Folding@home AMBER FAQ

Inhoudsopgave

De Folding @ home (FAH) ontwikkelaars (met nameJim Caldwell and Young Min Rhee) hebben samengewerkt met het AMBER development team (waarvan Jim Caldwell al een lange tijd lid is) om AMBER te integreren in Folding @ home.

Is er iets wat ik, als deelnemer aan Folding@Home, moet doen?

Nee. De deelnemers van Folding@home hoeven niets nieuws te doen, de update is automatisch.

Waarom werken met AMBER? Wat is het voordeel?

Voor de wetenschappers die Folding@home gebruiken zullen de resultaten dramatisch verbeteren. Voor GB / SA berekeningen (zie de AMBER GB pagina voor meer informatie), biedt AMBER voordelen ten opzichte van de huidige GB / SA-code in Folding@home (de huidige code is gebaseerd op Jay Ponder's Tinker), met name een grote snelheid stoename (wellicht tot 5x sneller). Dit betekent een aanzienlijke toename in kracht van Folding@home voor veel berekeningen. Behalve snelheid, voegt AMBER nieuwe functionaliteit toe in de vorm van het vermogen tot het uitvoeren van polariseerbare krachtveld berekeningen (die niet kunnen worden uitgevoerd met Gromacs of onze huidige Tinker 3,8 uitvoering).

Als het sneller is, krijgen de deelnemers dan meer punten?

Sorry, de puntentelling in de statistieken zal de CPU tijd als benchmark blijven gebruiken, zodat uw statistieken niet worden beïnvloed.

Hoe kan het dat AMBER zo veel sneller is?

AMBER's GB / SA code is recenter geschreven en is meer geoptimaliseerd dan Tinker. Gromacs heeft geen GB / SA functionaliteit.

Hoe zit het met SSE/3D-Now/Altivec ondersteuning?

Momenteel, worden SSE en SSE2 niet ondersteund. AMBER is uitgevoerd in dubbele precisie, zodat SSE niet zou helpen. SSE2 zou kunnen helpen, maar zal niet tot een significante toename van de snelheid leiden. Ons eerste doel is om AMBER stabiel te laten draaien en daarna zullen we proberen om AMBER verder te optimaliseren met SSE2. Maar we verwachten slechts een snelheidstoename van10%.

Wordt Mac OS X ondersteund?

We zullen OS X ondersteuning toevoegen zodra de Win en Lin ports goed werken. Momenteel zijn we op zoek naar de beste Fortran 90 compiler voor OS X.

Waarom heeft u niet eerder gebruik gemaakt van AMBER?

AMBER is onlangs herschreven in Fortran90, waardoor het meer geschikt is voor Windows compilatie. Ook is Jim Caldwell (die al een lange tijd AMBER ontwikkelaar is) onlangs toegetreden tot het FAH-team.

Heeft de huidige wetenschappelijke code u onnodig afgeremd?

Nee: omdat de snelle GB / SA code vrij nieuw is in AMBER, was er tot voor kort geen belangrijk snelheids voordeel.

Hoe zit het met de huidige wetenschappelijke code? Wat gebeurt daarmee?

Wij zullen de meeste berekeningen met Gromacs blijven uitvoeren. Maar we verwachten dat AMBER veel van de berekeningen die we zouden beginnen op Tinker zal overnemen. Hoe staat het met de huidige wetenschappeloke? Wat zal er met hen gebeuren? Wij zullen door gaan met de huidige berekeningen, die ook al in gebruik zijn met de GROMACS. Alhoewel we denkern dat AMBER veel berekeiningen zal gaan overnemen, waarmee we reeds begonnen met Tinker.

Zijn er kosten voor het gebruik van AMBER?

FAH heeft toestemming gekregen (van Dave Case van Scripps) om AMBER op de FAH supercomputer te draaien en de FAH donateurs hoeven niets te betalen voor het gebruik van AMBER. Maar als iemand AMBER wil gebruiken voor hun eigen onderzoek (dus niet voor het draaien van FAH, maar voor een ander doel), dan zal er een vergoeding gevraagd worden. De AMBER kern in FAH is ontworpen om alleen FAH berekeningen uit te voeren, en de FAH AMBER kern kan niet worden gebruikt voor andere doeleinden.

Welke wijzigingen gaat u nog aanbrengen in AMBER, en wanneer zal dit beschikbaar zijn?

In wezen hebben al onze ORANJE wijzigingen betrekking op het integreren van AMBER met FAH. Wij zullen deze wijzigingen ter beschikking stellen aan de AMBER-ontwikkelaars, maar waarschijnlijk zullen zij deze niet opnemen in de AMBER-verdelingen aan derden.

Ik wil graag meer informatie over AMBER. Waar kan ik dit vinden?

Kijk eerst op de AMBER webpagina. Ook is er een goed algemeen overzicht van de Amber codes te vinden in D.A. Pearlman, D.A. Case, J.W. Caldwell, W.R. Ross, T.E. Cheatham, III, S. DeBolt, D. Ferguson, G. Seibel and P. Kollman. AMBER, is een computer programma om molelulaire toepassingen en vrije energie te berekenen en te ontedekken welke structuur en vrije energie er bestaat binnen de moleculen. Comp. Phys. Commun. 91, 1-41 (1995). Een overzicht van de krachtvelden van de Amper eiwitten, en hoe zij werden ontwikkeld kunt U vinden bij: J.W. Ponder and D.A. Case. Krachtvelden voor eiwit simulaties. Adv. Prot. Chem. 66, 27-85 (2003). Soortgelijke informatie voor nucleotide zuren is gegeven door T.E. Cheatham, III en M.A. Young. Moleculaire dynamische simulatie van nucleotide zuren: Successen, beperkingen en beloftes. Biopolymeren 56, 232-256 (2001).

Voor meer informatie, kijk aub op:

• FAH FAQ
• AMBER webpagina
• Folding Gemeenschappelijk Forum
• FAH WIKI: FAH Kernen

Laatst bijgewerkt op October 13, 2008, at 02:47 PM door Joost Stolk