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Folding@home Preguntas más frecuentes (FAQ)

Índice

Detalles del Proyecto, visión general

¿Qué es Folding@home? ¿Qué es el plegamiento de las proteínas?

Folding@home es un proyecto de computación distribuida, que expuesto de forma muy sencilla, estudia como se pliegan las proteínas (correcta o incorrectamente). El plegamiento de las proteínas se explica con más detalle en la sección de Ciencia.

¿Qué es la computación distribuida?

La Computación Distribuida es un método de procesamiento por el cual diferentes partes de un programa o distintas porciones de datos, se ejecutan simultáneamente en dos o más ordenadores que se comunican entre ellos a través de una red o de Internet.

¿Quien es el "dueño" de los resultados? ¿Qué les ocurrirá?

A diferencia de otros proyectos de computación distribuida, Folding@home está dirigido por una institución académica (concretamente el Grupo del Dr. Pande, en la Universidad de Stanford - Departamento de Química), qué es una institución sin ánimo de lucro dedicada a la investigación científica y la educación. No venderemos los datos ni sacaremos beneficio económico de ellos.

Más aún, pondremos los datos a disposición de quien quiera utilizarlos. En concreto, los resultados de Folding@home se pondrán a disposición pública de varias maneras. Lo que es más importante, los análisis de las simulaciones se enviarán a periódicos científicos para su publicación, y estos artículos periodísticos estarán disponibles en el sitio web en cuanto que se hayan publicado. Después, tras la publicación de dichos artículos que analizan los resultados, los datos originales de la ejecución del Folding@home estarán disponibles para todo el mundo, incluyendo otros investigadores, aquí en este sitio web.

¿Cómo puedo ver cuanta gente está participando?

¿Qué ha sido "plegado" hasta ahora, y cuanto he hecho yo?

Generamos muchos tipos de estadísticas tanto de los usuarios como del trabajo realizado en nuestra sección de Estadísticas. Puede consultar sus estadísticas individuales, las estadísticas de los equipos, y las estadísticas globales. Consulte por favor también las secciones de Resultados y Premios.

¿Qué ha conseguido el proyecto hasta ahora?

Hemos conseguido simular el plegamiento de varias proteínas en el rango de 5 a 10 microsegundos, validando experimentalmente nuestra cinética del plegamiento. Ha sido un avance fundamental sobre los trabajos anteriores. Los artículos científicos detallando nuestros resultados se encuentran en las sección de Resultados. Ahora vamos a por otras importantes proteínas que se utilizan en los estudios de la biología estructural del plegamiento así como a por las proteínas que tienen que ver con enfermedades. Hay muchas revistas arbitradas y de renombre (Science, Nature, Structural Biology, PNAS, JMB, etc.) que han publicado los resultados de Folding@home. Hasta ahora, Folding@home ha publicado más artículos que todos los demás proyectos de computación distribuida juntos.

¿Porqué no utilizar simplemente un superordenador?

Los superordernadores modernos son básicamente conjuntos (clusters) de cientos de procesadores unidos por una red rápida de comunicaciones. La velocidad de estos procesadores es comparable (y a menudo más lenta) a los utilizados en los ordenadores personales (PC). De este modo, si un algoritmo (como el nuestro) no necesita la red rápida de comunicaciones, funcionará tan rápido en un superodenador como en un supercluster. Sin embargo, nuestras aplicaciones no necesitan cientos de procesadores como los encontrados en los superordenadores modernos, sino cientos de miles de procesadores. Por tanto, los cálculos que realiza Folding@home no serían posibles de ninguna otra manera. Más aun, incluso aunque tuviéremos acceso exclusivo a todos los superordenadores del mundo, todavía tendríamos menos poder de cálculo que el que tenemos con el cluster de Folding@home. Esto es posible porque los procesadores de los PC son muy rápidos hoy en día y hay cientos de millones de PC en el mundo sin hacer nada.

¿Puedo ejecutar Folding@home en un ordenador que no es mio?

Por favor, ejecute Folding@home en sistemas de su propiedad o en los que tenga permiso del dueño para ejecutar nuestro software. Si hay cualquier duda (por ejemplo los ordenadores del trabajo), le sugerimos que obtenga permiso por escrito (por ejemplo una carta firmada de su superior concediéndole permiso); hemos encontrado que muy es importante tenerla en caso de disputa de si se concedió dicho permiso. Por favor no presuponga que el dueño le dará permiso. cualquier otro uso de Folding@home viola los acuerdos de licencia de usuario (EULA), y en general no es una buena idea

¿Qué ocurre si hay sospechas de que se ha violado la licencia de usuario (EULA)?

Si hay sospecha de una violación de la licencia, intentaremos ponernos en contacto con el donante. Muchos donantes utilizan su dirección de correo como su nombre lo que es de ayuda en estos casos. Si no tenemos información propia y se nos presenta un caso grave donde ha habido una violación de la la licencia EULA, pondremos a cero los puntos del donante y no permitiremos que haya clientes que se ejecuten bajo el nombre de ese donante. Esta decisión puede ser revocada si hay información suficiente para exonerar al donante. En semejantes situaciones para ponerse en contacto con nosotros el donante debe dirigirse a uno de los miembros de Grupo de Pande o a los Moderadores de los foros en nuestro foro (http://foldingforum.org)

¿Cuáles son los requisitos mínimos de sistema?

Todos los ordenadores pueden contribuir a Folding@home. Sin embargo, si el ordenador es demasiado lento (por ejemplo se compró antes de los últimos 3 ó 4 años), el ordenador podría no ser lo suficientemente rápido para cumplir los tiempos límites de las unidades de trabajo normales. Un Pentium 3 a 450 MHz o un ordenador equivalente más moderno (con SSE) puede completar unidades de trabajo antes de que expiren.

¿Porqué no publican el código fuente?

La mayoría de los componentes más importantes de Folding@home están disponibles públicamente. Los códigos fuentes de los núcleos Tinker y Gromacs se pueden descargar y ejecutar. A diferencia de muchos proyectos de computación, la preocupación fundamental no es la funcionalidad, sino la integridad científica, y publicando el código fuente de una forma que permitiera mediante ingeniería inversa conseguir el código para producir resultados científicos erróneos haría que el proyecto completo careciera de sentido.

Sin embargo, insistimos en que la vasta mayoría de nuestro código es de libre distribución. Tenemos una sección de preguntas más frecuentes (FAQ) sobre el código de libre distribución con más detalles.

Problemas con la red

Mi cliente le ha sido asignada la dirección IP 0.0.0.0. ¿Qué ocurre?

De vez en cuando, puede que no haya disponible trabajo adecuado para todas las plataformas. Cuando esto ocurre, no suministramos unidades de trabajo duplicadas que en realidad no son necesarias. Preferimos dejar a los clientes desocupados y contactando periódicamente para pedir más trabajo que ocupados durante largos periodos de tiempo en algo que no necesita que se complete. Aunque su ordenador pueda ver periodos ocasionales de inactividad, seguimos valorando sus donaciones. Si la situación se prolonga por un periodo de tiempo largo, asegúrese de pedir ayuda en los Foros porqué no sería una situación normal.

Mi cliente se conecta constantemente a la dirección IP 171.64.122.121. ¿Qué ocurre?

En general es muy raro que ocurra, pero cuando pasa, es una señal de un error o un problema más serio. Por favor, publique un mensaje en nuestro foro haciendo notar el tema y uno de los moderadores del Grupo de Pande lo investigará. Este procedimiento es parte de nuestra salvaguardia para intentar mantener los servidores funcionando correctamente para los clientes que se comportan normalmente.

No puedo abrir páginas con direcciones que empiezan por http://fah-web.stanford.edu, como las estadísticas -- ¿Qué está pasando?

Si accede a la página de estadísticas demasiado a menudo (por ejemplo ejecutando un robot o una rutina automática), nuestro servidor lo detecta y bloquea la dirección IP para prevenir que una única persona utilice demasiado ancho de banda en perjuicio de los demás. Si esto le ha ocurrido, por favor publique un mensaje en nuestro foro haciéndolo notar y uno de los moderadores del Grupo de Pande lo investigará.

Tengo un modem; ¿puedo utilizar Folding@home?

Sí, puede configurarse para marcar automáticamente, o para esperar hasta que usted lo conecte. Podría haber algún problema entre los modems y la versión salvapantallas del cliente. Si está sufriendo problemas, utilice la versión tipo consola del cliente Folding@home.

Estoy detrás de un cortafuegos. ¿Puedo utilizar Folding@home?

Sí. Por favor configure su cortafuegos o servidor proxy mediante el panel de configuración de los clientes con interfaz gráfica. Puede acceder al panel de configuración haciendo clic con el botón derecho del ratón en el icono en la barra de tareas. Los clientes tipo consola pueden configurarse ejecutándolos con el modificador -config.

Errores

El instalador de Windows de Folding@home no hace nada

Si está intentando instalar el cliente gráfico para Windows o el cliente salva panatallas y ve aparecer "Setup is starting...", pero no ocurre nada más (ni siquiera un mensaje de error), probablemente el problema sea debido a la presencia de algún fichero o ficheros llamados "setup.exe" en algún directorio de la ruta (los culpables más probables son el directorio en el que está el instalador de Folding@home, el escritorio, o el directorio temp). Recuerde que puede tener múltiples directorios temp, dependiendo de su sistema operativo. Cambie el nombre, mueva o borre los ficheros "setup.exe" y todo debería funcionar bien.

Folding@home tiene un aspecto raro (windows) o da errores "segfaults" (Linux).

Folding@home necesita al menos 64 Mb de memoria RAM. Pueden pasar cosas extrañas en Windows cuando hay menos memoria y en Linux el cliente tipo consola dará errores "segfaults" cuando haya poca memoria.

Mi salvapantallas no es más que una ventana negra con pequeños puntitos flotando.

Creemos que hemos diagnosticado el problema. Parece ser provocado por un monitor o una tarjeta gráfica que no puede funcionar en el modo de color de 8 bits. Hemos descubierto también problemas con controladores gráficos antiguos. Si está teniendo problemas, asegúrese por favor de tener los controladores gráficos más recientes.

Me sale un error como "Network Recv Timeout" o en la versión tipo consola (o en el fichero scrlog.txt).

Si ve algo como...

Deleting files IP = 171.64.122.81 Network Recv Timeout GetWork Failed

...no se preocupe. Está teniendo problemas para conectarse con el servidor, y el cliente está esperando antes de intentarlo otra vez. De forma ocasional se producen errores en los servidores, y los usuarios también pueden tener el mismo problema. Por favor espere pacientemente un rato, y conectará. Si no lo consigue durante un día más o menos, lo mejor será cerrarlo y ejecutarlo de nuevo o reinstalarlo. En el caso del cliente tipo consola, pulse crtl+c para cerrarlo con elegancia y vuelva a ejecutarlo.(Nota: está opción ha sido añadida recientemente y pudiera no estar disponible en su versión por lo que en su lugar tendría directamente que cerrar la aplicación).

Los juegos Open GL no funcionan o se minimizan cuando ejecuto el cliente gráfico de Windows

Es un problema conocido que puede ocurrir cuando ejecute Folding@home y cualquier otra aplicación que utilice OpenGL, principalmente juegos. El problema no es debido al propio cliente Folding@home, sino más bien que OpenGL, que se utiliza en el cliente gráfico, no permite que lo empleen dos programas simultáneamente. La solución a este problema es desinstalar el cliente Folding@home gráfico e instalar el cliente tipo consola. Gracias a Spectre y ellroy80 por su contribución a está entrada de la sección de preguntas más frecuentes.

Folding@home y Genome@home

¿Qué es el proyecto Genome@home y que tiene que ver con Folding@home?

Genome@home fue otro proyecto de computación distribuida del Laboratorio del Grupo de Pande. El 15 de Abril de 2004, el proyecto terminó. Consulte http://genomeathome.stanford.edu para más detalles.

El objetivo de Genome@home es el diseño de proteínas y sus aplicaciones. Una de las aplicaciones principales del diseño de proteínas es la creación de grandes bibliotecas con las secuencias de las proteínas diseñadas, ya sea "rediseñando" un Genoma existente o haciendo "ingeniería inversa" del mismo (de aquí el nombre "Genome@home"). Otra de las aplicaciones del diseño de proteínas es entender porqué las proteínas se pliegan o porqué a veces se pliegan mal y se apelotonan. Esa es una pregunta fundamental de Folding@home y tiene que ver directamente con nuestros estudios sobre el plegamiento y plegamiento incorrecto de las proteínas, ya que concierne a las enfermedades relacionadas con el mal plegamiento, como el Alzheimer, EEB, etc.

¿Qué pasa ahora al seleccionar 'gah'?

Hemos desarrollado unas unidades de trabajo que no generan trabajo adicional y por tanto no tienen fecha límite. Son las unidades de trabajo llamadas "eternas" que puede pedir seleccionando gah al configurar los clientes. Esta unidades de trabajo son adecuadas para ordenadores más lentos o que no están conectados a Internet. El cliente es también capaz de almacenarlas.

Notas:
* Las unidades de trabajo (WU) eternas no han estado disponibles últimamente debido al tipo de ciencia que estamos estudiando (que no es compatible con ellas), pero podrían volver a estarlo.
* Cuando configure una máquina más lenta para las WU eternas, SÓLO le serán asignadas WU eternas (y nada más) por tanto su máquina puede permanecer inactiva durante muchos, muchos meses.
* Para aquellos sistemas que pueden cumplir las fechas límite configure por favor los clientes para recibir unidades de trabajo normales.

Ejecutando los clientes

Acabo de terminar una unidad de trabajo y he recibido otra de la misma proteína. ¿Hay algo que va mal?

No, todo va bien. Estamos estudiando la dinámica de varias proteínas, por tanto puede recibir unidades e trabajo de la misma proteína múltiples veces (y con el mismo número de proyecto). Cada unidad de trabajo proporciona más información sobre la dinámica de la proteína, por tanto es importante para nosotros. Sin duda, si hiciéramos sólo un unidad de trabajo por cada proteína, no aprenderíamos mucho. Un número de Proyecto (Project), un número de Ejecución (Run), Clon (Clone) y Generación (Generation) diferencia a cada unidad de trabajo.

¿Funciona Folding@home en un procesador dual o en una máquina multi-procesador?

Si, funciona, ejecutando uno de nuestros clientes SMP de alto rendimiento, Linux-64, OSX/Intel, o Windows. Consulte la página de Descargas, y la sección de preguntas más frecuentes para clientes de Alto Rendimiento.

Para otras plataformas, cada procesador adicional tiene que ejecutar un cliente tipo consola (con el argumento de línea "-local" si lo utiliza en windows). Para empezar, cree directorios adicionales para cada procesador y copie en cada uno el ejecutable del cliente tipo consola de Folding@home. Después, configúrelos con el argumento de línea "-config", definiendo los valores de cada parámetro para cada uno de ellos. Es muy importante asegurarse de que en la opción de configuración avanzada "Advanced Settings" se asigna a cada copia un ID distinto (de 1 a 8 y hasta 16 en los clientes v6). La primera copia se configurará por defecto el ID al valor de 1, por tanto a las copias adicionales se les debe asignar IDs con valores 2,3,4, etc. En Windows, cada cliente podrá luego ejecutarse desde su directorio, utilizando el argumento de línea "-local". Recomendamos no ejecutar más de un cliente Folding@home por procesador/núcleo físico.

¿Hay algo especial que deba hacer para montar un cluster?

El punto principal que hay que asegurar es que el ID de cada procesador sea único. Para ayudar a evitar duplicar los IDs, las versiones windows (v3 y posteriores) lo guardan en un fichero llamdao client.cfg y las versiones Linux (v3.11 y posteriores) lo guardan en un fichero especial llamado MachineDependent.dat.

Consejos para evitar duplicar los IDs:

1. Si instala y configura cada cliente individualmente, podrá asignar ID diferentes y no endrá problemas de IDs duplicados.
2. Si utiliza la última versión para Windows y tiene ordenadores monoprocesador, no debería tener ningún problema (para ordenadores duales consulte el punto anterior).
3. Para un cluster en Linux, asegúrese de NO copiar el fichero MachineDependent.dat cuando copie el directorio. El cliente generará el fichero para obtener una ID nueva.

¿Porqué debo actualizar el software Folding@home a la última versión?

Estamos mejorando continuamente el software Folding@home y añadiendo características nuevas. Publicamos versiones nuevas para corregir los fallos encontrados por los usuarios y para ayudar a que el proyecto se desarrolle lo más eficientemente posible.

¿Cómo vuelven los resultados?

Su ordenador enviará automáticamente los resultados a nuestros servidores cada vez que finalice una unidad de trabajo, y descargará una nueva después.

¿Puedo descargarme más de una unidad de trabajo a la vez?

El algoritmo con el que trabajamos funciona mejor si todo el mundo se descarga una unidad de trabajo cada vez, y vuelve a por otra cuando la haya terminado. Por tanto no hay disponible ninguna opción para descargarse múltiples unidades de trabajo. Si dispone de varios procesadores en su ordenador, puede tener a cada uno trabajando en una unidad de trabajo distinta; consulte como hacerlo aquí. No intente ejecutar varias copias del cliente en procesadores diferentes desde el mismo directorio en el mismo sistema de archivos. Cada cliente TIENE QUE ejecutarse en un directorio distinto.

¿Cuanto tiempo lleva terminar una unidad de trabajo? ¿Cómo se mide una unidad de trabajo?

Depende por supuesto de la velocidad del ordenador y del tamaño de la proteína que se esté estudiando. Los tamaños de las unidades de trabajo serán diferentes según la proteína y las propiedades que se estudien. En la página Project Summary (Resumen de los proyectos) encontrará información del tamaño de las proteínas y los tiempos límite para completar las unidades de trabajo de la proteínas que están siendo estudiadas en cada momento.

¿Puedo ejecutar a la vez la versión gráfica del cliente y la tipo consola? ¿Qué ocurre si ejecuto dos clientes tipo consola?

Sí, pero SOLO si dispone de varios procesadores/núcleos e instala los clientes en directorios distintos. Además, NO copie simplemente los ficheros de un directorio a otro u otros. De esa forma sólo provocará que los clientes se "confundan" y:

1. No conseguirá puntos por el trabajo que termine.
2. No tendrá ninguna utilidad para la ciencia.

En vez de hacerlo así, instale un cliente una vez en cada directorio. Si ya ha copiado varias veces el mismo directorio en otros y quiere ejecutar los clientes, busque primero el fichero cliente.cfg y bórrelo en cada directorio. La próxima vez que ejecute el cliente creará un fichero client.cfg nuevo y podrá configurar una ID distinta cada vez. El cliente gráfico en Windows tiene que tener el ID = 1, por tanto los demás clientes deben utilizar los siguientes 2, 3, 4, etc..

¿Cómo puedo asegurar que mis resultados han sido devueltos y se están utilizando? ¿Cómo puedo saber cuanto trabajo he acabado?

Para saber que trabajo ha sido contabilizado puede acceder a la página de Estadísticas para consultar las estadísticas individuales, las estadísticas de los equipos, y las estadísticas globales. Si su ordenador ha devuelto trabajo, debe ver su nombre allí junto con el número de unidades de trabajo que ha completado. Si su nombre no está y su cliente parece que funciona correctamente, del tipo salvapantallas o consola, bien es que no ha terminado una unidad de trabajo todavía (puede tardar varios días, o incluso más si tiene un ordenador antiguo), o las estadísticas no se ha actualizado todavía. Vuelva a comprobarlo un día o dos más tarde y debería estar allí... siempre que recuerde correctamente el nombre de usuarios que introdujo durante la configuración.:)

¿Porqué cuando cambio la prioridad del cliente en el Administrador de Tareas no cambia el rendimiento del cliente?

¿Cómo ajusto manualmente la prioridad del núcleo de Folding@home?

El trabajo de simulación lo realiza el proceso/tarea asociado al núcleo (fahcore), no el cliente, por tanto la prioridad del cliente no afecta al rendimiento. La prioridad del núcleo (fahcore) se establece por defecto a la más baja posible. El cliente está diseñado para utilizar todos los ciclos libres de la CPU aún en esa configuración, por tanto no es necesario cambiar el valor de prioridad en windows. Si el cliente Folding@home está compitiendo con otro proceso que también se ejecuta con prioridad baja, como la actividad en segundo plano de un antivirus, hay una opción en la configuración del cliente para que se ejecute con prioridad "low" que es en realidad superior. Ejecute el cliente tipo consola con el parámetro -config para poder cambiar este valor.

¿Puedo ejecutar Folding@home a la vez que SETI@home?

Sí, tanto SETI@home como otras aplicaciones de cálculo distribuido pueden ejecutarse a la vez que Folding@home siempre que tenga suficiente memoria de sistema (RAM). Algunos programas, incluido SETI@home trabajan con mayor prioridad que Folding@home, lo que impide que FAH avance si se ejecutan al mismo tiempo. Si nota que el cliente FAH no avanza, puede solucionarlo configurando el cliente con la opción de mayor prioridad. En el cliente gráfico de Windows se hace en la pestaña "Advanced" seleccionando "Slightly Higher" para "Core Priority", o en el cliente tipo consola ejecutándolo con el parámetro -config y seleccionado "low" para la prioridad del cliente "Core Priority (idle/low):[idle]?low".

Nota: Las unidades de trabajo de Folding@home son válidas por un tiempo limitado, a diferencia de otros proyectos donde no lo son habitualmente. Por tanto recomendamos encarecidamente asignar a Folding@home una prioridad mayor, o dedicar un procesador (núcleo) en exclusiva a FAh y dejar a los demás proyectos el resto de los recursos del ordenador.

¿Hay algún límite para el tiempo que un ordenador puede tardar en terminar una unidad de trabajo(WU)?

Sí. Las unidades de trabajo se generan en serie de forma natural. Cuando una unidad ha sido completada y devuelta, otra nueva es generada teniendo en cuenta los resultados devueltos. Así tiene que ser continuamente para cada proyecto (grupo de unidades de trabajo). Una unidad de trabajo de primera generación ha de acabarse y los resultados devueltos antes de que se pueda crear y enviar una unidad de segunda generación.

Para mantener esta sucesión de generaciones, tenemos que establecer fechas límite de expiración para prever la posibilidad de que los resultados no sean devueltos a su debido tiempo (porqué la WU se haya perdido, o sido borrada u otra razón). De esta manera las unidades de trabajo no finalizadas "mueren" y son reasignadas otra vez. Todas las unidades completadas y devueltas antes de la fecha límite preferida (preferred deadline) recibirán el crédito establecido. Tenga en cuenta que después de la fecha límite preferida, su contribución no es científicamente tan útil ya que otra copia de la unidad de trabajo ha tenido que ser enviada a otro participante. Incluso si termina finalizando la unidad de trabajo, el otro participante tiene que duplicar el trabajo para asegurar que el proyecto científico sigue adelante. Y no sería justo no conceder al segundo participante el crédito correspondiente.

Aún así, se concede el crédito completo por todas la unidades devueltas antes de la fecha límite final. Si esa fecha es traspasada, el cliente borrará automáticamente la unidad de trabajo y descargará una nueva. Si tiene problemas para completar las unidades de trabajo antes de la fecha límite preferida, es recomendable o ejecutar el cliente durante más horas al día, o ejecutarlo en una máquina más rápida.

Como cada vez las unidades de trabajo van siendo más grandes y necesitan más tiempo para ser completadas, ampliaremos el tempo de expiración en la medida que sea necesario. Las fechas límite van del orden de pocos días a varias semanas, dependiendo de la naturaleza de la unidad de trabajo. Devolver los resultados justo en la fecha límite no es el objetivo. Es mucho más útil para el proyecto devolver los resultados tan rápido como sea posible. La forma en que se calculan las fechas límite se explica unas pocas respuestas más adelante.

¿Puedo utilizar la versión Linux en FreeBSD?

Sí. Siga por favor los pasos siguientes:

Instale emulators/Linux_base desde el CD de FreeBSD.

Edite /compat/Linux/etc/yp.conf y ponga el servidor correcto.

Descargue la consola Linux (FAHxConsole, donde x es el número de versión) y sitúese en el directorio de instalación.

% brandelf -t Linux FAHxConsole

Desde la versión 3.24, todo lo que tiene que hacer a partir de aquí es utilizar el modificador "-freeBSD" cuando ejecute el cliente,

% ./FAHxConsole -freeBSD

y automáticamente identificará los núcleos científicos que descargue. Para versiones del cliente anteriores a la 3.24, el modificador -freeBSD no funciona y tiene que seguir el procedimiento siguiente:

después de ejecutar el cliente, espere hasta que descargue el núcleo que abortará el cliente.

% brandelf -t Linux FahCore_65.exe

% ./FAHxConsole

¡y ya está!(Gracias a "gotti" por la sugerencia).

¿Qué pasa con OpenBSD?

Es tan fácil casi como FreeBSD (consulte la pregunta anterior). Siga los pasos siguientes:

1. Instale /usr/ports/emulators/redhat/base desde los ports en las versiones 3.4 y posteriores. Si tiene una versión anterior o prefiere con paquetes, instale redhat_base-8.0p2.

2. Preparé un script que re direccione la llamada "brandelf" a "elf2olf", para que los binarios de los núcleos puedan ser marcados adecuadamente. El script puede descargarse de http://www.schnarff.com/brandelf, o simplemente prepararlo usted mismo:

1. !/bin/sh

elf2olf -v -o linux $3

En cualquier caso, asegúrese que el script brandelf es ejecutable y está en la ruta del usuario que va a ejecutar Folding@home. 3. Asegúrese de utilizar la consola Linux versión B, ya que la versión A no funcionará. 4. Cuando ejecute el cliente, utilice el modificador -freeBSD, para que automáticamente marque los núcleos de forma adecuada.

Gracias a Alex Kirk por la información sobre OpenBSD.

¿Qué es la inestabilidad en la simulación?

La simulación del movimiento molecular necesita una gran cantidad de cálculos. Cada ejecución comprende un número de pasos muy pequeños que se suceden. Después de cada paso, se calcula y actualiza la posición de los diferentes átomos, basándose en una serie de factores. Algunas veces, las simulaciones entran en un estado que no es viable (los átomos están demasiado cerca, las uniones tiene ángulos imposibles, etc). En esos momento, el núcleo se para y se cierra, y la información disponible se envía al servidor. El cliente descargará entonces otra unidad de trabajo. Si su ordenador es estable, no ha hecho nada erróneo. En ordenadores inestables, es posible que la inestabilidad en la simulación fuese provocada por un fallo del sistema más que por algo intrínseco a la unidad de trabajo. Debido a esto, es posible que una unidad de trabajo se vuelva a enviar si ha sido devuelta por problemas de inestabilidad. Para un proyecto dado, se espera que un porcentaje pequeño de unidades de trabajo tengan problemas reales de inestabilidad.

¿Qué pasa si apago mi ordenador? ¿Guarda el cliente el trabajo (puntos de control-checkpoint)?

Periódicamente, el núcleo escribe en el disco duro los datos para que el cliente pueda retomar el procesado de la unidad de trabajo desde otro punto que no sea el mismo comienzo. El núcleo Tinker lo hace al final de cada trama. Con el núcleo Gromacs, los puntos de control pueden tener lugar en cualquier momento y no están ligados a los datos que se graban en los resultados. Inicialmente, se configuró para después de cada 1% de avance del procesado de la unidad de trabajo (como las 100 tramas en Tinker)y después de añadió un punto programado cada 15 minutos, para que en una máquina lenta no se pierdan más de 15 minutos de trabajo.

Como las proteínas se van haciendo más grandes y complejas, es mejor tener más tramas en una unidad de trabajo para que no se pierda mucho trabajo si se tiene que reinicializar - - de ahí que las unidades de trabajo puedan tener 400 tramas o más en vez de 100. Este número no tiene en cuenta la velocidad del ordenador. Un máquina rápida completa una trama en unos pocos minutos mientras que otra más lenta puede tardar horas, y el participante con una máquina lenta no quiere perder el 99% de esas horas mientras que el que tiene una máquina rápida no quiere la sobrecarga de tener que escribir puntos de control cada "pocos minutos" - - y ninguno de ellos quiere emplear el tiempo adicional necesario para enviar resultados que contienen muchas tramas.

Desde la versión 4.x del cliente, es posible configurar el valor de tiempo entre los puntos de control desde los 15 minutos por defecto a otro (en el rango de 3 a 30 minutos)

Gracias a Bruce Borden por esta entrada de la sección FAQ.

Estadísticas, equipos, nombres de usuario

¿Cómo puedo cambiar mi nombre de usuario (nombre de donante))?

La forma más sencilla de cambiar su nombre de usuario es en el panel de configuración (haga clic con el botón derecho del ratón en la ventana gráfica del cliente o en el icono en la bandeja del sistema). Puede cambiar su nombre de usuario en cualquier momento. Sin embargo, los puntos conseguidos con las unidades de trabajo ya devueltas permanecerán con el nombre de usuario anterior.

¿Cómo puedo unirme o crear un equipo?

Para crear un equipo, complete por favor el formulario. Para unirse a un equipo, sólo tiene que escribir su número en el panel de configuración (en los clientes con interfaz gráfica) o introduirlo cuando ejecute por primara vez el cliente (para los clientes tipo consola de texto).

Tengo múltiples máquinas funcionando detrás de un cortafuegos. ¿Pueden tener todas el mismo nombre de usuario?

Sí. Todas pueden tener el mismo nombre.

¿Existe algún carácter que deba evitar en mi nombre de usuario?

Sí. Recomendamos encarecidamente utilizar sólo letras, números y guiones bajos. Ahora mismo, los caracteres # ^ ~ |. # están reservados. # se utiliza para la diferenciación del cortafuegos (consulte arriba). Queremos guardar ^ | y ~ para otras aplicaciones que puedan surgir. Tampoco utilice espacios en su nombre de usuario; utilice algún otro carácter como por ejemplo "_" en su lugar. Por último, tenga en cuenta por favor que en los nombre de usuario se diferencian las letras mayúsculas de las minúsculas por lo que "Dave", "dave" y dAVE" son todos nombres diferentes.

¿Cómo deciden qué crédito dar a una unidad de trabajo?¿Cómo calculan cuantos puntos vale una unidad de trabajo?

Antes de sacar cualquier unidad de trabajo nueva, la probamos en un ordenador Pentium 4 a 2,8 GHz con las instrucciones SSE deshabilitadas (más concretamente, tal como detalla en Linux /proc/cpuinfo : vendor_id : GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB). Esta máquina corre Linux, por tanto todas las unidades de trabajo (WU) se prueban con el núcleo Linux.

Después introducimos los resultados en la fórmula siguiente:

puntos = 110 * (díasPorWU)

donde díasPorWU es el número de días que tardo en completarse la unidad de trabajo. Se eligió esta ecuación para cuadrar los puntos para la unidades de trabajo Gromacs con el sistema de puntos anterior. El resultado es que las unidades de trabajo Tinker valdrán más que con el sistema de puntos anterior (antes de abril de 2004)

Por favor tenga en cuenta que el mismo concepto de un máquina de prueba de referencia significará que la valoración de algunas unidades de trabajo serán diferentes a las prestaciones de su propia máquina. Incluso entre los propios P4s, ha habido diferencias importantes de arquitectura a lo largo de los años. Además, las variaciones entre las unidades de trabajo puede también llevar a diferencias en las valoraciones.

Nuestro objetivo es ser consistentes con la definición dada de la configuración de la máquina de referencia (descrita antes), pero la variación natural de máquina a máquina y de WU a WU no permite que cualquier sistema de puntuación refleje de forma perfecta lo que usted obtiene en su propia máquina. Consulte también nuestra sección de preguntas sobre los Puntos (FAQ)

¿Cómo definen las fechas límite para las unidades de trabajo?

Cada unidad de trabajo es evaluada en un Pentium 4 a 2,8GHz con SSE2 inhabilitado. Para la mayoría de las unidades de trabajo (aunque puede haber excepciones, descritas en el párrafo siguiente), aplicamos la fórmula siguiente:

vencimiento (fecha límite preferida) = 20 * (díasPorWU) + 2 fecha límite final = max(30* (díasPorWU) + 2,10)

donde díasPorWU es el número de días que la máquina de referencia tardó en completar la unidad de trabajo. Se añade "+2" para proporcionar un colchón adicional para las unidades de trabajo rápidas (y tener en cuenta los tiempos de caída de los servidores, etc.). Si 30*díasPorWU es menor que 10 días, establecemos una fecha límite de 10 días, como el tiempo mínimo para todos los proyectos. El vencimiento es el tiempo en que la WU se vuelve a enviar a otro cliente (fecha límite preferida) y la fecha límite final es la fecha última en la que se concederán puntos si la unidad de trabajo es devuelta.

En ocasiones, las fechas límite pueden ser más largas o más cortas que lo que daría la fórmula anterior, pero la razón final por la que hay fechas límite es que cuanto antes tengamos de vuelta los resultados, antes los podremos dar buen uso. También, proyectos distintos tienen requisitos diferentes de cara a los servidores y pueden necesitar fecha límite más cortas o más largas (por ejemplo "pfold" puede a menudo funcionar sin fechas límite mientras que MREMD funciona mejor con fechas límite muy ajustadas). Los servidores de asignación tienen en cuenta las prestaciones de la máquina demandante a la hora de asignar unidades de trabajo, permitiendo que las máquinas más lentas reciban las unidades más apropiadas.

¿Cómo puedo conseguir una copia de todas las estadísticas corrientes?

Por favor descárguelas sin compromiso en http://fah-web.stanford.edu/daily_user_summary.txt o http://fah-web.stanford.edu/daily_team_summary.txt Estos ficheros se actualizan cada 6 horas. Por favor no ejecute ninguna rutina automática de búsqueda en nuestras páginas. Tal acción hará que su IP termine bloqueada.

Miscelánea

¿Qué muestran los gráficos de las proteínas?

Utilizamos varias formas de representación para mostrar las proteínas, entre ellas están las representaciones con sólo átomos, átomos y barras y las animaciones de Richardson. Los colores se utilizan para destacar partes concretas (átomos especiales, tipos de átomos o características estructurales, dependiendo del contexto). Para más información consulte la Wikipedia que dispone de buenos artículos sobre este tema:

• http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structure
• http://en.wikipedia.org/wiki/Alpha_helix
• http://en.wikipedia.org/wiki/Beta_sheet

¿De donde viene el logo?

Nuestro logo es una abstracción de nuestro objetivo: ir desde la secuencia de la proteína codificada en el genoma a la estructura de la proteína. La hélice doble a la izquierda del logo denota el genoma (el ADN es una molécula helicoidal doble) y las flechas a la derecha representan la estructura de las proteína (la estructura de la hoja beta se representa a menudo como unas cintas con flechas).

¿Hay gráficos que pueda descargarme para utilizarlos con enlaces a su sitio web?

¿Qué tal este?? (gracias a RPH IV)

¿Cuanto dinero/electricidad necesita/gasta Folding@home si se ejecuta 24/7?

Una CPU consume aproximadamente la misma potencia (vatios) que una bombilla normal. Puede consultar un informe sobre gestión del consumo de un ordenador de los laboratorios del gobierno Lawrence Berkeley, y puede encontrar otras referencias en la web. Aunque las fuentes de alimentación de la mayoría de los ordenadores son de 400 vatios, el consumo medio es menor. De media, un ordenador Pentium consume sobre 100 vatios (si el monitor está apagado). Por tanto, la diferencia diaria entre estar apagado y estar ejecutando Folding@home está sobre los 24x100 = 2.4 kWh. A 0,1305 Euros por kWh (tarifa 2.0.2 en 2009 en España con IVA), resulta 0,31 euros al día. En general, la iluminación y la calefacción/aire acondiconado representan un porcentaje mucho mayor del consumo de potencia que el de los ordenadores. Por tanto la mejora apuesta para reducir costes y conservar energía sería apagar las luces, apagar el monitor del ordenador (que gasta más que el ordenador), y bajar la calefacción.

¿Qué pasa con la seguridad?

Hemos trabajado muy duro para tener la mejor seguridad posible con la metodología de la ciencia de la computación moderna. Nuestro software descargará y enviará datos sólo de nuestros servidores aquí en Stanford. También, sólo interactuamos con los ficheros de su ordenador que tienen que ver con Folding@home (no leemos, escribimos o transmitimos ningún otro fichero porque no lo necesitamos y hacerlo violaría nuestra política de privacidad). Los Núcleos de cálculo están firmados digitalmente (ver más abajo) para asegurar que tiene los núcleos de Stanford auténticos y nada más.

¿Cómo es ello posible?. Tomamos medidas exhaustivas para verificar todos los datos que entran en su ordenador y los resultados se devuelven con una firma digital de 2048 bits. si las firmas no coinciden (en la entrada o en la salida) el cliente borrará los datos y volverá a empezar. De esta forma aseguramos, utilizando las mejores medidas de seguridad de software desarrolladas hasta la fecha (firmas digitales y PKI en versión 3.0), que mantenemos la seguridad más estricta. Finalmente, los clientes y salvapantallas están sólo disponibles para descarga en este sitio web (o en ciertos casos también desde los de nuestros socios comerciales como Sony, NVIDIA y ATI), para así poder garantizar la integridad del software. No apoyamos ningún software de Folding@home obtenido en cualquier otro lugar y prohibimos la distribución del software por cualquiera.

¿Porqué no hay clientes para IRIX, Solaris, OS-2, AMIGA, Commodore, Macintosh OS9, iPhone, Smart Phone, ARM chip, XBox, Wii, etc.?

Hemos sido inundados con peticiones para versiones adicionales. Debido a lo limitado de nuestros recursos, sólo podemos soportar una pocas versiones de los clientes. Intentamos escoger sistemas operativos y tipos de hardware que es probable que sean populares entre los donantes, que podamos soportar de forma adecuada desde aquí, y que funcionen bien en el cálculo científico. Si que soportamos BSD vía la capa de emulación Linux (ver más arriba).

¿Qué van a añadir a las próximas versiones del software?

Un buen sitio para oír acerca de las nuevas versiones etc., es el blog de Vijay's, en la página Project News, y el foro de soporte a Folding.

Salva pantallas (Windows: versión 4 y anteriores; OSX: todas las versiones)

¿Qué versión de cliente debo ejecutar: Gráfica, Salva Pantallas, o la consola?

El cliente gráfico (GUI) muestra la misma información que el cliente salvapantallas, pero dentro de una ventana de programa. Debe utilizar la versión gráfica si:

    * quiere que Folding@home esté siempre ejecutándose
    * no quiere el salva pantallas
    * le gusta ver las interioridades de lo que está pasando

Debe usar sólo la versión salva pantallas si:

    * no quiere ejecutar Folding@home todo el tiempo, sólo cuando no está utilizando la máquina

Use el cliente tipo consola (sólo texto) si prefiere tener acceso a configuraciones más avanzadas, una interfaz más sencilla, o ejecutar el cliente como un servicio de Windows.

Si no está seguro, ¡pruébelas todas!

¿Que es lo que muestra el cliente gráfico?

Nuestro cliente gráfico muestra visualizaciones reales de las simulaciones que se están llevando a cabo. El dibujo de las moléculas es la configuración atómica actual ("pliegue") de la proteína que se está simulando en su ordenador y el gráfico en el fondo muestra la energía potencial en incrementos de femtosegundos. Se puede mostrar la proteína utilizando varios estilos de visualización y orientación ya sea para tener una mejor visión del pliegue de la proteína o por simple estética. El hecho de que la visualización de la proteína se salga de la pantalla no tiene ningún significado biológico; es una forma de mostrar la proteína de forma atractiva y sin usar mucha CPU.

Actualmente hay dos modos de visualización: esferas sólidas y bolas y varillas. En el modo de bolas y varillas, cada pequeña bola representa un átomo, y las varillas representan los enlaces entre los átomos. Es el modelo de esferas rellenas, cada esfera rellena representa el volumen aproximado que los electrones ocupan alrededor de cada átomo. En ambos modos, los átomos de carbono se pintan de gris oscuro, los de hidrógeno de gris claro (aunque algunos átomos de hidrógeno no se representan), los átomos de oxígeno de rojo, los de nitrógeno de azul, y los de azufre se pintan de amarillo.

Las gráficas tipo tarta indican respectivamente la fracción realizada de la ejecución actual y la fracción completada de la trama.

Mi monitor está configurado para apagarse después de un tiempo. ¿Puedo utilizar el salva pantallas todavía?

Las configuraciones de ahorro de energía que apagan el monitor después de un periodo de tiempo programado, no afectan al salva pantallas. Siempre que el ordenador esté funcionando, el salvapantallas continuará ejecutándose y acumulando datos útiles, incluso cuando el monitor esté apagado.

¿Utiliza el salva pantallas mucho tiempo de CPU?

El salva pantallas está diseñado para utilizar muy poco la CPU. Incluso sin ningún hardware OpenGL, el salva pantallas sólo utiliza alrededor del 5% del tiempo de la CPU para los gráficos. Si tiene algún tipo de soporte OpenGL en su tarjeta gráfica, el tiempo de CPU empleado es prácticamente cero. Como se puede ver, puede parecer que el proceso de dibujar los átomos como esferas rellenas ("órbitas") está utilizando mucho tiempo de procesador, pero en realidad el retardo está programado en un contador, y no es debido a que necesite mucho tiempo de procesado para hacer el dibujo.

¿ Ayudará tener hardware 3D extra a hacer el salva pantallas más rápido?

Las tarjetas con aceleración 3D conseguirán una pequeña mejora para la proteínas más complejas. Sin embargo, la tarjeta aceleradora no ayuda al procesado de la proteína, sólo descarga a la CPU del trabajo gráfico y así puede simular ("plegar") más rápidamente.

¿Cómo apago el salva pantallas?

El salva pantallas está diseñado para que se apague cuando se presiona el ratón o una tecla. NO se cerrará moviendo sólo el ratón. Se ha diseñado así para prevenir que los usuarios cierren inadvertidamente Folding@home, ya que tarda un pequeño periodo de tiempo en comenzar a procesar cada vez que empieza.

Para más información consulte por favor:

• Índice de FAH FAQ
• Foro de soporte a FAH
• El Grupo de Pande en YouTube

Modificado por última vez el 6 de julio de 2009