Folding@home QMD FAQ

Inhoudsopgave

De Folding@home (FAH) ontwikkelaars (hoofdzakelijk Young Min Rhee)zijn bezig een nieuwe quantum moleculair dynamiek methode (QMD) te ontwikkelen voor Folding@home.

Opmerking: De voornaamste onderzoeker voor wat betreft de QMD werkunits is Young Min Rhee, die in 2006 gepromoveerd is. Dit type onderzoek is tijdelijk geblokkeerd. Momenteel zijn er geen QMD werkunits beschikbaar.

Als deelnemer aan Folding@home, is er iets wat ik moet doen?

Ja, wij staan alleen QMD werkunits toe op pc’s wanneer je “opted in” bent. QMD vraagt veel CPU en geheugen capaciteit en daarom wijzen we deze werkunits niet aan iedere CPU toe. Zie onderstaande details.

Hoe krijg ik QMD werkunits?

Er zijn 2 instellingen nodig voor QMD’s. Noodzakelijk is de “BigWU” flag (toestaan van grote werkunits) en de geavanceerde methode (-advmethods) flag. Deze moeten beide ingesteld staan.

Hoe kan ik voorkomen dat mijn computer QMD werkunits krijgt?

Wanneer je wilt voorkomen dat je QMD’s krijgt, denk eraan dat je niet de BigWU flag en de geavanceerde methode flag aan hebt. Wanneer je toch grote werkunits wilt, maar geen QMD’s, is het nodig dat de geavanceerde methode flag niet ingesteld is.

Kunt u een paar voorbeelden geven?

Jazeker, hier zijn enkele configuraties:

• 2 QMDs? Ja,draai beide cliënten met bigWU+adv
• 1 QMD + 1 grote WU? bigWU+adv and bigWU alleen (no adv)
• 2 big WUs (geen QMD)? beide cliënten met bigWU alleen (no adv)
• 1 QMD + 1 non big WU? bigWU+adv + normale FAH .

Wat maakt een QMD kern zo bijzonder?

Bij andere moleculair dynamische simulatie pakketten, zijn interacties tussen atomen weergegeven door een empirisch (op ervaring gegrond) potentiële energie (krachtveld benaderen), welke een analytische functie is van atomische coördinaten. In een QMD kern is geen krachtveld en de atomische interactie is berekend d.m.v. de kwantum chemische methode of door de Schrodinger vergelijking.

Welke programma wordt gebruikt voor een QMD kern?

Deze kern is gebaseerd op het CPMD program. Dit programma is speciaal voor de Folding@home supercomputer-cluster omgeving gemaakt

Waarom QMD incorporeren, wat is het grote voordeel?

Voor de wetenschappers die Folding@home gebruiken, zullen de resultaten interessant blijken . Bij voorzichtige behandeling, geeft quantum chemische berekening een zeer betrouwbaar potentieel energie oppervlak. Ook kan het op natuurlijke wijze multi-body interacties verenigen. In een krachtveld benadering worden deze interacties meestal verklaard d.m.v. het vermogen tot polariseren.

Als het zo betrouwbaar is, waarom dan niet meteen deze methode gebruiken?

Het grootste probleem van kwantum chemische methode is de afhankelijkheid van snelheid en geheugen. Nauwkeurige methodes hebben nu eenmaal meer tijd en geheugen nodig. Deze mogelijkheid van berekenen is pas sinds kort effectief gebleken.

Wanneer het langzaam is, krijgen de deelnemers dan minder punten?

Nee, de punten in de statistieken zijn gebaseerd op de CPU tijd, het is daarom niet nadelig.

Hoeveel geheugen is er voor nodig?

Er geldt een sterke moleculaire systeem afhankelijkheid, voor de meeste systemen meer dan 512 mb. We zijn van plan om systemen te simuleren waar meer dan 1 GB geheugen voor vereist is (misschien wel meer).

Hoe zit het met SIMD (SSE/SSE2/3D-Now) ondersteuning?

De QMD kern gebruikt alleen dubbele precisie. Daardoor is SSE2 noodzakelijk. Momenteel wordt SSE2 alleen op Intel CPU’s ondersteund.

Wordt AMD dan ook ondersteud?

Op dit moment gebruiken we Intel’s Fortran compiler en –“bibliotheken”. Deze software loopt bedoeld langzaam op AMD CPU’s (SSE2 wordt niet ondersteund). Terwijl er “hackers” zijn geweest rond dit punt, schenden dergelijke wijzigingen Intel’s EULA (gebruikers overeenkomst). Vanwege de software gebruiksrecht policy van FAH zijn we gebonden aan de door Intel opgelegde beperkingen.

Dat is niet eerlijk voor de AMD processors!

Ja, dat klopt inderdaad en het is niet eerlijk, AMD onderneemt actie hiertegen. We hopen dat er iets gaat veranderen, maar “onze handen zijn gebonden”. We kunnen deze werkunits aan AMD computers geven, maar dan zouden ze een veel slechter punten per dag (ppd) score krijgen (minder dan de helft van wat iemand op Intel hardware zou krijgen) en over het geheel genomen zou het dus niet goed presteren.

Hoe zit het met nieuwe processors zoals de PentiumM of de Pentium 4M?

Nieuwe CPU ID’s worden ondersteund wanneer ook de CPUID code is bijgewerkt in de v6 cliënt.

Waarom niet een compiler gebruiken die legaal SSE2 op Intel én AMD CPU’s ondersteunt?

De beste compiler nu (qua snelheid) voor een QMD is de Intel compiler (x2). De AMD compiler is best wel goed, maar heeft zijn beperkingen voor wat betreft de licenties van AMD chips; alhoewel deze niet zo snel en geoptimaliseerd is als de Intel compiler. We hebben tot dusver nog geen compiler gevonden die geen beperkingen had (die zowel op Intel én AMD kan draaien) en waarin snelheid is opgenomen voor Intel en AMD compilers.

Wordt de Mac Os X ook ondersteund?

We denken erover om OS X ondersteuning toe te gaan voegen. We hebben de compilator/bibliotheek ondersteuning tot nu toe nog niet efficiënt gevonden. Op dit moment is er voor ons niet veel meer te doen, dan te wachten op een nieuwe compiler en bibliotheek uitgaven om te kijken of dit zal verbeteren.

Hoe zit het met de huidige wetenschappelijke codes? Wat gebeurt daarmee?

Andere kernen blijven goed presteren voor de meeste berekeningen. Het is zo dat het systeem met een QMD kern heel anders wordt dan bij andere kernen voor (wat betreft de grootte).

Ik wil graag meer weten over CPMD. Waar kan ik dit vinden?

Bekijk ten eerste de CPMD webpagina. Ook wordt er een eerste algemene theorie beschreven in: R. Car en M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 55, 2471-2474 (1985).

Ga voor meer informatie naar:

• FAH FAQ
• CPMD webpagina.
• Gemeenschappelijk Folding Forum
• FAH WIKI: FAH CORES

Laatst bijgewerkt op October 15, 2008, at 02:10 AM door Marian Bouma