Folding@home SMP D.U.K.

Įvadas

Folding@home (FAH) projektas leido atlikti viena didesnių šuolių į priekį molekulinio modeliavimo srityje nuo 2000 metų. Skaičiavimo apimtys, iki šiol laikytos neaprėpiamomis ir neįmanomomis, šiandien jau tapo mums rutina, nes tarpusavyje susijungė milijonas asmeninių kompiuterių visame pasaulyje. FAH nusitaikė į baltymų lankstymąsi ir su tuo susijusias ligas, ir daugybė gerų bei pažangių dalykų iš to išsivystė.

2006-aisiais, mes jau žiūrime dar toliau to, ką gali suteikti paskirstytasis skaičiavimas. Mes jau anksčiau paskelbėme, kad gavome paramą iš ATI ir Sony kūrime naujų, didelio produktyvumo klientų vaizdo plokštėms (GPU) bei žaidimų kompiuteriui PS3, taigi galime vieno kompiuterio rėmuose kalbėti apie galią, kurią anksčiau turėjo tik superkompiuteriai.

Taip pat mes išleidžiame naują klientą, FAH SMP. SMP yra trumpinys "Symmetric Multi-Processing", ir yra taikomas procesoriams, kurie turi kelis branduolius. Dvibranduoliai centriniai procesoriai jau yra tipinis reiškinys asmeniniuose kompiuteriuose, o jau ir quad-core procesoriai vis dažniau sutinkami. Mūsų akimis, jau netolimoje ateityje atsiras PC dėžės, kuriose bus sumontuota 8 ar net 16 branduolių.

SMP ir GPU klientų tikslai yra panašūs: kai kuriuose darbuose, ypatingai tiriant neteisingą susilankstymą ir agregaciją, yra reikalinga žymiai greičiau gauti rezultatus, todėl neužtenka daug kompiuterių - reikia greitų kompiuterių greitiems rezultatams. Su paprastais CPU mes dirbome du metus be pertraukos, kad gautume reikšmingų rezultatų Alzheimerio ligos sferoje, tuo tarpu nauja technika mums leistų tai pakartoti per mėnesius, ar net savaites.

Dar daugiau, SMP ir GPU versijos papildo viena kitą. GPU gali apie 30x pagreitinti atominio tirpiklio skaičiavimus (implicit solvent), tuo tarpu SMP yra apie 4x greitesnis visuose skaičiavimuose, kurių mums reikia. Paskirstę darbus, mes galime iki mėnesio sutrumpinti vienerių metų darbą, ypatingai kai jau pasirodė komponentai, skirti dviejų keturbranduolių procesorių kompiuteriams.

Mūsų tikslas yra pritaikyti technologines naujienas Folding@home galimybėms išplėsti, toliau tęsiant Alzheimerio, Huntingtono ir vėžio susirgimų tyrimus baltymų lankstymosi sferoje. Nauji modeliavimo patobulinimai, įtraukiantys naujų procesorių galimybes į molekulinę dinamiką, FAH projektui leis pasiekti nematytas aukštumas, tuo pačiu gilinant žinias apie baltymų lankstymąsi ir su tuo susijusias ligas.

Kaip paleisti FAH SMP Beta Client

Svarbu: FAH v6 beta pakeitė buvusius Linux ir OSX klientus, pasikeitė kai kurie nustatymai. Perskaitykite naujus v6 DUK prieš leisdami klientą šiose OS. Detalesnės instrukcijos netrukus bus publikuotos čia.

Tai yra beta versija, todėl tikimės vabalų ir kitokių nesklandumų. Mes ilgokai tikrinome šį klientą pas save, ir pas mus jis veikė puikiai, bet patirtis sako, kad "pas mus" ir "laukuose" yra du skirtingi dalykai.

Kaip ir visose kitose beta programose, išsisaugokite savo svarbiausius duomenis kitose laikmenose, ir neeksperimentuokite su kompiuteriais, kurie yra kažkam kitam svarbūs, brangūs, ar šiaip netoleruoja eksperimentų.

Tik dvi pakopos:

1. Parsisiunčiate klientą iš mūsų;

2. Įdiegiate programą.

Šiuo metu palaikome tik tris platformas: Mac OSX/Intel, 64-bit Linux, ir Windows. Dirbame prie 32-bit Linux client, bet negalime pasakyti, kiek tai užtruks. Be to, Windows versija yra kitu pagrindu, nei Linux ir OSX.

Mac OSX: untar the files and then copy the mpiexec file to the ~/Library/Folding@home directory and then run the fah5 fah6 binary. More detailed instructions are at the bottom of this page.

Linux: untar the files and then run the fah5 fah6 binary. For those unfamiliar with running FAH on linux, see the FAH wiki entry for the basics on running FAH on Linux (or the FINSTALL code tutorial on the wiki). More detailed instructions are at the bottom of this page.

Windows XP and 2000: prieš diegdami klientą, turite turėti Microsoft .NET framework v2.0 arba v3.0. Kai tai turėsite, parsisiųskite SMP programą, leiskite jai išssiskleisti, nurodykit kur ją instaliuoti. Pabaigus, paleiskite install.bat, kuris pabaigs įdiegimo procesą. SMP programą lankstymui paleiskite pasinaudodami fah.exe byla. Smulkesnė instrukcija šio puslapio apačioje.

Windows Vista: skirtumas nuo XP tik tas, kad .NET framework v2.0 ieškoti papildomai nereikia - jis yra įdiegtas su pačia OS.

Mes šiuo metu kuriame automatinius įdiegimo vedlius, ir pasibaigus beta bandymams jums reikės kur kas mažiau darbo kad pasileistumėte FAH SMP.