Acerca de Folding@Home


El laboratorio de Pande en la Universidad de Stanford

El laboratorio del profesor Pande es el grupo fundador de Folding@Home. El laboratorio es parte del Departamento de Química y Biología Estructural, la Universidad de Stanford y el Centro Médico de la Universidad de Stanford y trabaja en la teoría y simulaciones de como se pliegan las proteínas, el RNA, y los polímeros sintéticos a nanoescala. Nosotros hemos fundando el proyecto, desarrollado los métodos para utilizar computación distribuida para estudiar las dinámicas de larga duración, promovido su utilización en el plegamiento de proteínas, y escrito el código del programa cliente y del servidor para el proyecto Folding@Home. Los miembros del grupo involucrados en el proyecto Folding@Home se mencionan en nuestra página web.

Los laboratorios afiliados: El Consorcio Folding@Home (FHC)

Hacer funcionar y seguir mejorando FAH es muy complicado en este momento. Hemos recorrido un largo camino desde los días donde solamente estaba yo y otras 2-3 personas. Ahora mismo, hay alrededor de 20 personas en el laboratorio de Pande, todas participando de una u otra forma, pero incluso eso no es suficiente para avanzar en ciertas áreas clave. Para ayudar a ello, hemos empezado a colaborar con otros laboratorios.

El Laboratorio de Arnold, Caltech

Un equipo de desarrolladores en Caltech ha desarrollado un nuevo núcleo científico para utilizar SHARPEN en Folding@Home. Los próximos proyectos basados en este núcleo probarán las prestaciones de los nuevos algoritmos para la predicción de estructuras de proteínas en alta resolución y también para el diseño de bibliotecas de enzimas.

El Laboratorio del Dr. Chong, Universidad de Pittsburgh

El grupo de Chong utiliza la simulación para estudiar muchos aspectos de las proteínas, en particular las proteínas desestructuradas y el comportamiento de la proteína p53, una supresora tumoral relacionada con el cáncer (de hecho aproximadamente la mitad de todos los cánceres comprenden alguna mutación de la proteína p53). El grupo del doctor Chong está ayudando en el desarrollo del nuevo núcleo AMBER para Folding@Home.

El Laboratorio Dill, UCSF

Ken Dill y su laboratorio ha sido pionero en el estudio del plegamiento de las proteínas y otras cuestiones biomoleculares. Estamos colaborando con los miembros de su grupo en los cálculos de la energía libre y la predicción de estructuras.

El Laboratorio Izaguirre, Notre Dame

El laboratorio Izaguirre está interesado en los problemas en la interfaz entre la biología, la ciencia informática y las matemáticas aplicadas. Su laboratorio ha desarrollado la aplicación Protomol MD con la que estamos trabajando para integrarla en Folding@Home. Protomol es una gran aplicación para probar y desarrollar algoritmos nuevos y probablemente será útil para FAH en el futuro.

El laboratorio Shirts, Universidad de Virginia

El grupo de Michael Shirts en la universidad de Virginia desarrolla una nueva metodología de simulación y utiliza simulaciones para predecir las propiedades termodinámicas de moléculas pequeñas. El grupo está colaborando con nosotros para desarrollar nuevas versiones del núcleo Gromacs y en el desarrollo genérico del núcleo Gromacs.

El Laboratorio Sorin, CSULB

El grupo de Eric Sorin en el CSULB utiliza la simulación para estudiar el plegamiento de las proteínas y otras áreas relacionadas. Están colaborando con nosotros para desarrollar nuevos puertos de campo de fuerza para Gromacs.

El Laboratorio Zagrovic, Instituto Mediterráneo para las Ciencias de la Vida

El Laboratorio Bojan Zagrovic en el Instituto Mediterráneo para las Ciencias de la Vida en Croacia se interesa en áreas relacionadas con el hombre, incluyendo las proteínas desestructuradas y el refinamiento de estructuras experimentales. Su grupo está ayudando a Folding@Home en el desarrollo de un nuevo cliente.


La comunidad de voluntarios

Una gran parte del apoyo al software Folding@Home viene de voluntarios de la comunidad Folding@Home. Hay muchas maneras distintas en las que la gente ayuda. Un incontable número de personas han ayudado respondiendo preguntas unas a otras en el foro y son demasiadas para citarlas todas aquí. No obstante, destacamos unas pocas que han realizado contribuciones particularmente importantes.

Los moderadores

Estamos agradecidos por todo el trabajo que los moderadores del Foro de la Comunidad Folding (FCF) han hecho para mantener el Foro en funcionamiento y ayudar directamente a los donantes que utilizan Folding@Home -- estamos agradecidos a todos ellos. Además, hay varios moderadores que también nos han ayudado más allá del propio foro, incluyendo probadores beta e incluso ayuda con estas páginas web. Destaca particularmente la contribución de Bruce Borden (Bruce) en general, Wiebo Westerhoff (WW) albergando el foro, y los grandes esfuerzos de Tim Braun (7im) para mejorar las páginas web de FAH.

Los traductores

Tenemos también que agradecer a los numerosos traductores que han trabajado en la traducción de las páginas web de Folding@Home a muchos idiomas.

El equipo para las FAQ y las Guía

Estamos en deuda con el equipo de voluntarios que nos ayuda a mantener al día las FAQ y la documentación del proyecto. Stephan Renaud (Xilikon) por su ayuda en la creación de las Guías y la ayuda de 7im y Ivoshiee con las FAQ están incluidos en este agradecimiento.

Los desarrolladores

Trabajamos también con la comunidad de desarrolladores de software. Estos desarrolladores han estado trabajando para ayudarnos a mejorar nuestro software y también a mejorar las interfaces con programas de utilidades externos. Queremos agradecer especialmente a Andrew "Uncle Fungus" Schofield por sus contribuciones al proyecto.


Socios Comerciales

En muchos de nuestros proyectos, trabajamos muy de cerca con compañías. En concreto, hemos colaborado con socios comerciales en el desarrollo de nuestro cliente, núcleo, y el software de nuestra infraestructura de servidores.

Intel (2001-2002)

Uno de nuestros primeros socios fue Intel, que ayudo a financiar parte de Folding@Home a través de su Programa Filantrópico Igual a igual.

Google (2001-2003)

Google participó en Folding@Home por medio de su cliente de cálculo Google para FAH. El cliente está incluido en la barra de navegación de Google, haciendo muy fácil para cualquiera ejecutar Folding@Home -- sin instalación, sólo diciendo "sí" cuando es preguntado.

Sony (2005-presente)

Colaboramos con Sony en el software Folding@Home para la PS3. Ello incluyó el desarrollo de todos los componentes prácticamente desde cero, optimizando específicamente el código para que se ejecutará eficientemente en la PS3. El resultado fue un cliente realmente bonito con grandes prestaciones.

ATI (2005-presente)

Llevamos trabajando con ATI durante mucho tiempo en nuestro núcleo GPU. Empezamos con GPU1 y ahora estamos con GPU2.

NVIDIA (2007-presente)

Hemos estado trabajando con NVIDIA en la adecuación del núcleo GPU2 para las tarjetas NVIDIA. Fruto de la colaboración entre el personal de NVIDIA (Scott LeGrand) y el equipo Folding@Home, hemos adecuado y optimizado el código GPU2 para utilizar CUDA.

Cauldron Development (2007-presente)

Estamos trabajando con Cauldron Development (http://www.cauldrondevelopment.com/) para rescribir el código de los servidores FAH desde cero. Ello deberá hacer nuestro código más fiable y fácil de ampliar. Esta es la fundación software para los próximos 10 años del proyecto Folding@Home.


Financiación y apoyos

Varias organizaciones financian nuestro trabajo:

Notablemente, la mayor parte de nuestra financiación proviene de los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) de los Estados Unidos y de la Fundación Nacional de la Ciencia (NSF). Agradecemos también (en orden alfabético) a Apple, ATI, Dell, Google, Intel, y Sony por su apoyo durante estos años. Para terminar, hemos sido financiados por los Roadmap del NIH del centro Simbios y el Centro de Nanomedicina para el Plegamiento de Proteínas.

Más específicamente, el trabajo sobre la disolución implícita (Tinker)se financia con una subvención de los Institutos Nacionales de la Salud (R01GM62868-01). El trabajo sobre Gromacs (es decir nuestra investigación sobre el papel del agua en el plegamiento de las proteínas) ha recibido recientemente una subvención de la Fundación Nacional de la Ciencia (NSF). Nuestro trabajo sobre la comparación de los campos de fuerza está financiado por ACS PRF (36028-AC4). Las páginas de educación fueron financiadas por la NSF MRSEC CPIMA (DMR-9808677), que pagó al profesor Tug Sezen del Centro de educación Secundaria Libertad para que pasara un verano en nuestro laboratorio desarrollando un plan de estudios basado en Folding@Home y las correspondientes páginas web de apoyo. Los núcleos para la PS3 y las GPU han sido financiados en parte por Simbios (financiados por los Institutos Nacionales de la Salud a través del NIH Roadmap para Becas de Investigación Médica U54 GM072970).

Hemos recibido recientemente una generosa subvención de Dell en forma de descuentos en hardware, que nos permitirá renovar la infraestructura de nuestros servidores de Folding@Home. Queremos también agradecer a Google su apoyo a través del programa Google Compute. Agracemos también a Intel su ayuda en el pasado a través del programa Filantrópico Igual a Igual de Intel. Nos gustaría agradecer a Apple por su continuo apoyo, especialmente en el desarrollo del cliente para OS X y el desarrollo de Gromacs para OS X. Finalmente, nos gustaría agradecer a la Universidad de Stanford por su apoyo a Folding@Home a través de las subvenciones del programa Internet 2, la Oficina de Licencias Tecnológicas, y la concesión del Terman Fellowship al Profesor Pande.


Miscelánea

Cosm

El proyecto Cosm ha hecho importantes contribuciones a Folding@Home mediante el desarrollo de la librería de red (Mithral CS-SDK)que se utiliza para construir el código de los programas cliente y servidor. Adam Beberg es la principal fuerza tras Cosm, aunque son varias las personas participando en el desarrollo.


TINKER

La parte del código de Folding@Home para la dinámica de las proteínas es una versión modificada del programa TINKER, un poderoso programa de dinámica molecular escrito por el laboratorio de Jay Ponder (en el Departamento de Bioquímica & Biofísica Molecular situado en la Escuela de Medicina de la Universidad de Washington en San Louis, Missouri.). El continuo progreso del código, incluyendo una importantes mejora de la velocidad en la versión próxima, se trasladarán en avances adicionales para Folding@Home. Visite por favor su sitio web para información adicional. Si a usted le gustaría practicar "tinker" con su código fuente, por favor lea y firme el acuerdo de licencia.


Gromacs

Hemos incorporado recientemente a Folding@Home y fuertemente modificado el programa de simulación molecular Gromacs. Seguimos trabajando con los desarrolladores de Gromacs para mejorarlo aún más. Consulte nuestra página Gromacs para más detalles.


Sobre el Logo

Nuestro Logo es una representación abstracta de nuestro objetivo: ir desde la secuencia de la proteína codificada en el genoma hasta la estructura de la proteína. La doble hélice a la izquierda del logo representa el genoma (el DNA es una molécula helicoidal doble) y las flechas a la derecha son representaciones de la estructura de la proteína (la estructura hoja beta se dibuja a menudo como cintas con flechas)

Hemos actualizado recientemente el aspecto del log:

Nos gustaría agradecer a Mark Lowe y Rob Goodlatte toda su ayuda con el rediseño del logo y la web. Nos gustaría agradecer también a Po' Smedley por su diseño del icono.


Sobre el salvapantallas

Nuestro salvapantallas muestra visualizaciones en tiempo real de las simulaciones que se están realizando. El dibujo de la molécula es la configuración atómica actual ("pliegue") de la proteína que está simulándose en su ordenador y el gráfico de tarta a la izquierda muestra el progreso realizado en la unidad de trabajo corriente.

Existen actualmente cuatro modos de visualización: Esferas rellenas, bolas y varillas, mallado y trazos alfa. En el modo bolas y varillas, cada pequeña esfera representa un átomo, y las varillas representan los enlaces entre los átomos. En el modelo esferas rellenas, cada esfera rellena representa el volumen aproximado que los electrones ocupan alrededor de cada átomo. En el modo mallado, sólo se dibujan los enlaces, pero con los vértices coloreados para indicar la identidad del átomo. En todos los modelos menos el de trazos alfa, los átomos de carbono se dibujan en gris oscuro, los átomos de hidrógeno en gris claro, (aunque algunos átomos de hidrógeno no se dibujan en absoluto), los átomos de oxígeno están dibujados en rojo, los átomos de nitrógeno en azul y los átomos de azufre en amarillo. En el modelo trazos alfa, sólo se muestra un átomo (el carbono alfa) por residuo de aminoácido, para destacar la disposición global del péptido o proteína.