Folding@home Petaflopo iniciatyva (FPI)
Įvadas
FAH projektas leido atlikti milžinišką šuolį molekulinio modeliavimo srityje, lyginant su 2000-aisiais metais. Sujungus milijonus kompiuterių visame pasaulyje skaičiavimai, laikyti neįmanomais, šiandien yra kasdienis FAH dalyvių užsiėmimas. Pradėję nuo baltymų, sukeliančių ligas, lankstymosi modeliavimo, projekto autoriai atrado daugybę naujų dalykų.
2006 metais jau turėjome sukurtus naujus skaičiavimo metodus (dėka pramoninių partnerių ir Stanfordo universiteto), kurių dėka vėl pamatėme naujas, dar didesnes galimybes. Šios galimybės susijusios su srautiniais procesoriais (streaming processors), kurie šiandien yra pigūs ir įmontuoti į žaidimų kompiuterius (Sony Cell procesorius) bei ATI vaizdo plokštes. Ši revoliucinė technologija daro prieinamus skaičiavimus, anksčiau įkandamus tik superkompiuteriams, ir viso to kaina- tik 500 USD šimtui gigaflopų.
Apsiginklavę tokia technologija, mes nusprendėme pabandyti pakelti FAH produktyvumą iki neregėtos aukštumos- petaflopo. Petaflopo eilė- tai 1,000,000,000,000,000 floating point operations per second. Turėdami omenyje, kad 2006 metais foldinge dalyvavo virš 200.000 kompiuterių, ir tai, kad ši technologija gan sparčiai ateis į dažnus namus, pradedam tikėti, kad FAH produkcija gali pasiekti ir netgi nesunkiai perkopti 10 Petaflopų lygį.
Pasinaudodami naujomis geležies galimybėmis, ir sukūrę naujus algoritmus naujoms mašinoms, mes galime išnaudoti naujų technologijų teikiamas galimybes, kol kas skirtas tik kompiuterinių žaidimų mėgėjams. Sunku net įsivaizduoti, kaip tokia galia gali pagilinti mūsų žinias apie baltymų lankstymąsi, Alzheimerio, Huntingtono ligas, kai kurias vėžio formas... Tačiau tai ateina.
Daugiau informacijos rasite FAH tinklapyje, arba bandykite susirasti prof. Vijay Pande. Folding@home pirmiausia yra remiamas Nacionalinio sveikatos instituto (NIH) grantais ir Nacionalinės mokslo fundacijos (NSF).
Dažnai užduodami klausimai
Kam taikytis į naujas technologijas, kurti naujas programas (GPU, PS3), jei galima pajungti daugiau personalinių kompiuterių?
Kai kuriuose darbuose, ypatingai tiriant neteisingą susilankstymą ir agregaciją, yra reikalinga žymiai greičiau gauti rezultatus, todėl neužtenka daug kompiuterių- reikia greitų kompiuterių. Su paprastais CPU mes dirbome du metus be pertraukos, kad gautume reikšmingų rezultatų Alzheimerio ligos sferoje, tuo tarpu nauja technika mums leis tai pakartoti per menesius, ar net savaites.
Kokiems konkrečiai skaičiavimams nauji įrenginiai padeda labiausiai?
Pagrinde tiriame du variantus savo modeliavimo, kur skiriasi tai, kiek kreipiame dėmesio į tirpiklį - vandenį. Srautiniai procesoriai pagreitina modeliavimą, kai į vandens molekules žiūrime kaip į vientisą dalelę; tuo tarpu SMP klientai pagreitina modeliavimą, kur į vandenį žiūrima kaip į tris nepriklausomus atomus - vandenilį ir deguonį. Nors tokie savitumai ir skirtumai apriboja naujų technologijų taikymą, tačiau abu kartu šie tirpiklio metodai ir technologijos, leidžiančios juos įgyvendinti, stipriai stumtelėjo FAH tyrimus į priekį.
Dar žiūrėkite: