Folding@home よくある質問 (FAQ)

トピックス：

プロジェクトの詳細、概要

Folding@homeとは何ですか？ タンパク質の折り畳みとは何ですか？

Folding@homeは分散コンピューティングプロジェクトであり、簡単に言うとタンパク質の折り畳みと異常折り畳みを研究しています。タンパク質折り畳みのもっと詳しい説明は科学的背景のセクションをご覧ください。

分散コンピューティングとは何ですか？

分散コンピューティングとは、2台以上のコンピュータがネットワークやインターネットを介して通信しプログラムの異なった部分・データの異なった部分を同時に処理する、コンピュータ処理方法の一つです。

解析結果は誰が「所有」するのですか？ また結果をどうするのですか？

他の分散コンピューティングプロジェクトと違い、Folding@Home は大学の機構(具体的にはスタンフォード大学化学科Pande グループ)によって運営される、科学研究と教育のための非営利団体です。データを売却したりそれで得た利益を独占するようなことはありません。

それだけでなく、私たちはデータを外部の方も使えるようにします。具体的には、Folding@Homeから得られたデータはいくつかの段階を経て利用できるようになるでしょう。最も重要なこととして、シミュレーションの解析結果は科学誌に投稿し、掲載された後にその論文がWebページ上で公開されることとなります。次に、データ解析をした論文を公開した後で他の研究者を含む皆さんに対し、折り畳み過程の生データがこのWebサイトで利用可能になります。

どれくらい大勢の人が参加しているか調べるには、どうすればいいですか？

「折り畳み」は現在どこまで進んでいるのでしょうか？また、私はどれくらい「折り畳み」ましたか？

私たちは、ユーザーと完了したWUについてさまざまな統計をとっており、それらはStatsセクションで見ることができます。そこでは個人・チーム・プロジェクト全体の進捗状況を確認できます。ResultsやAwardsセクションもご覧になってください。

プロジェクトは今どこまで進んだのですか？

いくつかのタンパク質を5-10usの間折りたたみ、折りたたみ動力学の実験で検証することができました。これは先行研究からの劇的な進展です。詳細を記した科学論文はResultsで読むことができます。現在、病気に関わるタンパク質だけでなく構造生物学で用いられる重要なタンパク質にも焦点を当てようとしています。FAHから得られた結果を基にして、最高峰の科学誌 (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, etc) の審査を通り発表された論文が多数あります。最近では、FAHプロジェクトは他の主要な分散コンピューティングプロジェクトを全部合わせたよりも多くの論文を発表しているのです！

なぜスーパーコンピュータを使わないのですか？

現代のスーパーコンピュータは基本的に高速ネットワークで結ばれた何百ものプロセッサのクラスタでできています。これらプロセッサ一つ一つの速度は、じつはPCに入っているものと同等か遅いことが多いのです。従って、もし (我々のように) 高速ネットワークを必要としないアルゴリズムを使うなら、PCのスーパークラスタはスーパーコンピュータと同じくらい高速です。なおかつ、我々のアプリケーションは現代スーパーコンピュータが内蔵する数百個などではなく、数十万個ものプロセッサを必要としています。このため、Folding@homeで行われる計算は他の手段では代替不可能といえます。さらに、たとえ現在世界中にあるすべてのスーパーコンピュータを独占したとしても、Folding@homeのクラスタよりも小さい計算リソースにしかならないでしょう！これはPCのプロセッサが非常に高速であり、かつ何億ものPCが世界中でアイドル状態であるからこそ可能なことなのです。

私のものではないマシンでFolding@homeを実行しても構いませんか？

Folding@homeはあなたが持っている、もしくは所有者の許可を得たマシンの上で実行してください。それ以外のマシンでのご使用は我々のライセンス契約に違反しています (常識的によい考えともいえません)。

最小動作環境は何ですか？

すべてのコンピューターがFolding@homeに貢献できます。ただし、コンピュータがあまりに遅い場合 (たとえば、ここ3-4年以外に購入したものでない場合)、標準的なWUの提出期限に間に合う計算速度がないかもしれません。

なぜソースコードを公開しないのですか？

FAHの中核部分の大半はオープンに誰でも使えるものから出来ています。TinkerとGromacsのソースコードはダウンロードして走らせることが出来ます。ただ多くのコンピューティングプロジェクトと異なり、最優先課題は機能性ではなく科学的完全性にあります。ソースコードを公開してリバース・エンジニアリングを許せば、偽りの科学的結果が作られプロジェクト全体を無意味にしてしまいます。

しかしながら、我々のコードの大部分がオープンソースからできていることは強調しておきます。詳しくはオープンソースFAQを参照してください。

ネットワークトラブル

クライアントが 0.0.0.0 のIPアドレスに割り当てられてしまいます。何が起きているのでしょうか？

時々、各クライアントにWUを供給するサーバが稼働していないことがあります。これが当てはまるケースでは、不要なWUを重複して送ることはせず。代わりにそのクライアントをアイドル状態にし、新しいWUを繰り返しチェックさせるようにしています。あなたのコンピュータがたまたま休んでいるように見えても、我々があなたの貢献を大事にしていることに変わりありません。もし長期間その状態が続く場合、正常な状態とは異なりますのでForum(英語)にてお問い合わせください。

モデムを搭載したPCでもFolding@homeに使えるでしょうか？

はい。自動的にダイヤルアップするようにしたり、あなたが手動で接続するまで待機するように設定することが可能です。ただしモデムとスクリーンセーバー版クライアントを組み合わせて使った場合、問題が発生する可能性があります。もしうまく動かないようでしたら、Folding@homeのコンソール版をお使いください。

ファイアウォールの中にいます。Folding@homeを使えるでしょうか？

はい。ファイアウォールやプロキシサーバーをGUIクライアントのconfigurationパネルで設定してください。configurationパネルはグラフィカル表示部分で右クリックするか、タスクバーのアイコンをクリックすれば開きます。コンソール版クライアントの場合は、-configオプションをつけて起動することで設定が可能です。

エラー

Folding@home Windows版インストーラが全く動いていません。

Windows用グラフィカルクライアントやスクリーンセーバー版をインストール中 "Setup is starting..." というポップアップだけが現れ、 (エラーメッセージも含め) 何も起こらないときは、おそらく "setup.exe" という名前の別のファイルがFAHインストーラの作業ディレクトリに存在するのが原因です (具体的には、デスクトップやtempディレクトリ)。OSの設定によっては、tempディレクトリは複数存在するかもしれません。問題のsetup.exeをリネーム・移動・削除すれば、うまく動くようになるはずです。

Folding@homeの表示がおかしかったり(Windows版) segfaultsになります(Linux版)。

Folding@homeを動かすには最低64MBのRAMが必要です。メモリの少ない状態では、Windows版の表示が怪しくなったり、Linux版はコンソールがsegfaultsで落ちたりします。

スクリーンセーバー版クライアントが、真っ黒い画面にドットが浮いているような状態になります。

原因は解明できたように思います。これは、モニタまたはグラフィックカードが8-bit colorをサポートしていないためと思われます。我々も古いグラフィックカードで問題を再現しました。もしこの問題に遭ったら、グラフィックスやOpenGLのドライバが最新かどうか確認してください。

"Network Recv Timeout"エラーが出ます。 (コンソールや scrlog.txt ファイル中に出ることもあります).

もしこういうエラーを見かけたら…

Deleting files IP = 171.64.122.81 Network Recv Timeout GetWork Failed

…心配はいりません。これはサーバーとの接続に問題があり、再接続を待っている状態です。たまにサーバに問題が起きると、ユーザはこのエラーを見ることがあります。接続が復活するまで、しばらく辛抱強くお待ちください。もし一日くらい接続失敗が続くようでしたら、クライアントを落として再起動したり、あるいは再インストールするのがベストかもしれません。コンソール版の場合、ctrl+c を押して綺麗に終了し、再び起動してみてください。 (Note: ctrl+c でクライアントを落とす機能は最近追加したため、バージョンによって使えない可能性があります。そのときはkillするしかありません)

FAH GUI版クライアントを実行していると、Open GLのゲームが全く動かなかったり最小化されてしまいます。

FAH GUI版クライアント実行中は、OpenGLを使ったゲームが動かなかったり最小化してしまうことがあります。これはFAHの既知の問題の一つで、OpenGLを使ったアプリケーション、主にゲームが影響を受けます。これはFAH本体というよりOpenGLの問題です。OpenGLはFAHグラフィカルクライアント内部で使用されており、同時に二つのプログラムから利用することができません。回避策としてFAHグラフィカルクライアントをアンインストールし、代わりにコンソールクライアントをインストールして使うとよいでしょう。このFAQエントリ作成に貢献した [Spectre] と ellroy80に感謝いたします。

Folding@home と Genome@home

Genome@homeプロジェクトとは何ですか？ Folding@homeプロジェクトとどういう関係があるのですか？

Genome@homeはPande Group研究室が行っていたもう一つの分散コンピューティングプロジェクトです。このプロジェクトは2004年4月15日をもって終了しております。詳しくは http://genomeathome.stanford.edu を参照してください。

Genome@homeの目標はタンパク質の設計と応用です。タンパク質設計の応用の中核は設計されたタンパク質配列の巨大な図書館を作ることで、それは既存のゲノムの「再設計」や「リバース・エンジニアリング」に相当します (プロジェクト名"Genome@home"はここから来ています)。タンパク質設計のもう一つの目的は、タンパク質がなぜ折り畳まれ、以上折り畳みし、凝集するのか知ることです。これはFolding@homeの中核をなす疑問点であり、タンパク質折り畳みと異常折り畳みの研究と直接結びついており、異常折り畳みに関連した疾病、たとえばアルツハイマー病や筋萎縮性側索硬化症(ALS) 等にも関連してきます。

'gah'セレクションは今どうなっているのですか？

新しい研究につながらず、ゆえに提出期限を必要としないワークユニットをいくつか作成しています。これら「永久」WUがサーバに用意されており、クライアントのgahセレクションでリクエストすることができます。これらのWUはお手持ちのマシン中で一番遅いものか、インターネットに繋がっていないマシンで走らせるとよいでしょう。このクライアントは今まで通りWUをキャッシュすることができます。クライアントのバージョンがv5.00以降であれば、提出期限なし(deadlineless)WUがリストに表示されます。

Notes:
* 最近、提出期限なしWUが研究の都合で利用できなくなりましたが、このWUタイプは復活する可能性もあります。
* 提出期限なしWU用にマシンを設定すると、以後提出期限なしのWUしか引いてこなくなり(WU在庫状況によっては) 何ヶ月もの間マシンがアイドル状態になることがあります。
* システムが提出期限に間に合う性能を持っているなら、クライアントを通常のWUを受け取るように設定してください。

クライアントの実行について

WUが終わったと思ったら、また同じタンパク質を引いてしまいました。問題ありますか？

いいえ、それは正常です。いくつかのタンパク質のダイナミクスを調べているため、同じタンパク質 (および同じProject number) を何度も引いてくることがあります。各WUからはそのタンパク質のダイナミクスについてさらに詳しい情報が得られ、これは我々にとって重要です。事実、もし一つのタンパク質あたり1WUしかなかったなら、得られるものはさして多くありません。Project number, Run, Clone, Generation numberによって各WUを区別します。

Folding@homeはデュアルプロセッサやマルチコア・マシンで動作しますか？

はい。Linux-64bit版、OSX/Intel版、あるいはWindows版の高性能SMPクライアントが利用可能です。クライアントDownloadページをご覧ください。

これ以外のプラットフォームの場合は、CPU版コンソールクライアントを複数個走らせることになります (Windows版の場合、"-local" コマンドラインオプションをつけて実行してください)。まず最初に、各プロセッサ用にディレクトリを作成し、FAHコンソール版exeファイルをそれぞれにコピーします。つぎに-configオプションをつけてexeファイルを実行し、ダイアログに従って設定します。ここで非常に重要なのは、マシンIDの設定 (1～8、v6クライアントの場合は1～16) が "Advanced Settings" の中にあるということです。一つ目のディレクトリでは、マシンIDはデフォルト(1)で構いませんが、2つめ以降は2、3、4…などに設定してください。なお同時実行するコンソールクライアント数の上限は、マシンが搭載する物理プロセッサ・コア数までとすることをお勧めします。

クラスタで実行する上で気をつけなければいけないことはありますか？

気をつける主なポイントとして、各マシンが固有のCPUIDを持っていることを確認してください。IDが重複することを避けるため、Windows版(v3以降) ではIDをレジストリに格納し、Linux版(v3.11以降) ではMachineDependent.datというファイルに保持しています。

IDの重複を避ける方法:

1. 各クライアントを別々にインストールしていれば、ID重複問題が発生することはありません。
2. 最新のWindows版を使用し、かつシングルプロセッサマシンで動かしているのであれば、やはり問題はありません (デュアル以上の構成については、上記参照)。
3. Linuxクラスタにおいて、ディレクトリをコピーしてセットアップする場合、決してMachineDependent.datファイルをコピーしてはいけません。クライアントは新しいIDを自動的に取得する際、改めてこのファイルを生成します。

なぜFolding@homeソフトウェアを最新版にアップデートしなくてはいけないのですか？

我々はFolding@homeソフトウェアを絶え間なく改良し、新機能を加えています。新しいバージョンではユーザから報告を受けたバグが修正され、プロジェクトが円滑に走るようになっているのです。

どうやって計算結果を返送すればいいですか？

計算結果はワークユニットが終了するたびに我々のサーバに自動的にアップロードされ、そのとき新しいWUもダウンロードされます。

ワークユニットを複数個ダウンロードすることは可能ですか？

我々が使用しているアルゴリズムは、各ユーザが一度に1WUをダウンロードし計算が終わったらそれを通知する、という場合に最もよく動きます。このため、複数WUをダウンロードするオプションは用意していません。もしコンピュータが複数のプロセッサを搭載している場合は、各プロセッサに別々のWUを実行させることができます。やり方はこちらを参照してください。なお、この場合 各クライアントは別々のディレクトリで実行する必要があります。

WUが一つ終わるのにどれくらいかかりますか？WUの大きさの目安はありますか？

WUの処理時間はコンピュータの速度や解析中のタンパク質のサイズによって変わります。タンパク質や解析する特性により、異なったサイズのWUが使われます。Project Summaryページに特定のタンパク質のサイズや終了までの提出期限の情報が載っています。

GUI版とコンソール版は同時実行できますか？コンソール版を二つ走らせたらどうなりますか？

はい。ただしそれはマルチプロセッサ/コアを搭載したマシンで別々のディレクトリにインストールした場合だけです。また、ディレクトリをもう一方のディレクトリに単純にコピーしてはいけません。クライアントが混乱する可能性があります。その場合WUを処理してもポイントが入らず、計算結果は科学的に何の意味もありません。

代わりに、クライアントを各ディレクトリにいったんインストールしてください。もし、すでにプログラムを複数のディレクトリにコピーして実行していたら、そこにclient.cfgというファイルがありますのでこれを消去してください。次にFAHクライアントを実行すると、新しいclient.cfgファイルが作られプロジェクトサーバから新しいIDを取得します。Windows GUI版CPUクライアントは常にマシンIDを1にセットしますので、ほかのクライアントは2,3,4…などを使うようにしてください。

計算結果が返送され、使われたかどうか知るにはどうすればいいですか？私がワークユニットをどれだけ処理したか知るには？

Statsページで個人・チームの成績、プロジェクト全体の統計データをチェックできます。 コンピュータがデータを返送したとき、完了したWU番号の中からあなたのユーザ名を見ることになるでしょう。もしあなたの名前がなく、かつスクリーンセ－バ－やコンソール版が正常に動いているように見える場合は、このWUがまだ完了していないか（1WUの処理には2-3日、古いコンピュータではもっと長くかかります）、リストがまだ更新されていないだけです。一日か二日後に再びチェックすると、ちゃんとあるはずです…あなたがユーザ名を正しく覚えていれば。

タスクマネージャでプロセス優先度を変更しても処理速度が変わりません。なぜですか？

Folding@homeコアの優先度を手動で変更するにはどうすればいいですか？

計算中の処理はクライアントプロセスではなくfahcoreで行われるため、クライアントのプロセス優先度を変更しても計算速度に影響ありません。fahcoreの優先度はデフォルトで「アイドル」に設定されております（ただしタスクマネージャ上は「通常」と表示されます）。クライアントはあらかじめCPU空き時間のすべてを使うように設計されており、通常Windows上で優先度を変更する必要はありません。もしFAHクライアントがバックグラウンドウイルススキャンのような別の「アイドル」プロセスと競合する場合、クライアントオプションで「低い」優先度で実行するよう変更できます。この設定を変えるには、コンソール版クライアントを -config オプションをつけて実行してください。

Folding@homeとSETI@homeを同時に実行することはできますか？

はい、別の分散コンピューティングアプリケーションであるSETI@homeはFolding@homeと同時に実行することが可能です。ただし、システムの空きメモリが十分にあるか気をつけてください。いくつかのプログラム、たとえばSETI@homeはFolding@homeより高い優先度で走りますので、同時に実行するとFAHの進捗を妨げることがあります。もしFAHの処理が進んでいないときは、FAHクライアントで「少し高めの優先度」(Slightly Higher Priority) を有効にすると直ります。これは、Windows GUI版クライアントのadvanced optionsページ、またはコンソール版を-configオプションをつけて実行した場合に、それぞれ設定可能です。

Note: 他の分散コンピューティングのワークユニットは一般的に時間に依存しませんが、FAHのワークユニットには提出期限があります。従ってFAHクライアントに少し高めの優先度を設定するか、プロセッサ・コアの一つをFAH専用にして他のプロジェクトが残りの計算機リソースを使うようにしてください。

マシンがワークユニット(WU)を処理する時間に何か制限はありますか？

はい。WUにもよりますが、多くのプロジェクトで未完了のWUが「期限切れ」すると、今後は別のマシンに割り振られることになります。完了したWUからまた新たなWUが作られてプロジェクトは進むようになっているため、我々はWUに提出期限を設定しています。大きく長いWUに対しては、必要に応じ提出期限を延長しています。提出期限はWUの種類によって2-3日から数週間のオーダーで変わります。推奨提出期限（preferred deadline）をオーバーしてもポイントはもらえますが、上記の事情で科学的に有用ではなくなります。最終提出期限を超えると、クライアントはWUを破棄して新しいWUをダウンロードします。この場合ポイントはもらえません。

FreeBSD上でLinux版クライアントを実行することは可能ですか？

はい。下記の手順に従ってください：

Install emulators/Linux_base from FreeBSD CD.

Edit /compat/Linux/etc/yp.conf and put the correct server in there.

Download the Linux folding console (FAHxConsole, where x is the version number) and cd to the directory.

% brandelf -t Linux FAHxConsole

As of Version 3.24, all you have to do from here is specify the "-freeBSD" flag when you run the client,

% ./FAHxConsole -freeBSD and it will automatically brand the scientific cores it downloads. For clients prior 3.24, the -freeBSD flag is not supported and you have to do the following:

after starting the client, wait till it download the core than kill the fold job.

% brandelf -t Linux FahCore_65.exe

% ./FAHxConsole

これでおしまいです！ (有用な示唆をいただいた "gotti" に感謝します)

OpenBSDについてはどうでしょう？

FreeBSDと同じくらい簡単に動きます (すぐ上のFAQエントリをご覧ください)。実行ステップは次の通りです：

1. Install /usr/ports/emulators/redhat/base from ports on 3.4 or later. If you're on an earlier version, or just prefer packages, install redhat_base-8.0p2. 2. Set up a script that redirects the brandelf call to elf2olf, so that core binaries can be marked properly. This script can be downloaded from http://www.schnarff.com/brandelf, or simply set up on your own:

1. !/bin/sh

elf2olf -v -o linux $3

In either case, make sure the brandelf script is executable and in the path of the user running FAH. 3. Make sure to use the Linux Console version B, as version A will coredump. 4. When running the client, use the -freeBSD switch, so that it will automatically mark core binaries properly.

OpenBSDの情報を提供くださったAlex Kirkに感謝します。

シミュレーションの不安定性とは何ですか？

The simulation of molecular motion involves a great deal of computation. Each run consists of a number of time steps (each very small). At each time step, the position of the various atoms is calculated and updated, based on a number of factors. Sometimes, the simulation enters into a state that is not legal (i.e. atoms are too close, bonds are in impossible angles, etc.). At times like this, the Core exits, and information is uploaded to the server. The client will then get another assignment. If your computer is stable, then you haven't done anything wrong. On unstable computers, it is possible that the simulation instability was brought on by a fault of the system rather than something intrinsic to the work unit. Because of this, a work unit may be sent out again at some time if it is returned as having run into instability. In a given project, we expect a small percentage of units to encounter legitimate instability.

コンピュータの電源を切っても大丈夫でしょうか？ クライアントは途中結果を保存していますか (checkpointのように)？

Periodically, the core writes data to your hard disk so that if you stop the client, it can resume processing that WU from some point other than the very beginning. With the Tinker core, this happens at the end of every frame. With the Gromacs core, these checkpoints can happen almost anywhere and they are not tied to the data recorded in the results. Initially, this was set to every 1% of a WU (like 100 frames in Tinker) and then a timed checkpoint was added every 15 minutes, so that on a slow machine, you never loose more that 15 minutes work.

As proteins become more complex and run longer, it is better to have more frames in a WU so that you don't loose so much progress if you have to restart - - hence WUs that have 400 frames instead of 100. That still doesn't take the speed of the machine into account. A fast machine completes a frame in a few minutes while a slow one may take hours, and the donor with the slow machine still doesn't want to lose 99% of those "hours" yet the fast machine doesn't really want the overhead of writing the checkpoints every "few minutes" - - and neither of them wants the upload time associated with results containing many frames.

Starting in the 4.x version of the client, you can set the 15 minute default to another value (3-30 minutes).

このFAQエントリ作成にあたって、Bruce Bordenに感謝いたします。

統計、チーム、ユーザ名

How can I change my username (donor name)?

The simplest way to change your username is go to the configuration panel (right click in the graphical display or click on the sys tray icon). You can change your username at any time. However, old work units will remain credited to the old username.

How can I join/create a team?

To create a team, please fill out this form. To join a team, just put the team's number in the configuration panel (on graphical clients) or enter the team number at the first time you run the client (for text console versions).

I'm running multiple machines behind a firewall. Can they all have the same username?

Yes. They can all have the same name.

Are there any characters I should avoid in a username?

We strongly recommend sticking to just letters, numbers and underscore. Right now, we reserve the characters # ^ ~ |. # is used for firewall differentiation (see above). We want to save ^ | and ~ for other problems which might come up. Also, don't put spaces in your username; please use some character like "_" instead. Finally, please note that usernames are case sensitive, so "Dave" and "dave" and "dAVE" are all different usernames.

How do you decide how much credit a work unit is worth? How do you determine how many points a work unit is worth?

Before putting out any new work unit, we benchmark it on a dedicated 2.8GHz Pentium 4 machine with SSE2 disabled (more specifically, as reported by /proc/cpuinfo on linux: vendor_id : GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB). This machine runs linux, so all WUs are benchmarked with the linux core.

We plug the results of this into the following formula:

points = 110 * (daysPerWU)

where daysPerWU is the number of days it took to complete the unit. This equation was chosen to match the points for Gromacs WUs to the previous point system. The upshot is that Tinker WUs will be worth more than before we set up the new points (i.e. before April 2004).

Please note that the very concept of a reference machine will mean that some WU benchmarking will vary from the performance on your machine. Even between P4s, there are significant differences in architectures over the years. Moreover, variations between FAH WUs can also lead to differences in benchmarking points.

Our goal is consistency within a given definition of a reference machine setup (described above), but beyond that the natural variation from machine to machine and WU to WU will never allow any point system to perfectly reflect what you get on your machine. See also the Points FAQ

How do you set the deadlines for the work units?

Each work unit is benchmarked on a dedicated 2.8 GHz Pentium 4 machine with SSE2 disabled. For most work units (although there may be exceptions, described in the next paragraph), we apply this equation:

timeout = 20 * (daysPerWU) + 2 deadline = max(30* (daysPerWU) + 2,10)

where daysPerWU is the number of days it took to complete the unit. The "+2" days is there to give an additional buffer for fast WUs (to allow for servers down, etc). If 30*daysPerWU is less than 10 days, we set the deadline to 10 days, as a minimum time for all projects. The timeout is the time at which the WU is resent to another client and the deadline is the last time that we will give stats credit for the WU.

Occasionally, deadlines may be set shorter or longer than the above calculation indicates, but the reason for having deadlines at all is that the sooner we get back work units, the sooner we can put the results to good use. Also, different projects have different requirements server-side and may require shorter or allow longer deadlines (e.g. "pfold" calculations can often be run without any deadlines, whereas MREMD calculations work best with very tight deadlines). The assignment server does take machine performance into account in making assignments, thereby allowing slower machines to receive more appropriate work units.

How can I get a copy of all of the current stats?

Please feel free to download http://fah-web.stanford.edu/daily_user_summary.txt or http://fah-web.stanford.edu/daily_team_summary.txt These files are updated every 6 hours. Please DO NOT run a crawler on our cgi pages. Such actions will result in your IP being permanently banned.

その他

What do the pictures of proteins show?

We use several representations for showing proteins, including all-atom, stick, and Richardson cartoon representations. The colors are used to highlight specific parts (but that may be specific atoms, atom types, or structural characteristics, depending on the context). To learn more, Wikipedia has some nice articles about this:

• http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structure
• http://en.wikipedia.org/wiki/Alpha_helix
• http://en.wikipedia.org/wiki/Beta_sheet

Where did the logo come from?

Our logo is an abstract representation of our goal: to go from the protein sequence encoded in the genome to the protein's structure. The double helix on the left of the logo denotes the genome (DNA is a double helical molecule) and the arrows on the right are representations of protein structure (beta sheet structure is often drawn as ribbons with arrows).

Do you have web buttons that I can download to use with links to your site?

How about this (thanks to RPH IV)

How much power/money does keeping a FAH running 24/7 on a computer use?

Roughly, a CPU uses about as much power as a watt light bulb. Here's a report on computer power management from Lawrence Berkeley government labs, and there are other references on the web you can find. Although power supplies on most computers are rated at 400 watts, average usage is lower. On average, a Pentium-type computer uses about 100 watts (if the monitor is off). So, the daily difference between off and running FAH is about 24x100 = 2.4 kWh. At $0.15 per kWh ( from PG&E here in California), this works out to about $0.36 per day. In general, lighting and climate control use a much larger share of household power than computers do. So the best bet for cutting costs and conserving energy would be to turn off lights, turn off your computer monitors (which use more power than a CPU), and turn down the heat.

What about security issues?

We have worked very hard to maintain the best security possible with modern computer science methodology. Our software will upload and download data only from our data server here at Stanford. Also, we only interact with FAH files on your computer (we don't read, write, or transmit any other files, as we don't need to do so and doing so would violate our privacy policy). The Cores are also digitally signed (see below) to make sure that you're getting the true Stanford cores and nothing else.

How is this possible? We take extensive measures to check all of the data entering your computer and the results we send back to Stanford with 2048 bit digital signatures. If the signatures don't match (on either the input or the output) the client will throw away the data and start again. This ensures, using the best software security measures developed to date (digital signatures and PKI in version 3.0), that we are keeping the tightest possible security. Finally, the client/screen saver are available for download only from this web site, so that we can guarantee the integrity of the software. We do not support Folding@home software obtained elsewhere and prohibit others to distribute the software.

Why no IRIX, Solaris, OS-2, AMIGA, Macintosh OS9, etc version?

We've been deluged by requests for other versions. Due to limited resources, we can only support a few client versions. We try to pick operating systems which are likely to be popular with donators and that we can suitably support in house. We do support BSD via its Linux emulation layer (see above).

What are you going to add in later versions of the software?

A good place to hear about new versions, beta versions, etc., is the Folding-Community forum.

Screen saver (Windows: version 4 and earlier; OSX: all versions)

Should I run the screen saver or console version?

The graphical console version shows the same info as the screen saver, just in a window. You should run it if you

    * want to be running Folding@home all the time
    * don't want a screen saver
    * like to see the guts of what's happening

You should run the "screen saver only" version if you

    * you don't want to run Folding@home all the time, just when you're not using the machine

If you're still not sure, try them both!

What's the screen saver showing?

Our graphical client shows real time visualizations of the simulations being performed. The molecule drawn is the current atomic configuration ("fold") of the protein being simulated on your computer and the graph on the bottom shows the potential energy in femtosecond increments. We display the protein in a variety of visualization styles and orientations both to get a better look at the protein fold as well as simple aesthetics. The fact that the protein visualization "scrolls" out does not have any biological meaning; it's just a non-CPU intensive and visually appealing way to show the protein.

There are currently two visualization modes: Space-filling and ball-and-stick. In ball-and-stick mode, each small ball represents an atom, and the sticks represent bonds between atoms. In the space-filling model, each filled sphere represents the approximate volume that the electrons occupy around each atom. In both modes, carbon atoms are drawn in dark gray, hydrogen atoms are drawn in light gray (although some hydrogen atoms are not drawn at all), oxygen atoms are drawn in red, nitrogen atoms are drawn in blue, and sulfur atoms are drawn in yellow.

The pie charts denote the completed fraction of the current run and the fraction of the frame completed, respectively.

My monitor is set to turn off after a while.

Can I still run the screen saver? Energy saving features, which turn the monitor off after a specified period of time, does not affect the screen saver. As long as the computer is running, the screen saver will continue to run and accumulate useful data, even if the monitor is off.

Does the screen saver use a lot of CPU time?

The screen saver is designed to use very little CPU time. Even without any OpenGL hardware, the screen saver only uses about 5% of the CPU time for graphics. If you have some sort of OpenGL support on your graphics card, the CPU time becomes virtually zero. Since the space filling ("orb") drawing of the atoms can be seen in the process of drawing, it may look like it is taking a lot of processor space, but that delay is set by a timer, and does not occur because it takes a long time to draw.

Will extra 3D hardware help make the screen saver go faster?

3D acceleration cards will make some difference for complex proteins.

How do I shut down the screen saver?

The screen saver is designed so that it shuts down on mouse click or key press. It will NOT shut down by simply moving the mouse. This is to prevent users from inadvertently closing down Folding@home, since it takes a short while to start processing every time it starts up.

関連情報：

• FAH FAQ Index
• Folding Community Forum
• Pande Group on YouTube™

Last Updated on April 16, 2008, at 08:28 AM