf den neuen Benutzernamen übertragen werden. In der Konsolenversion des Client müssen Sie in der Verknüpfung des Client die Flag -config hinzufügen. Durch das Setzen der Flag ist es Ihnen auch hier möglich den Benutzernamen zu ändern.

Gibt es Buchstaben die ich in meinem Benutzernamen nicht verwenden darf?

Ja. Es gibt bestimmt Einschränkungen. Bitte verwenden Sie für Ihren Benutzernamen nur alphanumerische Zeichen und keine Sonderzeichen. Anstelle eines Leerzeichens können Sie einen Unterstrich (_ )verwenden. Die Zeichen # ^ ~ | # sind für die Differenzierung von Rechnern hinter einer Firewall (#) bzw. zur Bezeichnung anderer Problemstellungen (# ^ ~ |) bestimmt. Bitte achten Sie, nachdem Sie einen Benutzernamen gewählt haben, unbedingt auf die Groß- und Kleinschreibung: „Dave“, „dave“ und „dAVE“ sind jeweils andere Benutzernamen.

Wie kann ich einem Team beitreten, wie kann ich ein Team erstellen?

Um ein neues Team zu gründen müssen Sie dieses Formular ausfüllen. Dabei werden keine persönlichen Daten benötigt! Wenn Sie nur die Nummer Ihres Teams ändern wollen, müssen Sie im grafischen Client einfach die gewünschte Teamnummer eintragen, indem sie einen Rechtsklick auf das "Tray Icon" ausführen und unter "Konfigurieren" die Team Nummer ändern. In der Konsolenversion Ihres Client können Sie die Teamnummer entweder beim ersten Start eintragen oder indem Sie, wie bei der Erstellung des Benutzernamens, wieder die -config Flag setzen. Acuh bei einer Änderung des Teams werden die schon erreichten Punkte nicht auf das neue Team übertragen.

Wo kann ich meinen Punktestand, den Punktestand meines Teams, bzw. den Gesamtpunktestand einsehen?

Wir speichern verschiedene Statistiken über die Benutzer und die bereits fertiggestellten Arbeitseinheiten. Unter „Statistik“ können Sie Ihre persönliche Statistik, die Team-Statisik und die Statistik des gesamten Projekts einsehen.

Um an die aktuelle Statistik zu kommen, können Sie auch die folgenden Seiten einsehen: Zusammenfassung der heutigen Berechnungen bzw. Zusammenfassung aller Berechnungen nach Team. Diese Statistik wird alle 6 Stunden aktualisiert. Bitte benutzen Sie keine Programme die die Daten permanent abfragen. Dies belastet unsere Server stark und kann dazu führen, dass wir Ihre IP permanent sperren.

Um sich über unsere Erfolge abseits der reinen Berechnung zu informieren, schauen Sie sich gerne auch die Artikel und Auszeichnungen an.

Ich betreibe mehrere Computer hinter einer Firewall. Darf ich für alle diese Rechner den gleichen Benutzernamen verwenden?

Ja. Sie können auf mehreren PCs den gleichen Benutzernamen verwenden, dies führt zu keinerlei Problemen.

Wie wir entscheiden, wie viele Punkte eine Workunit bringt? Wie die Punkte/WU berechnet werden?

Bevor wir eine neue Workunit freigeben, unterziehen wir sie einem Benchmark auf einem Referenzsystem. Dabei handelt es sich um einen Pentium 4 mit 2.8Ghz bei dem der SSE2 Modus ausgeschaltet ist (ganz genau - mit cpuinfo unter Linus ermittelt - handelt esi sich um einen: "GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB"). Auf diesem System führen wir die Benchmarks der neuen WUs mit dem Linux Clienten durch und setzen die Ergebnisse in folgende Formel ein: Punkte = 110 * (Tage/WU). Dabei bezeichnet "Tage/WU" die Anzahl Tage, die nötg ist, die WU zu berechnen. Wir haben uns für diesen Quotienten entschieden um die Punkte für die Gromacs WUs an das vorhergehende Punktesystem anpassen zu können. Die Tinker WUs ergeben nun mehr Punkte als zu Beginn (d.h. vor April 2004). Selbstverständlich bemühen wir uns um eine möglichst konsistente Punktevergabe. Bitte beachten Sie jedoch, dass die Ermittlung der Punkte auf einem Referenzsystem nur in sehr bedingtem Umfang Aussagen über die Performance auf Ihrem System zulässt. Selbst zwischen vergleichbaren P4 Modellen können, aufgrund der unterschiedlichen Architektur der Systeme, bedeutende Leistungsunterschiede auftreten. Und selbstverständlich tragen auch die Variationen der FAH WUs zu diesem Unterschied bei. So kann es durchaus vorkommen, dass die Benschmarkwerte der WUs auf Ihrem System zum teil stark abweichen können.

Wenn Sie sich genauer über die Punktevergabe/WU informieren möchten, dann lesen sie bitte hier nach: Punktevergabe: Fragen und Antworten

Wie kommt die Ablaufzeit, bis zu der eine WU berechnet sein muss, zustande?

Die Ablaufzeit einer WU errechnet sich aus den Werten unseres Benchmarks auf einem Refeerenzsystem (P4 mit 2,8Ghz). Obwohl es gelegentliche Ausnahmen gibt, wenden wir grundsätzlich folgende Formel an: Timeout = 20 * (Tage/WU) + 2 [Timeout bezeichnet die Zeit nach der die nicht vollständig berrechnete WU an einen neuen Client versandt wird] Deadline = 30* (Tage/WU) + 2,10 [Deadline bezeichnet die Zeit zu der wir letztmalig Punkte für die berechnete WU vergeben] Dabei bezeichnet "Tage/WU" die Anzahl Tage, die nötig ist, die WU zu berechnen. Die +2 Tage sollen einen Puffer für besonders schnelle WUs (z.B. im Falle eines abgeschalteten Servers) darstellen. Wenn sich aus der Formel 30* (Tage/WU) + 2,10 eine Berechungszeit von weniger als 10 Tagen ergibt, setzen wir die Deadline auf 10 Tage als Minimum für alle Projekte. Gelegentlich können die Deadlines für bestimmte WUs auch kürzer oder länger ausfallen. Der Grund, weshalb wir überhaupt Ablaufzeiten eingeführt haben, besteht darin, dass wir bei unseren Forschungen darauf angewiesen sind, dass die WUs möglichst zeitnah an uns zurück gesandt werden. Außerdem haben verschiedene Projekte serverseitig unterschiedlich hohe Ansprüche und können daher verkürzte Deadlines nötig machen bzw. längere Ablaufzeiten erlauben ("pfold" Berechnungen z.B. kommen oftmals ganz ohne Deadlin aus, während MREMD Berechnungen bei kurzen Deadlines die besten Ergebnis erzielen). Da der Server, der die Aufträge an die Clients vergibt, die Rechenkraft des jeweiligen Systems berücksichtigt, sollte jedoch immer genügend Zeit bleiben, die entsprechende WU zu berechnen.

Was zeigen die Bilder der Proteine?

Zur Veranschaulichung der Proteine verwenden wir ganz unterschiedliche Darstellungen, einschließlich Atom-, Stick-, und Richardson Cartoondarstellungen. Die Farben dienen dazu spezielle Teile besonders hervorzuheben. Wenn Sie mehr über den Aufbau der Proteine erfahren möchten, können sie gerne diese Wikipediaseiten besuchen:
Proteinstruktur
α-Helix
β-Faltblatt

Was zeigt der Grafische Client alles an?

Der grafische Client zeigt die in Echtzeit durchgeführte Simulationen der Proteine. Das gezeigte Molekül bietet die gegenwärtige Konfiguration der Atome (die "Faltung"). Die Grafik unten gibt die potentielle Energie mit Femtosekündlichen fortschritt an. Der Client stellt die Proteine in unterschiedlichen Ansichten dar. Dies gehschieht sowohl zur besseren Orientierung, als auch aus ästhetischen Gründen. Die Scrollansicht des Proteins hat keinen biologischen Hintergrund, es liegt nur daran das diese Art der Darstellung weniger rechenintensiv ist. Gegenwärtig gibt es zwei Ansichtsmodi: "Vollansicht" und "Ball & Stick". In der Vollansicht repräsentiert jede ausgefüllte Sphere annähernd den Raum, den die Elektronen eines Atoms einnehmen. In der "Ball & Stick" Ansicht, stellt jeder Ball ein Atom dar, während die Stöcke die Brücken zwischen den Atomen abbilden. In beiden Modi wird Kohlenstoff dunkelgrau, Wasserstoff hellgrau, Sauerstoff rot, Stickstoff blau und Schwefel gelb dargestellt. Die Kuchengrafik stellt den schon abgeschlossenen Teil der Berechnungen dar.

Mein Monitor schaltet sich nach einiger Zeit aus.

Kann ich den Bildschirmschoner immer noch ausführen? Ja, die Energiespareinstellungen die den Monitor ausschalten beeinträchtigen den Betrieb des Clienten nicht. Der Client läuft solange weiter bis sie den PC ausschalten.

Benötigt der Bildschirmschoner viel CPU Leistung?

Der Bildschirmschoner ist so programmiert das er nur sehr wenig CPU-Leistung benötigt. Sogar ohne Hardware die OpenGL unterstützt braucht der Bildschirmschoner nur etwa 5% der Rechenkraft der Grafikkarte. Wenn Ihre Grafikkarte OpenGL unterstützt, liegt die CPU Auslastung nahe 0%.

Beschleunigt spezielle 3D Hardware den Bildschirmschoner?

Ja, eine 3D Grafikkarte beschleunigt die Berechnung von komplexen Proteinen geringfügig, dadurch dass er der CPU die Darstellung der Grafik abnimmt. Die Berechnung des Proteins wird jedoch weiter alleine von der CPU übernommen (Es gibt auch spezielle Clients speziell für die Berechnung der Proteine per Grafikkarte ausgelegt sind. Wenn Sie sich hierfür interessieren, dann schauen sie bitte unter "Download" nach den High-Performance-Clients für Grafikkarten).

Wie kann ich den Bildschirmschoner beenden?

Der Bildschirmschoner ist so programmiert das er sich automatisch ausschalten wenn man eine Taste auf der Tastatur oder der Maus drückt. Der Bildschirmschoner ist absichtlich so konfiguriert das er nicht durch das versehentliche bewegen der Maus deaktiviert wird.

Wer noch mehr Informationen benötigt kann sich gerne diese Seiten anschauen:

FAH FAQ Index
Folding Support Forum
Pande Group on YouTube

Verschiedenes

Woher stammt das F@H Logo?

Unser Logo ist die abstrakte Gestaltung unseres Zieles: den Prozess von der, im Genom festgeschriebenen, Proteinsequenz bis zur fertigen Proteinstruktur nachzuvollziehen. Das Bild der Doppelhelix links oben zeigt das Genom. Die Pfeile auf der rechten Seite stellen eine Proteinstruktur dar.

Gibt es einen Button den ich verwenden kann um einen Link auf die F@H Webseite zu erstellen?

Ja, gibt es,wie wäre es mit diesem ?

Wie viel Strom/Geld kostet es einen PC mit FAH 24/7 laufen zu lassen?

Durchschnittlich verbraucht eine CPU in etwa soviel Strom wie eine 100Watt Glühbirne. Unter diesem Link finden Sie einen Bericht über das Energiemanagement von Computern, erstellt durch die "Lawrence Berkeley Government Labs". Im Internet finden sie außerdem eine Vielzahl an Statistiken zum Thema Stromverbrauch. Das Wichtigste in Kürze: Im Durchschnitt hat ein PC-Netzteil 400Watt, wobei der normale Stromverbrauch weit darunter liegt. Ein gewöhnlicher PC benötigt ca.100Watt (ohne Monitor). Das entspricht pro Tag 24*100Watt=2,4kWh, bei einem durchschnittlichen Strompreis von 25cent sind das ungefähr 60cent pro Tag. Falls Sie der Meinung sein sollten, dass dies ihre Stromrechnung in die Höhe treibt, so bedenken Sie bitte, dass Ihr PC trotz des Betriebs von F@H einer der kleineren Verbraucher ist. Wenn Sie Stromkosten senken wollen ohne auf F@H zu verzichten, dann achten sie darauf das Licht bei Verlassen des Raumes auszuschalten, Energiesparlampen einzusetzen, den Monitor des PCs abzuschalten wenn Sie den Arbeitsplatz verlassen und Geräte, im Standby Betrieb ganz auszuschalten. Auf diese Wiese haben Sie die Mehrkosten für F@H schnell um ein mehrfaches eingespart.

Wie sieht es mit der Sicherheit aus?

Wir haben sehr hart daran gearbeitet, alle eventuellen Sicherheitslücken zu schließen und dazu aufgeboten, was uns an moderner Technik zur Verfügung steht: Ihr FAH Client lädt die Dateien die er benötigt nur von unseren Servern hier in Standford. Auch die fertigen WUs werden nur auf unsere eigenen Server hochgeladen. Wir senden, empfangen oder speichern keine Daten, die über die zu berechnenden WUs hinausgehen. Um sicherzustellen, dass Sie keine anderen Daten (z.B. Malware) empfangen, verfügen alle unsere Cores über eine spezielle Signatur. Wie ist es möglich die Übertragung fremder Daten zu verhindern? Um sicherzustellen das ausschließlich Datenpakete aus Standfort zu Ihnen gelangen verschlüsseln wir die Dateien mit einer digitalen 2048bit Signatur. Wenn Ihr PC die Daten an uns zurückschickt werden diese ebenfalls mit der 2048bit Signatur verschlüsselt. Downloaden sie den FAH Client daher nur von unseren Servern oder einem zertifizierten Partner des FAH Projekts. F@H Software aus anderen Quellen wird von uns nicht unterstützt!

Wieso gibt es keinen Clienten für IRIX, Solaris, OS-2, AMIGA, Commodore, Macintosh OS9, iPhone, Smart Phone, ARM chip, Xbox, Wii??

Wir wurden mit Anfragen überschwemmt, ob wir nicht auch für diese Geräte/Betriebssysteme Clients programmieren können. Da unseren Möglichkeiten jedoch Grenzen gesetzt sind, haben wir uns dazu entschlossen unsere Clienets nur für die gängigsten Betriebssysteme anzubieten, die sich gut für wissenschaftliche Berechnungen eignen und für die wir selbst eine zuverlässige Unterstützung anbieten können. Unsere Clienten unterstützen BSD über den Linux Emulations Layer (s.o.).

Welche Funktionen werden wir in neuen Clinet-Versionen hinzufügen?

Alle Neuigkeiten über neue Client- oder Beta-Versionen finden sie auf Vijay´s Blog, z.B. auf der Seite "Project News", oder im Folding Support Forum.

Letzter Update am 22.02,2012 um 13.50Uhr