Principais Perguntas frequentes (FAQ) sobre o Folding@home

Conteúdos

Detalhes do projecto, algumas noções

O que é o Folding@home? O que é o enrolamento de proteínas?

Folding@home é um projecto de computação distribuída que, simplificando, estuda o enrolamento, enrolamento incorrecto de proteínas. O enrolamento de proteínas é explicado com mais detalhe na secção ciência.

O que é a Computação Distribuída?

A computação distribuída é um método de processamento em que diferentes partes de um programa ou de diferentes porções de dados, são processados por dois ou mais computadores em comunicação entre eles por rede ou através da Internet.

Quem é dono dos resultados? O que lhes acontece?

Ao contrário de outros projectos de computação distribuída, o Folding@home é dirigido por uma instituição académica (especificamente, o Pande Group do departamento de química da Universidade de Stanford), que é uma organização sem fins lucrativos dedicada à pesquisa científica e à educação. Não iremos vender os dados ou fazer dinheiro com eles.

Iremos ainda cada vez mais divulgar os dados para outros usarem. Em particular, os resultados do Folding@home vão ser disponibilizados a vários níveis. Mais importante, as analises das simulações irão ser enviadas para revistas cientificas para publicação e esses artigos irão posteriormente ser publicados no site. Depois da publicação, os dados brutos estarão disponíveis para todos, incluindo outros investigadores, aqui neste site.

Como posso ver quantas outras pessoas estão a participar?

Nós temos vários tipos de estatísticas de utilizadores e trabalho concluído na secção Estatísticas. Pode ver as suas estatísticas individuais, da sua equipa e uma estatística geral. Veja também as secções Resultados e Prémios.

Porque não divulgam o código fonte?

A maior parte das partes do FAH são publicas, como é o caso o código fonte da Tinker e Gromacs. Ao contrário de muitos projectos, a maior preocupação não é a funcionalidade mas a integridade do projecto e divulgar o código fonte, de certa forma, permitira que as pessoas pudessem reverter o processo e forjar resultados que tornariam todo o projecto inútil. Contudo, frisamos que uma vasta maioria de código é já open source. Temos um FAQ sobre Open Source com mais detalhes.

O que completou o projecto até agora?

Tem-nos sido possível enrolar várias proteínas no intervalo de 5-10 micro-segundos com validação experimental. Isto é fundamental acerca de trabalho prévio. Jornais científicos com os nossos resultados podem ser encontrados na secção Resultados. Estamos agora a encaminhar-nos para outras proteínas importantes e usadas no estudo de enrolamento de biologia estrutural, assim como proteínas relacionadas com doenças. Há muitos artigos em jornais de topo (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, etc) com resultados do FAH. Actualmente, o FAH já publicou mais resultados do que todos os outros grandes projectos de computação distribuída juntos!

Porque não usar apenas um super-computador?

Os super-computadores modernos são essencialmente clusters de centenas de processadores conectados por redes rápidas. A velocidade desses processadores é comparável (ou menor por vezes) às encontradas nos computadores pessoais (PCs). Assim, se um algoritmo (como o nosso) não necessita de velocidade de rede, ira executar tão rápido num super-cluster como num super-computador. No entanto, a nossa aplicação não necessita das centenas de processadores existentes nos super-computadores actuais, mas de centenas de milhares de processadores. Logo, os cálculos executados pelo Folding@home não seriam possíveis por outros meios! Mesmo que nos dessem acesso exclusivo a todos os super-computadores do mundo, ainda teríamos menos ciclos de computação do que os efectuados com o cluster Folding@home. Isto é possível visto que os processadores presentes em PCs actuais são muito rápidos e existem centenas de milhares de PC em ‘espera’ pelo Mundo!

Posso usar o Folding@home numa máquina que não me pertence?

Por favor corra o cliente do Folding@home apenas em máquinas que possua/tenha ou que o administrador/dono lhe dê permissão para correr o nosso software. Qualquer outro uso do cliente Folding@home viola as nossas licença de utilização.

Quais são os requisitos mínimos?

Todos os computadores podem contribuir para o Folding@home. Contudo, se o computador for lento (exemplo: computadores com 3 ou 4 anos ou mais) pode não ser rápido o suficiente para acabar a Unidade de trabalho a tempo.

Problemas de rede/configuração da rede

O meu cliente foi assignado ao endereço IP 0.0.0.0. Existe algum problema?

De tempos a tempos, podemos não ter nenhum trabalho necessário para determinada plataforma. Quando isto acontece não iremos fornecer trabalho em duplicado que não e realmente necessário. Preferimos desta forma ter clientes em espera do que ficarem ocupados com trabalhos/funções que não é necessário completar. Apesar do seu computador poder ocasionalmente ficar algum tempo em espera, nós valorizamos o seu donativo. Se verificar que a situação persiste por um período bastante longo, verifique ou peça ajuda junto do fórum porque isso não é muito normal.

Tenho um modem; posso usar o Folding@home?

Sim. Ele pode ser configurado para fazer marcação automática ao ligar, ou aguardar até ter conexão. Pode haver alguns problemas entre alguns modems e a versão do protector de ecrã (screensaver). Se verificares algum problema ou incompatibilidade use a versão da consola do Folding@home.

Estou por detrás de uma Firewall. Posso usar o Folding@Home?

Sim. Por favor verifica as configurações da firewall ou servidor Proxy no painel de configuração. Podes chegar ao painel de configuração carregando com o botão direito no modo de visualização gráfica ou clicando no ícone que se encontra na barra de tarefas.

Erros

O programa de instalação do Folding@home não faz nada.

Se está a tentar instalar o cliente gráfico do Windows ou Screensaver (Protecção de ecrã), e vê “Setup is starting...” a aparecer numa janela pop-up, mas não acontece mais nada (nem sequer uma mensagem de erro), o problema deve-se provavelmente ao facto de estar presente mais de um ficheiro com o nome setup.exe na pasta onde está o ficheiro de instalação do cliente. Lembre-se que pode ter vários directórios temp, dependendo do sistema operativo. Altere o nome, mova, ou remova os ficheiros setup.exe a mais e o problema deve resolver-se.

O Folding@home parece estranho (Windows) ou tem segfaults (Linux).

Folding@home necessita no mínimo de 64MB de memória RAM. Algumas coisas estranhas podem ocorrer no Windows quando executa o cliente com menos memória, ou segfaults se estiver a em Linux.

O meu protector de ecrã/screen saver parece-se com um ecrã preto com pontos a voar.

Pensamos que conseguimos diagnosticar este problema. Parece que é causado por um monitor ou placa gráfica que não suporte 8bits de cor. Adicionalmente, encontrámos alguns problemas com drivers gráficas mais antigas. Se estiver a ter algum problema, por favor certifique-se que tem os drivers (controladores) mais recentes para a placa gráfica e drivers para OpenGL.

Tenho um erro do tipo "Network Recv Timeout" na consola (ou em scrlog.txt).

Se aparece algo como…

Deleting files IP = 171.64.122.81 Network Recv Timeout GetWork Failed

…então não se preocupe. Significa que o programa está com problemas a conectar ao servidor, e está a tentar ligar-se novamente. Temos alguns problemas com servidores ocasionalmente, e os utilizadores podem ter o mesmo problema. Se o problema persistir por mais de um dia, experimente reiniciar o programa, ou mesmo reinstala-lo. Para a versão de consola basta premir CTRL + C para sair, e recomeçar de novo. (Nota: esta função foi recentemente adicionada, e pode não resultar na versão que tem/possui, e pode ter que a desligar recorrendo ao gestor de processos, ou por kill).

Jogos em OpenGL não funcionam ou são minimizados quando estou a correr o cliente gráfico do Folding@home.

Este é um problema/anomalia que pode ocorrer quando se executa o cliente gráfico do FAH e outro programa que utiliza o OpenGL, na sua maioria são jogos. Esta anomalia/problema não está relacionada directamente com o cliente gráfico do FAH, mas sim, com o OpenGL que é utilizado no cliente gráfico do FAH, que não permite ser instanciado em mais do que uma aplicação ao mesmo tempo. Para resolver este problema pode remover a versão gráfica do FAH e utilizar apenas a versão da consola. Obrigado ao [Spectre] e ellroy80 por contribuírem para esta entrada na FAQ.

Folding@home e Genome@home

O que é o Genome@home e como se relaciona com o Folding@home?

Genome@home foi outro projecto de computação distribuída do Pande Group lab. Em 15 de Abril de 2004 o projecto foi concluído, pode encontrar mais detalhes em http://genomeathome.stanford.edu.

O objectivo do Genome@home é o design/desenho das proteínas e as suas aplicações. Uma das principais aplicações para a utilização do nosso estudo de design/desenho de proteínas é a criação de grandes bibliotecas referentes a sequências de proteínas, de certo modo “re-desenhar” ou fazer “reverse-engeneering” um Genoma existente (dai o nome Genome@home).

Outra aplicação para o desenho/design das proteínas é a compreensão do porquê das proteínas enrolarem e porque é que elas são incorrectamente enroladas e desagregam-se. Esta é uma questão central do Folding@home e directamente relacionada com o nosso estudo do enrolamento das proteínas e do incorrecto enrolamento das mesmas, pois está relacionada com algumas doenças como Alzheimer, ALS, entre outras.

O que faz agora a selecção do Genome@home?

Nós desenvolvemos algumas unidades de trabalho que não levam a nenhum novo desenvolvimento, daí não precisarem de tempo limite para serem entregues. Estas unidades de trabalho sem tempo limite estão alojadas no servidor pelo que pode seleccionar uma bastando para isso seleccionar a opção gah no cliente. Estas unidades de trabalho são melhores para maquinas mais lentas ou maquinas que não estão ligadas á Internet. O cliente é capaz de as ir buscar também. Para clientes versão 5.00 e mais recentes, o tempo limite inexistente destas unidades de trabalho é mostrado explicitamente.

Notas:

• Recentemente estas unidades de trabalho sem limite de tempo têm estado indisponíveis devido ao campo de ciência que estamos correntemente a estudar (que não é compatível com elas), contudo, estas unidades de trabalho poderão regressar.
• Quando configura uma maquina mais lenta para estas unidades de trabalho sem limite de tempo, a partir dai será sempre atribuído a essa maquina unidades de trabalho sem limite de tempo (e nenhumas outras); desta forma a maquina poderá ficar em espera por meses e meses seguidos.
• Para sistemas que conseguem completar os prazos pré-estabelecidos, por favor reconfigure o cliente para aceitar unidades de trabalho normais.

Execução

Acabei uma unidade e agora recebi outra para a mesma proteína. Está alguma coisa errada?

Não, está tudo bem. Nós estamos a estudar a dinâmica de varias proteínas, dai poder receber varias Unidades de trabalhos da mesma proteína (com o mesmo numero de projecto) varias vezes. Cada Unidade de trabalho dá-nos informação adicional sobre a dinâmica dessa proteína em especifico, e dessa forma bastante importante para nos. De facto, se só fizéssemos uma Unidade de trabalho por proteína, não iríamos aprender muito. Um número de projecto, Clone e número de geração (Run, Clone, Gen) distinguem cada Unidade de trabalho.

O Folding@home pode ser executado em máquinas com duplo processador ou multi-núcleo (multi-core)?

Sim, pode, executando um dos nossos clientes SMP de alto desempenho, para linux-64 OSX/Intel ou Windows. Veja a pagina de descargas.

Noutras plataformas, para cada processador deve ser executado um cliente do tipo consola por processador (com o argumento "-local" se estiver a usar o Windows). Primeiro crie pastas diferentes para cada processador e copie a consola do FAH e respectivos executáveis para cada pasta. De seguida configure as mesmas usando o argumento –config, preenchendo as opções para cada uma. É bastante importante certificar-se que em "Machine ID" (sob Advanced Options) cada cópia tem uma identificação de máquina diferente (de 1 até 8, ou ate um máximo de 16 clientes na versão 6). A primeira cópia automaticamente será reconhecida com o número de identificação 1, assim, as cópias seguintes devem ser definidas com 2,3,4, etc. A partir daí basta executar cada uma a partir da sua pasta ou usando o argumento –local existente em Windows. Recomendamos que não execute mais do que um cliente FAH por processador físico.

Deverei fazer alguma coisa especial para executar o cliente num cluster?

O mais importante é garantir que cada CPUID é único por máquina. Para ajudar a evitar ter ID’s duplicados, as versões para Windows (v3 ou posterior) mantêm o seu ID no registo, e a versão para linux (v3.11 e posterior) mantém o ID no ficheiro MachineDependent.dat.

Formas de evitar ID’s duplicados:

• Se instalar cada cliente individualmente, então será impossível ter um ID duplicado.
• Para versões recentes do Windows e máquinas com um só processador, não existe qualquer tipo de problema (para Dual-Core ver ponto acima).
• Para um Cluster com Linux, certifique-se que se copiar o directório NÃO COPIA o ficheiro MachineDependent.dat. O ficheiro irá ser criado automaticamente assim que executar o cliente pela primeira vez na nova pasta.

Porque é que devo fazer a actualização do meu software Folding@home para a versão mais recente?

Estamos continuamente a melhorar o software Folding@home, e a adicionar novas funcionalidades. Lançamos também novas versões para corrigir erros relatados pelos utilizadores, que desta forma ajudam o projecto a correr com o menor número de anomalias possível.

Como é que os resultados são devolvidos?

O seu computador faz envio automático dos resultados para os nossos servidores assim que termina uma Unidade de trabalho e faz o download de uma nova logo de seguida.

Posso descarregar de mais de uma unidade de cada vez?

O algoritmo que usamos funciona melhor se descarregar uma Unidade de trabalho de cada vez, e verifica o estado após cada Unidade de trabalho ser completa. Por isso nenhuma opção para descarregar varias Unidades de trabalho está disponível. Se tiver múltiplos processadores no computador é possível ter cada um a trabalhar numa Unidade de trabalho diferente. Não tente correr duas copias em diferentes maquinas que utilizam a mesma pasta e o mesmo sistema de ficheiros. Cada cliente precisa de trabalhar numa pasta diferente.

Quanto tempo demora a concluir uma Unidade de Trabalho? Como é que consigo medir uma Unidade de trabalho?

Isto varia, como será óbvio, com velocidade do computador e com o tamanho da proteína a ser estudada. Dependendo da proteína e das propriedades a serem estudadas, Unidades de trabalho de diferentes tamanhos poderão ser usadas. A página de sumario de projectos tem informação do tamanho particular de cada proteína e o prazo limite para conclusão.

Consigo executar a versão gráfica e de consola ao mesmo tempo? O que acontece se correr duas versões diferentes da consola ao mesmo tempo?

É possível, mas APENAS se tiver múltiplos processadores e/ou processador com vários núcleos (multi-core), e instalar cada cliente em pastas diferentes. NÃO copie apenas os ficheiros de uma pasta para outra. Isto irá fazer com que exista problemas entre os clientes.

1. Não irá depois receber credito pelo trabalho que fez;
2. O resultado não irá ser usado;

Em vez disso, instale cada cliente em directórios diferentes. Se já tiver copiado o programa para múltiplas pastas e está a tentar executá-los, procure o ficheiro client.cfg e apague-o. A próxima vez que o cliente começar vai criar um novo ficheiro e atribuir um novo ID á maquina.

Como é que sei que os meus resultados foram realmente devolvidos e se encontram a ser usados? Como consigo saber ao certo o trabalho que já realizei?

Para descobrir os resultados enviados, pode verificar a página de estatísticas, por estatística individual, estatísticas da sua equipa, e estatísticas gerais do Projecto. Se o seu computador está a enviar informação, deve poder ver o seu username juntamente com o número de Unidades de trabalho concluídas. Se o seu nome não aparecer nas estatísticas e o programa está a funcionar bem no seu computador (sem erros), significa que ou ainda não terminou uma Unidade de trabalho (pode demorar alguns dias, ou mesmo mais num computador antigo), ou que a lista ainda não foi actualizada ainda. Volte a verificar dentro de um ou dois dias, e deve estar contabilizado… desde que se lembre qual o username que colocou. :-)

Porque é que ajustar a prioridade através do gestor de processos não afecta o desempenho?

O trabalho é feito pelo fahcore, nao o processo do cliente, desta forma alterar a prioridade do processo nao aumenta a performance. A prioridade para o fahcore está colocada como “Idle” por defeito (mas aparece como normal no gestor de processos). O cliente está já programado para utilizar todos os ciclos que não estão a ser utilizados de momento, daí alterar a prioridade no Windows ser desnecessário. Se o cliente FAH está a competir com outro processo que esteja a correr em “idle”, como por exemplo um Antivírus, existe uma opção já configurada para alterar automaticamente a prioridade para baixa ("Low"). Execute o cliente (versão consola) com o argumento –config para alterar estas definições.

Consigo executar o Folding@home quando o SETI@home está a funcionar?

Sim, o SETI@home e outras aplicações de computação distribuída conseguem ser executadas ao mesmo tempo que o Folding@home, desde que tenha memoria RAM suficiente. Alguns programas, incluindo o SETI@home, são executados com uma prioridade definida maior do que o Folding@home, o que impede o FAH de trabalhar, se for utilizado ao mesmo tempo. Se verificar que o cliente FAH não está a avançar, pode resolver isto alterando a opção "Slightly Higher Priority" (“Prioridade Ligeiramente Superior”) no cliente FAH. Esta alteração pode ser feita no separadore "Advanced" no cliente gráfico, ou executando a versão consola com a opção -config' activada.

Nota: As unidades de trabalho do Folding@home têm tempo limite, enquanto que outros projectos normalmente não têm. Por isso recomendamos que defina logo uma maior prioridade ao FAH, ou dedicar um só núcleo/processador ao cliente, permitindo que outros projectos utilizem os restantes recursos do computador.

Existem alguns limites para o tempo que a minha maquina demora a concluir uma Unidade de trabalho?

Sim. Dependendo da Unidade de trabalho, trabalhos inacabados para a maioria dos projectos expiram e voltam a ser atribuídos a novas máquinas. Uma vez que a conclusão de uma Unidade de trabalho gera novas Unidades, devemos manter este ciclo definindo assim tempos limite para a entrega. À medida que começamos a processar Unidades de trabalho maiores e mais demoradas iremos aumentar este tempo limite consoante o necessário. O tempo limite varia entre alguns dias, a algumas semanas, dependendo da natureza da Unidade. Irá depois receber créditos por todas as unidades que terminar antes do prazo pré estabelecido. Depois da data limite de processamento o cliente apaga todos os dados referentes á Unidade de trabalho e descarrega uma nova. Nenhum credito é dado depois do prazo final passar.

Consigo correr a versão Linux no FreeBSD?

Sim. Por favor siga os seguintes passos:

1. Instale emulators/Linux_base a partir do CD FreeBSD.
2. Edite '/compat/Linux/etc/yp.conf e coloque o servidor correcto nesse ficheiro.
3. Faça o download da colsola para Linux (FAHxConsole, onde x é a versão) e adicione ao directorio.
4. % brandelf -t Linux FAHxConsole

A partir da versão 3.24, tudo o que tem que fazer a partir daqui é especificar

1. Adicione o argumento "-freeBSD" ao executar o cliente
2. % ./FAHxConsole –freeBSD irá automaticamente marcar os core que são descarregados.

Para clientes anteriores ao 3.24 o argumento -freeBSD não é suportado e terá que fazer o seguinte: Depois de iniciar o cliente, espere que o núcleo esteja descarregado e depois termine (kill) o cliente.

1. % brandelf -t Linux FahCore_65.exe
2. % ./FAHxConsole

E está pronto! (Agradecimentos ao "gotti" pela sugestão).

E no OpenBSD?

Trabalha quase tão facilmente como trabalha com o FreeBSD. Siga os seguintes passos:

1. Instale /usr/ports/emulators/redhat/base através dos ports da versão 3.4 ou posterior. Se tem uma versão anterior, ou apenas prefere instalar por pacotes, instale o redhat_base-8.0p2.
2. Configure um script que redireccione e se marque a si próprio “call to elf2olf”, de modo a que os core binários possam ser marcados correctamente. Este script pode ser descarregado de: http://www.schnarff.com/brandelf, ou simplesmente criando o seu próprio:

 !/bin/sh
 elf2olf -v -o linux $3

Certifique-se que utiliza a versão B da consola para linux, uma vez que com a versõa A pode gerar coredump.

Ao executar o cliente, use o atributo -freeBSD, para que os core sejam marcados correctamente.

Obrigado ao Alex Kirk pela informação sobre OpenBSD.

O que é a instabilidade na simulação?

A simulação do movimento de uma molécula envolve um grande esforço de computação. Cada simulação corresponde a um numero de passos no tempo (cada um bastante pequeno). A cada passo, a posição dos vários átomos é calculada e actualizada, baseada no numero de factores. De vez em quando, a simulação entra num estado que não é "correcto" (exemplo: átomos ficam bastante próximos, as ligações estão em ângulos impossíveis de criar, entre outros).

Em situações como estas, o núcleo pára, e a informação é enviada para o servidor. É atribuído depois outra Unidade de trabalho. Se o seu computador é estável, então não há problema. Em computadores instáveis é possível que esta instabilidade da simulação seja criada pelo próprio sistema em vez de estar directamente relacionada com a Unidade de trabalho. Por causa disto, uma Unidade de Trabalho pode ser enviada outra vez devido a ter sido devolvida incorrectamente, devido á instabilidade criada durante a simulação. Em determinados projectos esperamos sempre que uma pequena percentagem das unidades encontrem problemas de instabilidade.

E se eu desligar o computador, o cliente guarda o trabalho realizado (p.e. checkpoint)?

Periodicamente o núcleo escreve informação para o disco rígido, deste modo se o cliente for parado, pode mais tarde retomar o processamento da unidade de Trabalho no mesmo ponto onde terminou, em vez de recomeçar tudo de novo. Com o núcleo de cálculo Gromacs estes marcos (checkpoints) podem ocorrer a qualquer momento e não estão directamente relacionados com a informação guardada e os resultados. Inicialmente, foi definido para ocorrer a cada 1% da Unidade (frame a frame), e a partir dai de 15 em 15 minutos era criado um checkpoint para que maquinas mais lentas nunca perdessem mais do que 15 minutos de trabalho.

As proteínas começam a ser mais complexas e a ser processadas durante mais tempo, pelo que é melhor ter mais frames numa WU, para que não perca muita informação sempre que tiver que ser parada (seja para reiniciar o programa ou o computador, ou outro caso). Mesmo assim este processo não leva em consideração a velocidade da máquina. Uma máquina rápida termina um frame em apenas alguns minutos, enquanto que uma lenta pode demorar horas, e o membro do Folding@home com a maquina lenta, não quer perder 99% das “horas” que levou a processar aquela meia dúzia de frames, contudo o utilizador com a maquina mais rápida não quer perder tempo de processamento, que é gasto aquando a escrita destes checkpoints a cada 15 minutos do disco, e nenhum deles quer ter um valor de upload associado com resultados que tenham muitas frames pois iria consumir muito upload.

Obrigado ao Bruce Borden por esta entrada na FAQ.

Estatísticas, equipas, nome de utilizador

Como posso eu mudar meu nome do utilizador?

A maneira mais simples de mudar o nome de utilizador é ir ao painel (clicar com o botão direito do rato no ícone gráfico na área de notificação no canto inferior direito do ambiente de trabalho). Pode mudar o nome do utilizador em qualquer altura. Entretanto, as unidades antigas (enviadas até então) do trabalho remanescerão creditadas ao utilizador anterior.

Como poderei juntar-me ou criar uma equipa?

Para criar uma equipe, preencha por favor este formulário. Para se juntar a uma equipa, basta colocar o número da equipa no painel de configuração (em clientes gráficos) ou incorporar o número da equipe na primeira vez que instalar o cliente (para a consola de texto).

E uso o cliente em múltiplas máquinas atrás de uma Firewall. Podem todas ter o mesmo nome de utilizador??

Sim. Podem todos ter o mesmo nome. No passado, era necessário adicionar # 1, # 2, etc. aos nomes de utilizador. Isto já não é necessário actualmente.

Há alguns caracteres que eu deva evitar no nome de utilizador?

Nós recomendamos fortemente a usarem apenas letras, números e o underscore"_". Não use espaços no seu nome de utilizador, use por favor algum caracter como o "_". Actualmente reservamos os caracteres # ^ ~ |. # é usado para diferenciar uma firewall (ver acima). Queremos também reservar ^ | e ~ para outros problemas que possam surgir. Finalmente, tenha atenção que os nomes são “case sensitive”, ou seja é sensível a letras maiúsculas e minúsculas: "Dave" e "dave" e "dAVE" são todos utilizadores diferentes.

Como determinam quantos pontos de uma unidade do trabalho vale?

Antes de lançar alguma unidade nova do trabalho, ela é testada num Pentium 4 a 2.8GHz, com as instruções SSE 2 desligadas (mais especificamente, como reportadas por /proc/cpuinfo em linux: vendor_id : GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB). Estes computadores utilizam Linux como sistema operativo, assim sendo, todas as WUs são testadas com linux.

Nós colocamos o resultado disto na seguinte fórmula:

pontos = 110 * (diasPorWU)

onde o diasPorWU é o número dos dias que o CPU onde a WU foi testada demorou a completar a unidade de trabalho.

Esta equação foi escolhida para igualar os pontos das unidades de trabalho com o core Gromacs antigas com o sistema de pontos antigo. O fundamento disto é para que as unidades de trabalho com o Core Tinker valham mais do que antes deste novo sistema de pontos (isto é, antes de Abril 2004). Atenção que o conceito muito de uma máquina de referência significará em que algumas WU o desempenho da sua máquina seja diferente. Veja que o próprio conceito de ter uma máquina de referência vai significar que algumas unidades de trabalho vão demorar tempos diferentes a serem processadas no seu computador. Mesmo entre os Pentium 4, há algumas diferenças significativas nas arquiteturas. Alguns Pentium 4 são mais recentes que outros, e com algumas modificações, como maior Cache, o que influenciará o desempenho da máquina. Além disso, as variações entre unidades de trabalho podem também conduzir às diferenças em pontos.

O nosso objectivo é a consistência dentro de uma definição dada por uma instalação na máquina da referência (descrita acima). No entanto, como é de esperar, para além da natura variação de máquina para máquina e de unidade de trabalho para unidade de trabalho nunca será possível ter um sistema de atribuição de pontos que demonstre o processamento de cada computador individualmente.

Como ajustam os prazos para as unidades do trabalho?

Cada unidade do trabalho é testada num Pentium 4 2.8GHz, com SSE 2 desligado. Para a maioria de unidades do trabalho (embora possa haver umas excepções, descritas no parágrafo seguinte), nós aplicamos a seguinte equação

tempo para entrega = 20 * (dias por WU) + fim do prazo 2 = o máximo (30 * (diasPorWU) + 2,10)

onde diasPorWU é o número dos dias que o processador de testes demorou a concluir a unidade de trabalho. O "+2" dias estão lá para dar uma margem adicional para WUs rápidas (a contar com o servidor em baixo, etc). Se 30*dias por WU for menos de 10 dias, os prazos são ajustados a 10 dias, como um tempo mínimo para todos os projectos. Após ultrapassado o tempo para entrega a Unidade é enviada a outro cliente. Ocasionalmente, os fins do prazo podem ser ajustados para menos tempo ou para mais tempo. A razão para termos prazos de entrega é porque quanto mais cedo tivermos os resultados mais depressa podemos estudar esses dados. Além disso, diferentes projectos têm requisitos diferentes por parte do servidor e podem necessitar de tempos limite maiores ou menores. Os servidores têm em conta a performance dos computadores o que permite que computadores mais fracos recebam unidades de trabalho apropriadas.

Como posso ter uma cópia de todas as estatísticas actuais?

Você pode descarregar uma cópia daqui: http://fah-web.stanford.edu/daily_user_summary.txt ou http://fah-web.stanford.edu/daily_team_summary.txt Estas listas são actualizadas a cada 6 horas. Por favor não corra nenhum bot nas nossas páginas cgi. Tais acções resultarão em que o seu IP fique banido permanentemente.

Protecção de Ecrã (Screen Saver) (Windows: versão 4 e anterior; OSX: todas as versões)

Devo correr a versão screensaver ou consola?

A versão gráfica da consola mostra a mesma informação que a versão de screensaver. É recomendada quando:

• Quer correr o Folding@home 24/7;
• Não quer um screensaver;
• Gostar de ver exactamente o que está a ser processado (molécula);

A versão de screensaver é recomendada quando:

• Não quer correr o Folding@home 24/7, apenas quando não estiver no computador.

O que é que está o protector de ecrã/screensaver a mostrar?

O nosso cliente gráfico mostra uma visualização em tempo real da operação a ser executada no momento.

A molécula desenhada é a configuração atómica actual (“fold”) da proteína que está a ser simulada no computador e o gráfico no fundo mostra a potencial energia em incremento de femtossegundos. Disponibilizamos as proteínas para serem visualizadas numa variedade de estilos e orientações, ambas para obter um melhor aspecto da proteína que se encontra a ser processada.

Existem neste momento dois modos de visualização: Space-filling (preenchimento de espaço) e Ball-and-stick. No modo ball-and-stick, cada pequena bola representa um átomo, conectadas por ligações (sticks). No modo space-filling cada esfera preenchida representa o volume aproximado que o electrão ocupa a volta de cada átomo. Em ambos os modos, os átomos de carbono são desenhados a cinzento (ainda que alguns atomos de hidrogénio nao apareçam), o oxigénio aparece a vermelho, nitrogénio a azul e Enxofre aparece a amarelo.

O meu monitor está programado para desligar após algum tempo. Posso ainda assim executar o cliente protector de ecrã?

As definições de poupança de energia, que desligam o monitor apos um determinado período de tempo, não afectam o cliente FAH. Desde que tenha o computador ligado o screensaver vai continuar a correr e a processar dados, mesmo tendo o monitor desligado.

O cliente protector de ecrã usa muito tempo de usa bastante o processador para gerar os gráficos?

A versão de screensaver está criada de modo a usar pouco o CPU para gerar gráficos, mesmo sem Hardware compatível com OpenGL, o screensaver apenas usa 5% do processamento de CPU para os gerar. Se tem algum hardware compatível com OpenGL o processamento por parte do CPU é virtualmente zero. Uma vez que o espaço preenchido (“orb”) pelo desenho dos átomos pode ser visto durante o processo de criação do mesmo, pode dar a impressão que esta a utilizar bastante o processador, mas o tempo de espera é definido por um temporizador, e não ocorre essa sobrecarga porque demora sempre algum tempo a desenhar.

Será que se usar hardware com suporte para cálculo 3D a versão protector de ecrã é executada melhor?

As placas gráficas com aceleração 3D podem fazer diferença em proteínas mais complexas.

Como é que desligo o Protector de ecrã?

O cliente protecção de ecrã foi criado de modo a desligar-se com um clique do rato ou premindo uma tecla do teclado. Não se desliga se apenas movendo o rato. Isto serve para prevenir que os utilizadores inadvertidamente párem o Folding@home, uma vez que irá demorar um bocado até recomeçar o processamento.

\\

Geral

De onde veio o logotipo?

O nosso logótipo é uma representação abstracta do nosso objectivo: Ir da sequencia da estrutura da proteína codificada no genoma até a estrutura da proteína. A dupla hélice a esquerda do logótipo denota o genoma (ADN é uma dupla molécula helicoidal ) e as setas à direita são representações da estrutura da proteína (as estrutura da folha-beta são frequentemente desenhadas como tiras com setas).

Vocês têm botões de atalho que eu posso usar como ligações para o seu vosso sítio?

E que tal isto (agradecimentos a RPH IV)

Quanta potencia/dinheiro é necessária para manter um FAH a correr a 24/7 num computador?

Em termos gerais, um CPU usa tanta energia quanto uma lâmpada incandescente. Aqui esta um relatório na gestão de electricidade de computadores de Lawrence Berkeley Laboratórios do Governo, e há outras referências na Internet que você pode encontrar. Embora as maiorias das fontes de alimentação em maior parte dos computadores serem avaliadas em 400 watts, o normal é inferior. Em média, um computador do tipo Pentium usa aproximadamente 100 watts (se o monitor estiver desligado). Assim, normalmente a diferença entre estar desligado ou a correr o FAH é aproximadamente 24x100 = 2.4 kwh. a $0.15 por kwh. (de PG&E na Califórnia), isto resultara em aproximadamente $0.36 (0.34 €) por dia. De forma geral, a iluminação e o aquecimento usam uma maior parte da electricidade da casa do que os computadores. Assim a melhor forma de cortar nas despesas e conservar energia seria apagar as luzes, desligar o monitor do seu computador (que usa mais energia que uma CPU), e baixar o aquecimento.

E sobre a segurança?

Nós trabalhamos muito para manter a melhor segurança possível com metodologias modernas de informática. O nosso programa carregará e descarregará dados apenas do nosso servidor de dados em Stanford. Os núcleos também são digitalmente assinado (veja abaixo) para garantir que você está a receber os verdadeiros núcleos de Stanford e nada mais.

Como é isto possível? Nós tomamos fortes medidas para verificar todos os dados que entram no seu computador e os resultados que mandamos de volta para Stanford com assinaturas digitais de 2048 bit. Se as assinaturas não foram iguais (tanto na entrada como saída) o cliente apagara os dados e começara novamente. Isto assegurado, pelas melhores medidas de segurança de software desenvolvidas até hoje (assinaturas digitais e PKI versão 3.0), nós estamos a manter a segurança o mais apertado possível. Finalmente, a protecção de ecrã do cliente está disponível para descarreguar apenas deste local de Internet, de forma que a nós possamos garantir a integridade do programa. Nós não apoiamos programas do Folding@home obtidos noutro lugar e proibimos outros de distribuir o programa.

Porque não há versões para IRIX, Solaris, OS-2, AMIGA, Macintosh OS9, etc?

Nos fomos inundados com pedidos para outras versões. Devido a recursos limitados, nos podemos apenas apoiar algumas versões do cliente. Nós tentamos escolher sistemas operativos que são abundantes entre os doadores e que nós podemos apoiar adequadamente em casa. Nós apoiamos BSD via emulação de camada de Linux (ver em cima).

O que vão fazer nas versões futuras do software?

Um bom lugar para ouvir falar de novas versões, versões beta, etc., é o Folding-Community forum.

Para mais informação consulte:

• FAH FAQ
• Folding Community Forum
• Pande Group no YouTube™

Última actualização a June 22, 2008, at 06:13 AM