Folding@home's meest gestelde vragen (FAQ's)

Inhoudsopgave

Project details, algemeen overzicht

Wat is Folding@home? Wat is proteïne (eiwit) vouwing?

Folding@home is een gedistribueerd computer verwerkings project, dat simpelweg gestart is met het bestuderen van eiwitvouwing en het misvouwen hiervan. Eiwitten vouwing wordt uitgebreid uitgelegd op de wetenschappelijke achtergrond pagina.

Wat is "Distributed Computing"?

Het gedistribueerd verwerken met computers is een methode van verwerking van gegevens, waarbij gedeeltes van een programma, of verschillende porties data, gelijktijdig worden verwerkt door 2 of meer computers. Deze communiceren dan ook met elkaar via een netwerk of door middel van internet.

Wie "bezit" de resultaten en wat gaat er mee gebeuren?

Tegengesteld aan andere gedistribueerde verwerkings projecten, wordt Folding@home door een academisch instituut (in het bijzonder de Pande groep, van de Stanford Universiteit - Chemie Department), wat een non profit instituut is en zich met volle overgave wijd aan wetenschappelijk onderzoek en onderwijs. Wij zullen de data nooit verkopen of er op andere wijze geld aan verdienen.

Ook zullen wij de data beschikbaar stellen aan anderen om te gebruiken. In het bijzonder, komen de resultaten van Folding@home beschikbaar op verschillende niveaus. Meest belangrijk, analyses van de simulaties zullen worden ingediend bij de medisch wetenschappelijke tijdschriften en deze artikelen zullen hierna op de website geplaatst worden. Daaropvolgend, worden de ruwe uitkomsten beschikbaar gesteld aan iedereen, dus ook aan alle collega wetenschappers.

Hoe kan ik zien hoeveel andere mensen er aan FAH meewerken?

Hier ziet U het aantal deelnemers en de resultaten per systeem ook het totaal resultaat wordt weergegeven.

Wat is er tot nu toe gevouwen en hoeveel heb ik hier aan bijgedragen?

Wij houden op vele manieren statistieken bij, van deelnemers en voltooid werk op onze Statistiek pagina. U kunt uw Individuele statistieken Team statistieken, en totale Project overzicht bekijken. Kijkt u aub ook op de Resultaten en de Toekenningen.

Welke projecten zijn er tot nu toe al afgerond?

Het is ons gelukt om verschillende eiwitten in een tijdspanne van 5-10 microseconde tijd te vouwen met een experimentele goedkeuring van onze vouw experts (Kinetica). Dit is een fundamenteel voordeel tov ons vroegere werk. Wetenschappelijke verslagen die de resultaten gedetailleerd beschrijven kunnen op de Resultaten pagina bekeken worden. Wij verschuiven nu de aandacht naar andere belangrijke eiwitten in de structurele biologie. Biologische studies maar ook die eiwitten die betrokken zijn bij ziektes. Er zijn vele verslagen van onze verslagen gepubliceerd in gerenommeerde medische tijdschriften (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, enz) Momenteel, heeft het FAH project meer verslagen (papers) kunnen produceren dan alle vooraanstaande vergelijkbare projecten bij elkaar!

Waarom niet gewoon een supercomputer gebruiken?

Moderne supercomputers zijn essentiële clusters van honderden CPU's aan elkaar verbonden door snelle netwerk verbindingen. De snelheid van deze processors is vergelijkbaar aan (en vaak langzamer dan) die van de thuis PC's en laptops! Dus, als een algoritme(rekenmethode)als het onze geen snel netwerk nodig heeft, zal het net zo snel werken op een supercomputer-cluster van PC's, dan in vergelijking met een supercomputer. FAH zou op geen andere manier beter kunnen presteren, dan met uw hulp! Zelfs als wij exclusief toegang zouden krijgen tot: ALLE supercomputers ter wereld, dan hebben wij nog minder kracht, dan met het huidige Folding@home cluster, waar alle donoren aan bijdragen! Dit is NU al mogelijk doordat PC processors veel sneller zijn geworden, terwijl er nog honderden miljoenen PC's en Laptops vaak alleen maar aan staan en weinig of niets te doen hebben... Dit biedt enorm perspectief voor de toekomst van het project!

Kan ik Folding@home installeren op een PC die niet van mijzelf is?

Draai alleen Folding@home op computers die eigendom zijn of waar u permissie van de eigenaar heeft om onze software te "runnen". Als er ook maar enige twijfel is (bv u wilt FAH op uw werk installeren), dan stellen wij voor, dat u schriftelijke toestemming van uw baas vraagt. Uit de praktijk is gebleken dat dit waardevol is, mocht er later een meningsverschil ontstaan. Neemt u aub niet klakkeloos aan dat er wel toestemming zal zijn van de eigenaar. Elk ander gebruik van Folding@home is in strijd met onze: (EULA) Eind Gebruikers Licentie Overeenkomst en is dus zondermeer geen goed idee.

Wat gebeurt er als er sprake is van een (EULA) overtreding?

Wij zullen pogen de donor te contacteren als er sprake is van een EULA overtreding. Veel donors gebruiken hun email adres als donornaam en ook dit is een manier van achterhalen. Indien tracering moeilijk of onmogelijk is, zullen wij bij een overtreding zeer zware EULA overtreding, zowel de punten tot nul brengen en een blokkade op de donornaam zetten. Deze beslissing kan herzien worden, als er reden toe is en dus een misverstand blijkt te bestaan. Je kunt dan contact opnemen met een van de Pande groep leden of met de Forum Moderators op ons Gemeenschappelijke Forum.

Wat zijn de minimale benodigde systeem eisen om mee te kunnen doen?

Alle computers kunnen bijdragen aan FAH. Hoewel, als een computer te traag is (4 jaar of ouder), dan zal de computer niet in staat zijn de "deadline" van de betreffende werkunits te halen. Een Pentium 3, 450 MHz, of een nieuwere gelijksoortige computer (met SSE) is in staat een complete werkunit binnen de gestelde termijn af te ronden.

Waarom maken jullie de broncode niet bekend?

Het meeste van de belangrijkste gedeelten van FAH is publiekelijk beschikbaar. De Tinker en Gromacs broncodes kunnen worden gedownload en uitgevoerd. Dit in tegenstelling tot andere computer projecten binnen FAH, het voornaamste doel is niet functionaliteit, maar de wetenschappelijke integriteit, en het posten van deze broncodes zou mensen op het idee kunnen brengen hen te gebruiken om verkeerde resultaten te bewerkstelligen. Het zou een heel project kunnen beïnvloeden en een niet correct resultaat te zien geven. In ieder geval wijzen wij er graag op, dat een meerderheid van onze codes nu toch wel openbaar zijn. Wij hebben een Broncode FAQ met meer details ter beschikking.

Netwerk problemen

Mijn software werd gekoppeld aan IP adres 0.0.0.0. Wat is er aan de hand?

Af en toe komt het voor, dat er niet voldoende werk is voor een bepaald systeem of software cliënt. Wanneer dat het geval is, dan zullen wij geen dubbele werkzaamheden verzenden, dit is onnodig! We hebben liever wat cliënten die "op zoek" naar werk zijn, dan dat zij onnodig bezig gehouden worden. Zelfs als uw computer af en toe naar werk zoekt, waarderen we uw bijdragen ten zeerste. Mocht u dit vaker overkomen, zoekt u dan svp hulp op het Forum want dit is niet de normale gang van zake.

Mijn cliënt is constant gekoppeld aan IP adres 171.64.122.121. Waarom is dit?

Dit komt eigenlijk weinig voor, maar als het dan voorkomt, is dit een teken van een serieus probleem. Plaatst u dan een berichtje op het forum en een van de Pande groep Moderators zullen hier dan zo snel mogelijk "induiken" om een oplossing te vinden. Dit maakt deel uit van FAH's veiligheids voorzieningen om de servers goed draaiende te houden ook voor de communicatie met PC's die op dat moment wel kunnen presteren.

Ik kan de webpagina's niet bekijken die beginnen met http://folding.stanford.edu/Netherlands/Main , zoals bv de statistieken?

Als men te vaak toegang tot de statistieken vraagt (bv er wordt door u gebruik gemaakt van een "bot" ofwel een automatisch script), dan wordt dit gedetecteerd door onze webserver en treed er een blokkade op, om te voorkomen dat de server overbelast raakt. Als dit bij u vaker gebeurd is, neem dan via het forum contact op met een van de Pande Groep medewerkers of moderators, zij zullen u dan hierbij van dienst zijn.

Ik heb een modem, kan ik dan wel aan Folding@home meedoen?

Ja hoor. Het kan geconfigureerd worden om automatisch in te bellen of wachten tot u zelf verbinding wilt maken. Er kunnen misschien probleempjes optreden met modems en de schermspaarder versies van de cliënten. Als u hier last van heeft, kunt u beter de console versie van Folding@home gebruiken.

Ik "zit" achter een firewall. Is dat een probleem met FAH?

Nee, geen probleem. Configureert U aub de Firewall of de Proxy server in het configuratiescherm van de GUI(Grafische) cliënt zelf in de taakbalk. Door rechts klikken op het pictogram. Console cliënten kunnen geconfigureerd worden door de "flag" ,maak een snelkoppeling (vanuit de applicatie naam in de werkmap en open met R. muisknop eigenschappen/properties hierna: naam wijzigen ACHTER de bestaande naam eerst een SPATIE en dan -config toevoegen, kopieer deze snelkoppeling dan naar het bureaublad en gebruik dus alleen deze om het vouwen te starten.

Installatie problemen en foutmeldingen

Het Folding@home Windows installatie programma doet helemaal niets...

Als u een poging doet een grafische Windows cliënt te installeren of schermspaarder, en u ziet een scherm verschijnen wat aangeeft "Setup is starting..." , maar er gebeurt voor de rest niets (zelfs geen foutmelding), dan wordt dit waarschijnlijk veroorzaakt door de aanwezigheid van het "setup.exe" file in de directory waarin FAH is geïnstalleerd. Dit hoort niet in deze (werk)directory te staan, dus svp verplaatsen en nog beter compleet verwijderen. Onthoudt dat u meerdere tijdelijke directories kunt hebben afhankelijk van het aantal cliënten die er zijn geïnstalleerd. Indien dit verwijderd is zal FAH prima werken.

Folding@home ziet er vreemd uit in Windows of er zijn segmentatie fouten in Linux.

Folding@home heeft minimaal 64MB RAM geheugen nodig. Vreemde dingen kunnen er gebeuren in Windows als u een kleiner RAM geheugen heeft oa bij gebruik van de console cliënt en simpelweg segmentatie fouten bij het Linux besturingssysteem.

De schermspaarder is zwart en heeft witte stippen die in de rondte vliegen..

Wij denken dat we dit probleem nu opgelost hebben. Het lijkt erop veroorzaakt te worden door een monitor of videokaart (VGA) welke geen 8 bits kleuren ondersteund. Ook hebben we problemen gevonden bij oude grafische drivers. Mocht u dit probleem hebben verzeker uzelf er dan van, de meest recente drivers voor de videokaart te installeren en ook dat het OpenGL drivers zijn.

Ik krijg een foutmelding "Network Receive Timeout" bij de console versie in de file: scrlog.txt.

Indien je zoiets ziet als...

Deleting files IP = 171.64.122.81 Network Recv Timeout GetWork Failed

...dan geen zorgen. Uw computer heeft een probleempje met het contact maken met onze server, en wacht op een nieuwe poging. Soms hebben we een server probleem, daardoor krijgen donoren deze melding. Wacht even geduldig af en de verbinding zal weer tot stand komen. Indien het probleem zich langdurig blijft voordoen (een dag of langer) Doet u dan een herstart of herinstalleert u de cliënt. Voor de console versies is het belangrijk met CTRL+C af te sluiten ipv van de bekende X rechts boven aan uw scherm! Dit garandeert een soepele(dataveilige) afsluiting, waarna u opnieuw kunt opstarten en de werkunit geen onnodige schade oploopt!

OpenGL spellen werken niet of worden geminimaliseerd als FAH's grafische cliënt toegepast wordt.

Er is een bekende fout die op kan treden als er een andere toepassing (hoofdzakelijk spellen) wordt geopend welke ook OpenGL gebruikt. Dit is een niet aan FAH gerelateerd verhaal, maar meer te wijten aan OpenGL, welk systeem gebruikt wordt binnen de cliënt software, het staat zichzelf simpelweg niet toe om verschillende toepassingen tegelijkertijd te gebruiken. Om dit probleem te voorkomen de-installeer dan de FAH GUI (grafische) cliënt en installeert u de console cliënt. Met dank aan Spectre en Ellroy80 voor bovenstaande FAQ bijdrage.

Folding@home en Genome@home

Wat is het Genome@home project en wat heeft het te maken met het Folding@home project?

Genome@home was een ander vergelijkbaar project van de Pande Groep. Vanaf 15 April 2004, is dit project op een lager pitje komen te staan. U kunt er meer over lezen op de volgende link http://genomeathome.stanford.edu

Het doel van Genome@home is proteïne (eiwit) ontwerp en zijn toepassingen daarbij. Een van de centraal staande toepassingen is het samenstellen van een grote bibliotheek van ontwikkelde eiwit samenstellingen en vouw volgordes. Op een manier van "herontwerpen" of "omgekeerde ontwikkeling" van een bestaand Genome (vandaar de naam "Genome@home"). Een andere toepassing van het genoom project was te begrijpen waarom eiwitten zich vouwen en ook misvouwen en aggregaten vormen (samenklonteringen). Dit is de centrale vraag die Folding@home bezighoud in relatie tot de al eerder genoemde (eiwit misvouwende) ziektebeelden, zoals : Alzheimer, ALS, Kanker en gerelateerde ziektes, Parkinson en de Ziekte van Huntington

Wat doet de 'GAH' afdeling nu nog?

We hebben bepaalde werkunits ontwikkeld die niet leiden tot nieuw werk en geen tijdslimiet aan zich verbonden hebben. Deze zogenaamde "tijdloze" werkunits staan op een server en u kunt er zo een aanvragen, via de GAH selectie bij de configuratie van de cliënt. Deze werkunits (WU's) zijn het best geschikt voor wat langzamere computers of computers die geen constante toegang tot het internet hebben.

Het draaien van de FAH software in het algemeen

Ik ben net klaar met een WU (werkunit) en nu krijg ik er weer een voor hetzelfde eiwit, klopt dit wel?

Ja hoor alles is ok. Wij bestuderen de dynamiek van verschillende eiwitten, dus kunt u werkunits van hetzelfde eiwit meermalen ontvangen, zelfs met hetzelfde projectnummer. Elke WU geeft ons toegevoegde informatie over de dynamiek van dat betreffende eiwit, dus is het zeer belangrijk voor ons. Als we maar een werkunit deden per eiwit, zouden wij dus niet veel kunnen leren. Een projectnummer,een runnummer en een Generatienummer maakt elke WU uniek.

Werkt FAH ook op een duo processor of een Multi –processor PC of Laptop?

Ja , dit is mogelijk, door het gebruik van onze hoge prestatie cliënten de SMP cliënten (MPICH en Deino) samen met Linux-64, OSX/Intel, of Windows. Kijk op de cliënt Download pagina en de Hoge Prestaties FAQ.

Voor andere besturingssystemen, moeten meerdere processors elk een aparte console cliënt hebben zoals (toevoeging aan exe bestand) -local wat ook wel een “flag” wordt genoemd, indien gebruikt binnen Windows.

Maak eerst extra mappen aan voor elke processor en kopieer het installatie bestand naar deze nieuwe mappen. Installeer en configureer ze dan met de -config toevoeging "flag". Installeer elk bestand met naar keuze qua naam en teamnummer. Het is erg belangrijk dat je onder "advanced setting" verschillende machine ID's worden aangemaakt. ID (van 1 tot 8, tot zelf 16 bij v6 cliënten). De eerst geïnstalleerde krijgt automatisch nummer machine ID 1, dus additionele kopieën moeten opvolgende nummers worden gegeven, Elk van hen kan dan vanuit hun eigen werkmap gedraaid worden met gebruik van de -local toevoeging (flag) onder Windows. Wij adviseren om niet meer dan 1 cliënt te gebruiken per processor.

Is er iets bijzonders wat ik moet doen om FAH in een cluster te draaien?

De belangrijkste factor is ID (wat elke configuratie uniek maakt) goed in te stellen bij de eerste configuratie. Bij elke instelling, krijg u de vraag gesteld: YES/NO vul bij advanced options YES in. Hierna worden verschillende vragen gesteld waaronder Machine ID, geeft u daar een nummer op uniek en afhankelijk van het aantal installaties dat u reeds op uw computer heeft uitgevoerd. Dubbele ID's geven problemen!! De Windows versies(v3 en later) bewaren deze in het register en Linux doet dit (v3.11 and later) in een file genaamd: MachineDependent.dat.

Manieren om te voorkomen dat er met gelijke ID's gedraaid wordt

1. Als u elke cliënt onafhankelijk en in volgorde installeert, dan is het haast onmogelijk dat dubbele ID's een probleem vormen.
2. Bij gebruik van een recente Windows versie en u een computer met 1 processor heeft, moet dit probleemloos gaan.(voor DualCore of hoger, zie bovenstaand topic)

Voor een Linux cluster, overtuig uzelf ervan dat mocht u de direct kopiëren u niet de MachineDependent.dat file mee kopieert!. Het bestand zal op zijn huidige plek automatisch worden bijgewerkt en zal een nieuw ID krijgen.

Hoe voeg ik een "flag" toe zoals bv: -config aan een software instelling?

Hier wordt dit duidelijk uitgelegd.

Waarom moet ik mijn software up to date houden?

Wij zijn continu bezig de FAH-software verder te verbeteren en voegen nieuwe mogelijkheden toe. Nieuwe versies worden uitgebracht om de door u gemelde problemen op te lossen en om het project zo soepel mogelijk te laten verlopen.

Hoe komen de werkunits en de resultaten weer bij mij terug?

Uw computer zal de resultaten automatisch naar onze server zenden, elke keer als er een WU (werkunit) klaar is. Daarna wordt een nieuw exemplaar naar u gestuurd en gaat de computer automatisch verder.

Kan ik meer dan een werkunit tegelijk downloaden?

Het algoritme wat wij gebruiken, werkt het beste indien er maar een werkunit per cliënt wordt gedownload. Daarom is er ook geen optie ingebouwd om meerdere WU's per keer te downloaden. Als het systeem over meerdere processors beschikt, dan is het mogelijk om elke processor aan een andere werkunit te laten werken: kijk voor deze mogelijkheden: HIER. Probeer niet om dezelfde kopieën op verschillende machines te draaien die ook nog eens dezelfde mapnaam hebben binnen hetzelfde besturingssysteem. Iedere cliënt MOET in een andere mapnaam gebruikt worden.

Kan ik ook met een USB Memory-stick vouwen?

Ja dit is zeker mogelijk!

Installatie van de Folding@Home software op een USB Memory-stick:

Je memory-stick klaarmaken voor de installatie. Steek de USB-stick in je computer Ga via Deze Computer naar je memory-stick en maak hierop een map aan bijvoorbeeld "Folding@Home"

Download Memory-stickSoftware, 1e keuze op de pagina System-tray (grafische cliënt)

Installeer nu de software:

In het venster "User Information" vul je onder "Naam" je gebruikersnaam in bijvoorbeeld: STICKY (of uw eigen gebruikersnaam en eventueel het teamnummer )

Bij het volgende venster, "Choose Destination Directory" moet je op de Browse knop drukken. In het nieuwe venster kies je onderaan je memory-stick uit de lijst, nu kan je de reeds aangemaakte map "Folding@Home" selecteren.

Wanneer het adres van je USB-stick gevolgd wordt door de map Folding@home zoals hierboven is aangegeven, dan gaat de installatie wizard ervoor zorgen dat de software op de juiste plek geïnstalleerd zal worden. Ok klikken Volgende klikken De installatie verder voltooien Als alles goed verlopen is, dan heb je de Folding@Home software op je USB-stick geïnstalleerd en kan je overal waar er een computer ter beschikking is verder vouwen aan je werkunit.

Je moet altijd eerst het .exe bestand met de gekleurde eiwitten (in de map "Folding@Home" op de stick) aanklikken om op te kunnen starten!

Hoeveel vrije ruimte heb ik nodig op mijn USB stick?

Wanneer je een ruimte beschikbaar hebt van 10MB is dit voldoende voor deze Folding@Home cliënt + het reeds berekende werk.

Indien je niet zeker weet of er voldoende ruimte vrij is op je USB-stick kan je dit controleren door de volgende stappen te volgen. Ga naar Deze Computer, rechts klikken op het gewenste station (in dit geval dus je USB-stick. Onderaan in het station zie je "Eigenschappen" staan, daar moet 1x links op klikken. Nu krijg je een venster tevoorschijn waar je kan kijken of er genoeg ruimte is voor Folding@Home.

Met dank aan het Wetenschaps Forum en de Computer!Totaal Forum leden!

Hoe lang duurt het om een werkunit af te ronden en hoe bepaal je de grootte?

Dit varieert, natuurlijk, van de snelheid van de computer en grootte van het eiwit wat bestudeerd wordt. Afhankelijk van het eiwit en zijn eigenschappen welke bestudeerd worden, worden de groottes van de WU's bepaald. De Project Opsomming pagina geeft informatie over specifieke eiwitten, de grootte en de maximale deadline waarin deze verwerkt moet worden. Ook is hier te zien wat voor punten de betreffende werkunits geven.

Kan ik de grafische versie en 1 of meer console cliënt(en) tegelijkertijd draaien?

Ja dat kan, maar ALLEEN met een computer met meerdere processors, en geïnstalleerd in verschillende mappen. Let op kopieer NIET de inhoud van de ene naar de andere map. Hierdoor raken de cliënten in conflict!!

1. U krijgt geen punten voor het gedane werk
2. Het heeft geen nut voor de wetenschap.

In plaats hiervan, installeer de cliënt opnieuw in elke uniek genaamde map (eerst de bestaande bestanden verwijderen), Als U het programma al in de map had staan, zoek dan in elke map naar het client.cfg bestand en verwijder het. De volgende keer dat u de FAH cliënt start, zal er een nieuwe client.cfg bestand worden aangemaakt en een nieuwe ID wordt dan toegewezen door de project servers. De Windows GUI CPU cliënt, machine ID moet altijd op 1 staan, dus alle anderen worden dan opeenvolgend genummerd. U kunt dit ook handmatig doen bij het configureren.

Hoe weet ik zeker dat mijn resultaten zijn verzonden en dus ook goed aangekomen zijn?

Dit kunt u op de donor maar ook op de team statistiek pagina zien (na het verversen van FAH met de laatste gegevens), alsook in het FAHlog.txt of FAHlog2.txt of FAHlogprev.txt tekstbestand in uw werkmap bekijken.

Kan ik controleren hoeveel werk mijn PC al gedaan heeft?

Om te controleren of uw werk is aangekomen, kunt u op de Statistieken pagina kijken voor individuele bijdragen. Als uw computer data inlevert, dan ziet u daar uw gebruikersnaam en het aantal ingeleverde werkunits. Als uw naam er nog niet bij staat, en de schermspaarder versie of console versie draait verder goed, dan heeft de cliënt nog geen WU (werkunit) ingeleverd (dit kan enige dagen duren afhankelijk van de snelheid van de computer en hoe vaak deze aan staat) Ook kan het zijn, dat de lijst door Stanford nog niet ververst is. Controleer dit nogmaals op een later tijdstip en "hij" zou erbij moeten staan, zolang u zich uw eigen donornaam exact weet te herinneren.:)

Waarom heeft het veranderen van mijn "core-prioriteit" in Taakbeheer geen effect op de prestaties?

Omdat FAH altijd 100% van de niet in gebruik zijnde capaciteit gebruikt, heeft dit geen zin, uw eigen programma's en/of spellen gaan altijd voor. Het veranderen van de core prioriteit kan alleen maar uw systeem (voor eigen programma's) vertragen, maar levert absoluut GEEN winst op voor FAH.

Hoe verander ik handmatig de prioriteit van de betreffende Folding@home core?

Dat werk word al gedaan door FAHCore.exe, niet het cliënt proces, dus het veranderen van de prioriteit van de cliënt heeft geen invloed op de prestaties. De prioriteit voor de FAHCore staat standaard op "Idle" (maar ziet er qua % CPU gebruik in Taakbeheer normaal uit)

De cliënt is al ontworpen om alle vrije rekenkracht te benutten, dus het veranderen van de Windows prioriteit is onnodig. Als de FAH cliënt de "strijd" moet aangaan met een ander programma, dat ook op "Idle" geconfigureerd is, bv een Virusscanner, dan is er de cliënt optie om op "Low" snelheid te draaien. Voer de console versie dan uit met de -config toevoeging (flag) om deze instelling te wijzigen.

Kan ik Folding@home draaien terwijl SETI@home ook bezig is?

Ja, SETI@home en andere soortgelijke toepassingen kunnen naast FAH gedraaid worden. Vooropgesteld dat u genoeg systeemgeheugen hiervoor heeft, RAM dus. Sommige programma's, inclusief SETI@home gebruiken een hogere prioriteit dan Folding@home, wat ten gevolge heeft dat FAH hierdoor minder kan presteren als het tegelijkertijd draait. Als U bemerkt dat de FAH cliënt "niet opschiet" kunt u dit fixen door de FAH cliënt een beetje meer prioriteit te geven in de optie van de GUI cliënt (Rechtsonder in de taakbalk) of door de console cliënt met de optie (flag) -config in te stellen.

Opmerking: FAH werkunits zijn tijdsafhankelijk, terwijl werkunits van andere projecten dit niet hebben. Daarom bevelen wij u sterk aan om de FAH cliënt een hogere prioriteit toe te kennen of ons een processor ter beschikking te stellen, terwijl andere projecten uw overige "krachten" kunnen benutten.

Zijn er tijdslimieten aan de duur van verwerking van een werkunit(WU)?

Ja. Werkunits zijn opeenvolgend qua structuur. Als een werkunit die bewerkt is wordt teruggestuurd, wordt er aan de hand van die resultaten, weer een nieuwe aangemaakt. Dit proces herhaald zich vele malen binnen elk werkproject.(groep van werk units). Een generatie van het eerste deel van de project WU's moet voltooid zijn om de de 2de generatie te kunnen aanmaken en daarna weer beschikbaar te kunnen stellen.

Om deze generaties vloeiend voort te stuwen, hebben wij een geldigheidsduur moeten instellen voor het geval dat een werkunit niet op tijd terug komt (zoek geraakt, verwijderd of door een andere reden te lang weg blijft). Deze onafgemaakte WU's "verlopen dan" en worden opnieuw toegewezen aan andere donoren/computers. U krijgt natuurlijk wel de punten van de, daarvoor binnen de tijd ingeleverde, WU's. Terwijl de WU's die na de gewenste deadline ingeleverd worden, wetenschappelijk niet zo interessant meer zijn omdat deze werkunit alweer aan een andere deelnemer werd toegekend. Zelfs als u uiteindelijk de werkunit kunt inleveren, heeft de andere deelnemer uw werk gedupliceerd om er zeker van te zijn dan de wetenschap door kan gaan. Het zou niet fair zijn om deze deelnemer niet te belonen voor het gedane werk.

In ieder geval, het volle aantal punten wordt gegeven t/m de definitieve einddatum. Als de deadline is overschreden, zal de cliënt automatisch het werk negeren en beginnen een nieuw werk te gaan downloaden. Als u moeite heeft met het afkrijgen van WU's binnen de gestelde tijd, is het aanbevolen om FAH meer uren per dag te laten werken of de cliënt op een snellere computer te gaan installeren.

Laten we het nu eens over grotere en langere Wu's hebben, hiervoor passen wij de looptijd aan voor zover noodzakelijk. Deadlines variëren in de orde van grootte van een paar dagen tot aan een paar weken, afhankelijk van het soort WU. Om een WU bewust in te leveren vlak voor de genoemde deadline, is liefst niet de bedoeling. Het is het meest zinvol voor het project om werkunits zo snel als maar enigszins mogelijk is, in te leveren. Hoe deze "deadlines" (tijdslimieten) bepaald worden word bij de andere onderwerpen hieronder uitgelegd.

Kan ik de Linux versie ook via FreeBSD draaien?

Ja, Doe aub het volgende:

Install emulators/Linux_base from FreeBSD CD.

Edit /compat/Linux/etc/yp.conf and put the correct server in there.

Download the Linux folding console (FAHxConsole, where x is the version number) and cd to the directory.

% brandelf -t Linux FAHxConsole

As of Version 3.24, all you have to do from here is specify the "-freeBSD" flag when you run the client,

% ./FAHxConsole -freeBSD and it will automatically brand the scientific cores it downloads. For clients prior 3.24, the -freeBSD flag is not supported and you have to do the following:

after starting the client, wait till it downloads the core than kill the fold job.

% brandelf -t Linux FahCore_65.exe

% ./FAHxConsole

en je bent er klaar voor! (Dank aan "Gotti" voor de suggestie).

Linux met OpenBSD kan dat ook ?

Het werkt bijna zo gemakkelijk als FreeBSD (bekijk de FAQ bijdrage hierboven). Volg onderstaande stappen:

1. Install /usr/ports/emulators/redhat/base from ports on 3.4 or later. If you're on an earlier version, or just prefer packages, install redhat_base-8.0p2. 2. Set up a script that redirects the brandelf call to elf2olf, so that core binaries can be marked properly. This script can be downloaded from http://www.schnarff.com/brandelf, or simply set up on your own:

1. !/bin/sh

elf2olf -v -o linux $3

In either case, make sure the brandelf script is executable and in the path of the user running FAH. 3. Make sure to use the Linux Console version B, as version A will coredump. 4. When running the client, use the -freeBSD switch, so that it will automatically mark core binaries properly.

Met dank aan Alex Kirk voor de OpenBSD info.

Wat is simulatie instabiliteit?

Het simuleren van moleculaire beweging vereist behoorlijk wat computertijd. Elke "run" van een WU bevat een aantal tijdstippen (elke behoorlijk klein). Bij elke tijd stap, wordt de positie van de verschillende atomen berekend en geüpdate, gebaseerd op een aantal factoren. Soms is het zo dat, de simulatie een in een situatie komt die niet gewenst is, (met andere woorden de atomen zijn te dicht op elkaar gekomen, "bonds" zijn in een onmogelijke hoek gekomen etc.). Op zulke momenten, zal the core er mee stoppen en de informatie zal worden verzonden naar de server. Als uw computer stabiel is, dan heeft u in ieder geval niets fout gedaan. Op onstabiele computers, is het mogelijk dat uw systeem de fout veroorzaakt heeft dit komt vaker voor dan een fout in de werkunit. Hierdoor kan een WU opnieuw worden toegekend ter dubbele controle, als hij dan weer incompleet terug komt, gaan wij op onderzoek uit! In elk project houden wij er rekening mee dat een klein percentage fouten bevat en doen er alles aan om dit te kunnen voorkomen.

Wat gebeurt er als ik mijn PC afsluit, slaat de cliënt het werk dan automatisch op?

Op gezette tijdstippen, schrijven de cores werk naar uw harde schijf om het gedane werk op te slaan, Met bv de Tinker core, gebeurt dit aan bij elk einde van een frame. Bij de Gromacs core, zijn deze controlepunten willekeurig en dus niet gebonden aan bepaalde percentages of momenten in het gedane werk. Oorspronkelijk was dit ingesteld op elke % van het gedane werk en vervolgens na elke 15 minuten van gedaan werk.(zoals 100 frames in Tinker) en dan een getimed controlepunt, ofwel opslagpunt na elke 15 minuten, waardoor er nooit meer dan 15 minuten werk bij vroegtijdig afsluiten verloren kan gaan.

Eiwitten worden complexer naarmate het project vordert en hebben dan ook een langere bewerkingstijd nodig. Het is beter om meer werkframes in een WU te hebben om niet teveel werk te hoeven verliezen als er (onverwacht)opnieuw opgestart moet worden. Er zijn nu werkunits van 400 of meer frames (gedeeltes van een WU) in plaats van de vroegere 100 frames. Dit staat geheel los van de computer die het zal gaan berekenen. Een snelle machine kan een frame in een paar minuten afwerken, terwijl een langzamere er misschien wel uren mee bezig kan zijn. Het werd moeilijk om beiden tevreden te stellen.

Vanaf de 4.x versie van de cliënt, kan je deze controle punten laten afwijken (3-30 minuten) ten opzichte van de standaard ingestelde 15 minuten. Dit is mogelijk tijdens het installeerproces van de cliënt.

Met dan aan Bruce Borden voor deze FAQ bijdrage.

Statistieken, teams en gebruikers namen

Hoe kan ik mijn gebruikers naam wijzigen?

De simpelste manier om uw gebruikersnaam te wijzigen is om naar het configuratiescherm te gaan van de cliënt. (klik met de rechter muisknop op het gekleurde eiwit in de system tray,rechts onderin uw scherm). U kunt uw naam en eventueel teamnummer daar altijd wijzigen. Werkunits die reeds gevouwen zijn blijven echter onder uw oude naam geregistreerd.

Hoe kan ik mij bij een team aansluiten?

Om een team te starten, vul aub dit formulier in. Om bij een bestaand team aan te sluiten, vul het teamnummer in bij het configuratie scherm (bij grafische cliënten) of doe dit al bij de eerste installatie (voor tekst console versies).

Ik heb meerdere computers achter een firewall, kunnen zij allen dan dezelfde gebruikersnaam hebben?

Ja, dit is geen enkel probleem.

Zijn er ook leestekens die ik in een gebruikersnaam moet vermijden?

Ja. Wij bevelen ten sterkste aan om het bij letters, cijfers en underscores (_) te houden. Momenteel reserveren we de tekens: # ^ ~ |. # voor firewall differentiatie (zie bovenstaande). Bewaard worden ^ | and ~ voor andere problemen die we mogelijkerwijze nog tegen gaan komen. Gebruik ook geen spaties of @ (apestaartjes) tekens maar liever "_" . De gebruikersnamen zijn hoofdletter gevoelig, dus "Dave" and "dave" and "dAVE" zijn allen verschillende gebruikersnamen.

Hoe bepalen jullie het aantal punten dat een werkunit waard is?

Voordat elke nieuw project met bijbehorende WU's beschikbaar komt, testen we deze uit op een 2.8GHz Pentium 4 machine met SSE2 disabled (meer specifiek, zoal gerapporteerd door /proc/cpuinfo op linux: vendor_id : GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB). Deze PC draait onder Linux, dus alle WUs 'worden "gebenchmarked" met de Linuxclient.

We zetten deze resultaten om met de volgende formule:

Punten= 110 X (het aantal dagen,of delen hiervan)(dag(en) Waar dagen per werkunit staat voor de tijd die ervoor nodig is , om met uw systeem, de WU te verwerken. Deze berekening werd gekozen om de Gromacs te waarderen ten opzichte van het vorige toekenningssysteem. De conclusie was ook dat de "Tinker" Wu's nu meer punten kregen dan bij het oude systeem(voor April 2004).

Wees u ervan bewust dat het concept van een referentie-machine betekend dat sommige WU's zullen variëren ten opzichte van de snelheid van uw eigen systeem. Zelfs binnen Pentiums 4 systemen, zijn er behoorlijke verschillen in ontwerp door de jaren heen. Ook WU's per project kunnen verschillen geven ook in puntental ter waardering.

Ons doel is continuïteit te geven binnen de gegeven bovenstaande definitie van onze berekeningsmethode. Maar, ondanks de verschillen tussen computers en de uitgegeven WU's zullen er altijd enige verschillen blijven bestaan om weer te geven wat uw machine presteert. Kijk ook eens op Punten FAQ

Hoe worden deadlines (maximale verwerkingstijd) bepaald voor werkunits (WU's)?

Elke WU is gebenchmarked(getest) op een goede 2.8 GHZ Pentium 4 machine met SSE2 uitgeschakeld. Voor de meeste WU's (hoewel er uitzonderingen op de regel mogelijk zijn, deze zijn beschreven in het volgende hoofdstuk), passen we deze formule toe:

timeout = 20 * (dagen per WU) + 2 deadline = max(30* (dagen per WU) + 2,10)

Waar dagen per WU het aantal dagen weergeeft die onze Benchmark machine nodig had deze WU te "draaien". De "+2" dagen is ingecalculeerd voor snelle werkunits en ruimte te geven voor serverdowntime of verbindings problemen.

Als 30*daysPerWU minder is dan 10 dagen, dan stellen we de deadline op 10 dagen, als een minimum tijd voor alle projecten. De timeout is de tijd waarin de werkunit opnieuw beschikbaar gesteld wordt aan een andere donor. Indien de deadline wordt overschreden komt de betreffende werkunit opnieuw in de aanbieding voor een andere donor. (U krijgt dan helaas geen punten meer..)

Sporadisch zijn deadlines korter of langer ingesteld dan via de bovengenoemde formule aangeven wordt. De reden voor deze deadlines is hoe sneller de WU's terug zijn, des te sneller we resultaten kunnen gaan gebruiken. De uitgifte server, neemt de snelheid van uw computer mee ter overweging welke WU's u te geven, langzamere computers krijgen dus voor hen geschiktere werkunits.

Op welke manier kom ik aan een kopie van alle huidige statistieken?

Voel u vrij om deze hier te downloaden http://fah-web.stanford.edu/daily_user_summary.txt or http://fah-web.stanford.edu/daily_team_summary.txt Deze bestanden worden om de 6 uur bijgewerkt. Gebruik u aub geen script op onze cgi pagina's. Zulke acties zullen resulteren in een permanente ban van u en uw IP nummer.

Diverse vragen

Wat laten de beelden van de eiwitten nu eigenlijk precies zien?

Wij gebruiken verschillende methodes om de eiwitten te laten zien,zoals geheel-atoom , "stok", en Richardson tekenfilm animaties. De keuren worden gebruikt om specifieke delen aan te geven(maar dit hangt af van welk atoom, atoom types, of structurele eigenschappen, afhankelijk van de context). Om hier meer over te weten te komen, Wikipedia heeft hier enkele goede artikelen over:

• http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structure (Engels)
• http://nl.wikipedia.org/wiki/Alfa-helix (Nederlands)
• http://en.wikipedia.org/wiki/Beta_sheet (Engels)

Wat is de betekenis van het door jullie gebruikte logo?

Ons logo is een abstracte voorstelling van ons doel: te komen vanuit de gecodeerde genoomstructuur volgorde van eiwit tot de eiwit structuur zelf. De dubbele helix aan de linkerzijde van het logo "omarmt" het genoom (DNA is een dubbele Helix molecuul) en de pijlen aan de rechterkant symboliseren de eiwitstructuur (beta sheet structuur, wordt vaak getekend als linten met pijlen).

Hebben jullie "webknoppen" die ik mag gebruiken voor links naar jullie site?

Ja natuurlijk mag dat, graag zelfs! Wat dacht u bijvoorbeeld van deze twee?

Hoeveel stroom/geld kost het mij om 24/7 FAH op mijn computer te draaien?

Ruwweg, gebruikt een processor ongeveer net zoveel watts als een lamp. Een gemiddelde lamp. Hier is een rapport over computer stroom management van Lawrence Berkeley government labs, en er zijn andere referenties op het web te vinden. Alhoewel de voedingen op de meeste computers niet meer dan 400 watt kunnen leveren is het gemiddelde gebruik veel lager. Gemiddeld gebruikt een Pentium-type computer ongeveer 100 watt (als de monitor uit staat). Dus het verschil tussen het uitstaan van de computer en het laten draaen van FAH is ongeveer 24x100 = 2.4 kWh. Tegen een prijs van Euro 0,0927 (Okt 2008 Nuon)per kWh, bedraagt dan 0,22 eurocent per dag. Normaal gesproken gebruiken verlichting, koelkast, wasmachines etc veel meer ten opzichte van computers. Dus de beste manier om te bezuinigen zou zijn, zoveel mogelijk op het "lichtverbruik" letten en de computermonitor zo vaak als mogelijk uitschakelen, want deze gebruikt meer stroom dan de computer zelf! Dus de beste manier om te besparen , zowel op geld als energie zou zijn: overtollige verlichting uitzetten, computer monitors uit (indien mogelijk), die meer stroom gebruiken als uw computer zelf, maar ook de CV “een tandje” lager zetten!

Zijn er ook veiligheidsrisico's?

We hebben erg hard gewerkt om de hoogst haalbare veiligheid te behalen, met behulp van de modernste hedendaagse computer technologieën. Onze software wordt alleen geupload en gedownload via onze eigen dataserver van Stanford. Ook is het zo dat wij ALLEEN met de FAH bestanden op uw computer werken (wij lezen niet,schrijven of verzenden geen enkel ander bestand van uw systeem. Dit hoeven wij niet te doen voor het project en zou de privacy politiek van Folding@home en uw rechten schenden). De kernen van de software zijn digitaal beveiligd (zie onderstaande), zodat u verzekerd bent, dat u altijd de enige echte krijgt en niets anders.

Hoe is dit mogelijk? Wij nemen uitgebreide maatregelen om alle data te controleren die uw computer binnenkomt, en de resultaten die u naar ons terugstuurt worden door 2048 bit digitale handtekening beveiligd. Als de handtekening niet "matched" (van de input maar ook van de output)zal de cliëntsoftware de data vernietigen en opnieuw het download proces opstarten. Dit geeft de zekerheid, gebruik makend van de beste beveiligings software heden ten dage (digitale handtekeningen en PKI in versie 3.0), dat wij de strengst mogelijke beveiliging aanhouden. Tot slot, de cliënt/schermspaarder zijn alleen beschikbaar ter download via deze website (of in enkele gevallen via onze commerciële partners zoals Sony, NVIDIA, en ATI, dus kunnen wij de integriteit van de software garanderen. Wij ondersteunen geen software van Folding@home die ergens anders vandaan wordt verkregen en verbieden anderen de software te distribueren.

Waarom geen IRIX, Solaris, OS-2, AMIGA, Macintosh OS9 of andere versies?

We zijn overstroomd met verzoeken voor andere besturingssystemen. Vanwege te weinig mankracht en geld, moeten we ons helaas beperken tot diegene die we nu hebben. Wij proberen om systemen die erg populair lijken te gaan worden op te nemen en waarvoor we ook voldoende ondersteuning kunnen bieden. Bijvoorbeeld BSD voor Linux (zie bovenstaande).

Wat gaan jullie nog toevoegen aan latere versies van de cliënt software?

Een goede plek om op de hoogte te blijven van nieuwe en bèta versies enz. is, Vijay's blog, bijvoorbeeld op de Project Nieuws pagina, en het Folding Ondersteuning Forum.

Schermspaarder (Windows: versie 4 en eerder; OSX: alle versies)

Zal ik de grafische- of de console cliëntversie gaan draaien?

De grafische (GUI) cliënt laat dezelfde info zien als de schermspaarder client, maar binnen het toepassing (application) scherm. Hiervoor dient U de GUI cliënt te kiezen bij de download pagina) Dit is de eerste keuze mogelijkheid.

U zou deze keuze kunnen maken als je:

    * graag wilt dat Folding@home vaak meegedraaid wordt
    * geen schermspaarder wilt.
    * graag af en toe wat "Aktie beelden" wilt (laten) zien.

Je kunt de "screensaver only versie" draaien als je:

    * Folding@home niet constant wilt laten draaien of alleen als je zelf 
      de computer niet gebruikt. 

Draai de console (alleen tekst) cliënt als je de toegang tot meer expertise vergende instellingen prefereert, een meer basis interface, of run de cliënt als een service.

Als je er niet zeker bent, dan probeer je ze toch allemaal!

Wat laat de Grafische Cliënt nu eigenlijk precies zien?

Onze grafische cliënt laat actuele processen zien die zich in uw werkunit afspelen tijdens het vouwen. De molecuul tekening is de simulatie -vouwing die op dat moment, op uw computer, plaatsvindt. We "showen" het eiwit in verschillende visualisaties, stijlen en draaihoeken om een betere indruk te krijgen hoe het eiwit vouwt. Het feit dat het beeld af en toe stilstaat heeft niets met de biologische betekenis te maken, het is alleen een niet CPU (processorkracht) vergende manier om het eiwit visueel duidelijker te maken.

Er zijn momenteel 2 visualisatie modes: Ruimte-vullend en bal en stok. In bal en stok modus, laat elke bolletje een atoom zien, en de stokken staan voor de verbindingen tussen de atomen. In het ruimte-vullend model, staat elk gevuld bolletje voor de elektronen die rondom elk atoom aanwezig zijn. In beide modellen zijn carbon atomen getekend in donker grijs, waterstof atomen in licht grijs (alhoewel sommige waterstof atomen niet worden weergegeven), zuurstof atomen worden rood afgebeeld, stikstof atomen zijn in blauw getekend en zwavel atomen in geel.

De taartpunten (links onder) laten zien hoe de werkunit vordert en hoe het werkframe vordert, waar op dat moment aan gewerkt wordt. De tijd die aangegeven wordt waarin de werkunit klaar is kan pas berekend worden als er minimaal 6 frames compleet gevouwen zijn ! De genoemde datum van verwerking, gaat uit van een machine, die constant door vouwt.

Mijn monitor is ingesteld om na een tijdje uit te schakelen

Kan ik nog steeds de schermspaarder gebruiken? Stroom besparende mogelijkheden , welke de monitor uitschakelen na een vooraf ingestelde tijd, zullen de FAH schermspaarder cliëntversie niet beïnvloeden. Zolang de computer aan staat kan het beeldscherm dus ook uitgeschakeld worden en spaart dit stroom.

Gebruikt de schermspaarder veel processor kracht?

De schermspaarder is ontworpen zodat hij heel weinig van uw CPU (processor) vraagt. Zelfs zonder enige OpenGL hardware aanwezig in uw systeem, gebruikt deze schermspaarder maar ongeveer 5% of the CPU kracht voor de grafische weergave. Indien u OpenGL ondersteuning op uw videokaart heeft wordt dit zelfs 0%. Sinds de ruimtevullende ("orb") tekenmanier van de atomen gezien kan worden bij het tekenproces, lijkt het er voor u misschien op dat dit erg veel processortijd gebruikt, maar die vertraging is ingesteld door een ingebouwde tijdsklok en vindt dus niet plaats omdat dit zoveel kracht vergt.

Kan extra 3D hardware de schermspaarder versie versnellen?

3D acceleratie kaarten maken een klein verschil voor complexe eiwitten. Hoewel, de acceleratie niet bijdraagt in het verwerken van de proteïnen, helpt hij de grafische kaart waardoor uw CPU(processor) ontlast en deze dan meer rekencapaciteit krijgt cq dus sneller kan vouwen.

Hoe schakel ik de schermspaarder uit?

De schermspaarder is zo ontwikkelt, dat hij uitschakelt door 1 muisklik of het indrukken van een toets. Hij zal NIET uitgaan door een muisbeweging. Dit om te voorkomen dat FAH per abuis wordt afgesloten, omdat het altijd weer even duurt voordat hij weer is opgestart.

Voor meer info, kijkt u aub hieronder:

• FAH FAQ Index
• Folding Gemeenschappelijk Forum
• Pande Groep op YouTube

Laatste Update op October 13, 2008, at 03:01 PM door Hans van der Leer